3.(a)为什么饱和的18碳脂肪酸——硬脂酸的熔点比18碳不饱和脂肪酸——油酸的熔点高? (b)干酪乳杆菌产生的乳杯菌酸(19碳脂肪酸)的熔点更接近硬脂酸的熔点还是更接近油酸的熔点?为什么?
答:(a)油酸有一个△9顺式双键,有序性校差;而硬脂酸有序性高,故熔点也高; (b)硬脂酸。因为熔点随链长的增加而增加。
4.从植物种子中提取出1g油脂,把它等分为两份,分别用于测定该油脂的皂化值和碘值。测定皂化值的一份样品消耗KOH 65 mg,测定碘值的一份样品消耗I2 510 mg.试计算该油脂的平均相对分子质量和碘值。[1292;102]
解:Mr=(3×56×1000)/(2×65)=1292
I2 值=0.51×100/0.5=102 (100g油脂卤化时吸收I2的克数)
5.某油脂的碘值为68,皂化值为210。计算每个油脂分子平均含多少个双健。[2个] 解:100g油脂的物质的量=(210×100)/(3×56×1000)=0.125mol
平均双键数=(68/254)/0.125≈2个
6. (a)解释与脂质过氧化育关的几个术语:自由基、活性氧、自由基链反应和抗氧化剂;(b)为什么PUFA容易发生脂质过氧化?
答:(a)
自由基:自由基也称游离基,是指含有奇数价电子并因此在一个轨道上具有一个未(不)成对电子(unpaired electron)的原子或原子团。
-活性氧:氧或含氧的高反应活性分子,如O2、·OH、H2O2、ˉO2 (单线态氧)等统称为活性氧。
自由基链反应:自由基化学性质活泼,能发生抽氢、歧化、化合、取代、加成等多种反应,但是自由基反应的最大特点是倾向于进行链「式」反应〔chain reaction ) ,链反应一般包括3个阶段:引发、增长和终止。
抗氧化剂:凡具有还原性而能抑制靶分子自动氧化即抑制自由基链反应的物质称为抗氧化剂(antioxidant ) 。
(b)多不饱和脂肪酸(PUFA)中的双键具有潜在的还原性,容易发生过氧化作用。
7.为解决甘油磷脂构型上的不明确性,国际生物化学命名委员会建议采取立体专一编号命名原则。试以磷酸甘油为例说明此命名原则。
8.写出下列化合物的名称:
(a)在低pH时,携带一个正净电荷的甘油磷脂;(b)在中性pH时携带负净电荷的甘油磷脂;(c)在中性pH时,净电荷为零的甘油磷脂。
答:(a)磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺;(b)磷脂酰丝氨酸、磷脂酰肌醇、磷脂酰甘油,-1;双磷脂酰甘油(心磷脂),-2;(c) 磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺。
9.给定下列分子成分:甘油、脂肪酸、磷酸、长链醇和糖。试问(a)哪两个成分在蜡和鞘脂脂中都存在?(b)哪两个成分在脂肪和磷脂酰胆碱中都存在?(c)哪些(个)成分只在神经节苷脂而不在脂肪中存在?[(a)脂肪酸,长链醇;(b)甘油,脂肪酸;(c)糖,长链醇]
10.指出下列膜脂的亲水成分和疏水成分:(a) 磷脂酰乙醇胺;(b)鞘磷脂;(c) 半乳糖基脑苷脂;(d)神经节苷脂;(e)胆固醇。
答:(a)乙醇胺;脂肪酸
(b)磷酰胆碱或磷酰乙醇胺;脂肪酸和烃链 (c)半乳糖;脂肪酸和烃链
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(d)连有唾液酸的寡糖链;脂肪酸和烃链 (e)C3羟基;甾核和C17烷烃侧链
11. (a)造成类固醇化合物种类很多的原因是什么?(b)人和动物体内胆固醇可转变为哪些具有重要生理意义的类固醇物质?
