立方水体中泛素的分子动力学模拟及热容计算
姓名：程永新
通过对立方水体中泛素的分子动力学模拟，初步认识学习了分子动力学模拟软件NAMD及MD的使用及结果分析。下面报告里主要介绍学习模拟的过程及其遇到的问题。
一、VMD与NAMD 1.软件简介
NAMD是动力学拟合的主体软件，但它不同于我们所熟悉的大多数Windows软件：它不具有图形界面。由于进行动力学模拟的准备和结果的可视化分析，必不可少的软件是VMD，下面的讲解中也将大量用到VMD。
2.软件安装
VMD安装简单，可以再随意的目录下。NAMD不需要直接安装，而是需要下载NAMD tutorial压缩包，并将NAMD软件包解压缩在NAMD tutorial里.这里说的NAMD tutorial不是一个软件使用指导文本，而是有很多子文件夹的压缩包。
二、拟合过程
下面根据软件的操作使用将拟合及热容计算过程作成分为六步：VMD上载pdb文件，去掉水分子，生成psf文件，立方水体溶解蛋白，动力学过程拟合，热容计算。
1. VMD上载pdb文件
先在指定的网站上下载泛素的pdb（PDBID:1ubq）文件。
安装好VMD后打开，file-->new molecue-->browse,载入下载的pdb文件，load。
NOTE:此处加载时文件路径里不能有汉字。 加载完pdb后看到如下图所示：
可以看到，所有的氧原子用红色表示，碳原子以天蓝色表示（碳原子所连的键也是天蓝色，所以整个蛋白骨架为天蓝色），硫原子以黄色表示。注意到没有出现氢原子，这是因为此结构是由X射线晶体衍射得来的，而X射线衍射一般得不到氢原子的精确位置。注意：蛋白周围的红点实际上是水分子，由于没有氢，所以仅显示出一个一个的氧原子。我们只需要蛋白质分子的结构，因此下面我们将首先除去pdb文件中带有的水分子。
2. 去除水分子 2.1 cd 口令
因为VMD处理生成新的文件需要指定其位置，所以用cd口令，change dictionary。单击 Extension → TK Console 菜单项，弹出VMD Tk Console窗口。首先用cd命令改变当前目录到namd-tutorial /1-1-build 下。“ls”口令可查询所属文件夹，检验cd口令是否执行正确。在这一步，把生成位置定位E:\\simulation\\project\\namd-tutorial-files\\1-1-build。
但是，cd口令执行时要注意两点：
NOTE:文件之间“\\”要换成“/”；文件名不能有空格。