答:(a)①环上的双键数日和位置不同;②取代基的种类、数目、位置和取向(αβ)不同;③环和环稠合的构型(顺反异构)不同。
(b)动物中从胆固醇衍生来的类固醇包括5类激素:雄激素、雌激素、孕酮、糖皮质激素和盐皮质激素,维生素D和胆汁酸。
12.胆酸是人胆汁中发现的A-B顺式类固醇(图2-18) 。请按图2-15所求椅式构象画出胆酸的构象式,并以直立键或平伏键标出 C3, C7和C12上3个羟基。
333
13.一种血浆脂蛋白的密度为l.08g/cm,载脂蛋白的平均密度为1.35 g/cm,脂质的平均密度为0.90 g/cm。问该脂蛋白中载脂蛋白和脂质的质量分数是多少?[48.6%载脂蛋白,51.4%脂质] 解:设载脂蛋白的体积分数是x,则有1.35x+0.90(1-x)=1.08,解得x=0.4
于是质量分数为(0.4×1.35)/[ 0.4×1.35+(1-0.4)×0.90]=0.5
14.一种低密度脂蛋白(LDL含apoB- 100(M为500000)和总胆固醇(假设平均Mr为590)的质量分数分别为25%和50%。试汁算apo B- 100与总胆固醇的摩尔比[1:1695] 解:设摩尔比为1/x,则有500000/590x=25/50,解得x=1695
15.用化学方法把鞘磷脂与磷脂酰胆碱区分开来。
第三章 氨基酸
提要
α-氨基酸是蛋白质的构件分子,当用酸、碱或蛋白酶水解蛋白质时可获得它们。蛋白质中的氨基酸都是L型的。但碱水解得到的氨基酸是D型和L型的消旋混合物。
参与蛋白质组成的基本氨基酸只有20种。此外还有若干种氨基酸在某些蛋白质中存在,但它们都是在蛋白质生物合成后由相应是基本氨基酸(残基)经化学修饰而成。除参与蛋白质组成的氨基酸外,还有很多种其他氨基酸存在与各种组织和细胞中,有的是β-、γ-或δ-氨基酸,有些是D型氨基酸。
氨基酸是两性电解质。当pH接近1时,氨基酸的可解离基团全部质子化,当pH在13左右时,则全
+-部去质子化。在这中间的某一pH(因不同氨基酸而异),氨基酸以等电的兼性离子(H3NCHRCOO)状态存
在。某一氨基酸处于净电荷为零的兼性离子状态时的介质pH称为该氨基酸的等电点,用pI表示。
所有的α-氨基酸都能与茚三酮发生颜色反应。α-NH2与2,4-二硝基氟苯(DNFB)作用产生相应的DNP-氨基酸(Sanger反应);α-NH2与苯乙硫氰酸酯(PITC)作用形成相应氨基酸的苯胺基硫甲酰衍生物( Edman反应)。胱氨酸中的二硫键可用氧化剂(如过甲酸)或还原剂(如巯基乙醇)断裂。半胱氨酸的SH基在空气中氧化则成二硫键。这几个反应在氨基酸荷蛋白质化学中占有重要地位。
除甘氨酸外α-氨基酸的α-碳是一个手性碳原子,因此α-氨基酸具有光学活性。比旋是α-氨基酸的物理常数之一,它是鉴别各种氨基酸的一种根据。
参与蛋白质组成的氨基酸中色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸在紫外区有光吸收,这是紫外吸收法定量蛋白质的依据。核磁共振(NMR)波谱技术在氨基酸和蛋白质的化学表征方面起重要作用。
氨基酸分析分离方法主要是基于氨基酸的酸碱性质和极性大小。常用方法有离子交换柱层析、高效液相层析(HPLC)等。
7
习题
1.写出下列氨基酸的单字母和三字母的缩写符号:精氨酸、天冬氨酸、谷氨酰氨、谷氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸。[见表3-1]
表3-1 氨基酸的简写符号 名称
丙氨酸(alanine) 精氨酸(arginine) 天冬酰氨(asparagines) 天冬氨酸(aspartic acid) 半胱氨酸(cysteine) 谷氨酰氨(glutamine) 谷氨酸(glutamic acid) 甘氨酸(glycine) 组氨酸(histidine) 异亮氨酸(isoleucine) Asn和/或Asp
三字母符号 Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Asx
单字母符号 A R N D C Q E G H I B
名称
亮氨酸(leucine) 赖氨酸(lysine) 甲硫氨酸(酸)(methionine) 脯氨酸(praline) 丝氨酸(serine) 苏氨酸(threonine) 色氨酸(tryptophan) 酪氨酸(tyrosine) 缬氨酸(valine) Gln和/或Glu
蛋
氨
三字母符号 Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val Gls
单字母符号 L K M F P S T W Y V Z
苯丙氨酸(phenylalanine)
+
2、计算赖氨酸的εα-NH320%被解离时的溶液PH。[9.9] 解:pH = pKa + lg20% pKa = 10.53 (见表3-3,P133) pH = 10.53 + lg20% = 9.83
3、计算谷氨酸的γ-COOH三分之二被解离时的溶液pH。[4.6] 解:pH = pKa + lg2/3 pKa = 4.25 pH = 4.25 + 0.176 = 4.426 4、计算下列物质0.3mol/L溶液的pH:(a)亮氨酸盐酸盐;(b)亮氨酸钠盐;(c)等电亮氨酸。[(a)约1.46,(b)约11.5, (c)约6.05]
5、根据表3-3中氨基酸的pKa值,计算下列氨基酸的pI值:丙氨酸、半胱氨酸、谷氨酸和精氨酸。[pI:6.02;5.02;3.22;10.76] 解:pI = 1/2(pKa1+ pKa2)
pI(Ala) = 1/2(2.34+9.69)= 6.02 pI(Cys) = 1/2(1.71+10.78)= 5.02 pI(Glu) = 1/2(2.19+4.25)= 3.22 pI(Ala) = 1/2(9.04+12.48)= 10.76
6、向1L1mol/L的处于等电点的甘氨酸溶液加入0.3molHCl,问所得溶液的pH是多少?如果加入0.3mol NaOH以代替HCl时,pH将是多少?[pH:2.71;9.23] 解:pH1=pKa1+lg(7/3)=2.71 pH2=pKa2+lg(3/7)=9.23
8
7、将丙氨酸溶液(400ml)调节到pH8.0,然后向该溶液中加入过量的甲醛,当所得溶液用碱反滴定至Ph8.0时,消耗0.2mol/L NaOH溶液250ml。问起始溶液中丙氨酸的含量为多少克?[4.45g]
2+-4+
8、计算0.25mol/L的组氨酸溶液在pH6.4时各种离子形式的浓度(mol/L)。[His为1.78×10,His为
0-4
0.071,His为2.8×10]
2+-6.4+2+0+
解:由pH=pK1+lg(His/10)=pKr+lg(His/His)=pK2+lg(His/ His)
2+-4+0-4
得His为1.78×10,His为0.071,His为2.8×10
9、说明用含一个结晶水的固体组氨酸盐酸盐(相对分子质量=209.6;咪唑基pKa=6.0)和1mol/L KOH配制1LpH6.5的0.2mol/L组氨酸盐缓冲液的方法[取组氨酸盐酸盐41.92g(0.2mol),加入352ml 1mol/L KOH,用水稀释至1L]
10、为什么氨基酸的茚三酮反应液能用测压法定量氨基酸?
解:茚三酮在弱酸性溶液中与α-氨基酸共热,引起氨基酸氧化脱氨脱羧反映,(其反应化学式见P139),其中,定量释放的CO2可用测压法测量,从而计算出参加反应的氨基酸量。
11、L-亮氨酸溶液(3.0g/50ml 6mol/L HCl)在20cm旋光管中测得的旋光度为+1.81o。计算L-亮氨酸在6mol/L HCl中的比旋([a])。[[a]=+15.1o]
12、标出异亮氨酸的4个光学异构体的(R,S)构型名称。[参考图3-15]
13、甘氨酸在溶剂A中的溶解度为在溶剂B中的4倍,苯丙氨酸在溶剂A中的溶解度为溶剂B中的两倍。利用在溶剂A和B之间的逆流分溶方法将甘氨酸和苯丙氨酸分开。在起始溶液中甘氨酸含量为100mg ,苯丙氨酸为81mg ,试回答下列问题:(1)利用由4个分溶管组成的逆流分溶系统时,甘氨酸和苯丙氨酸各在哪一号分溶管中含量最高?(2)在这样的管中每种氨基酸各为多少毫克?[(1)第4管和第3管;(2)51.2mg Gly+24mg Phe和38.4mgGly+36mg Phe] 解:根据逆流分溶原理,可得:
对于Gly:Kd = CA/CB = 4 = q(动相)/p(静相) p+q = 1 = (1/5 + 4/5)
3
4个分溶管分溶3次:(1/5 + 4/5)=1/125+2/125+48/125+64/125 对于Phe:Kd = CA/CB = 2 = q(动相)/p(静相) p+q = 1 = (1/3 + 2/3)
3
4个分溶管分溶3次:(1/3 + 2/3)=1/27+6/27+12/27+8/27
故利用4个分溶管组成的分溶系统中,甘氨酸和苯丙氨酸各在4管和第3管中含量最高,其中: 第4管:Gly:64/125×100=51.2 mg Phe:8/27×81=24 mg 第3管:Gly:48/125×100=38.4 mg Phe:12/27×81=36 mg
14、指出在正丁醇:醋酸:水的系统中进行纸层析时,下列混合物中氨基酸的相对迁移率(假定水相的pH为4.5):(1)Ile, Lys; (2)Phe, Ser (3)Ala, Val, Leu; (4)Pro, Val (5)Glu, Asp; (6)Tyr, Ala, Ser, His.
[Ile> lys;Phe,> Ser;Leu> Val > Ala,;Val >Pro;Glu>Asp;Tyr> Ala>Ser≌His] 解:根据P151 图3-25可得结果。 15.将含有天冬氨酸(pI=2.98)、甘氨酸(pI=5.97)、亮氨酸(pI=6.53)和赖氨酸(pI=5.98)的柠檬酸缓冲液,加到预先同样缓冲液平衡过的强阳离交换树脂中,随后用爱缓冲液析脱此柱,并分别收集洗出液,这5种氨基酸将按什么次序洗脱下来?[Asp, Thr, Gly, Leu, Lys]
2+A+
解:在pH3左右,氨基酸与阳离子交换树脂之间的静电吸引的大小次序是减刑氨基酸(A)>中性氨基酸()>
0
酸性氨基酸(A)。因此氨基酸的洗出顺序大体上是酸性氨基酸、中性氨基酸,最后是碱性氨基酸,由于氨基酸和树脂之间还存在疏水相互作用,所以其洗脱顺序为:Asp, Thr, Gly, Leu, Lys。
9
第四章 蛋白质的共价结构
提要
蛋白质分子是由一条或多条肽链构成的生物大分子。多肽链是由氨基酸通过肽键共价连接而成的,各种多肽链都有自己特定的氨基酸序列。蛋白质的相对分子质量介于6000到1000000或更高。
蛋白质分为两大类:单纯蛋白质和缀合蛋白质。根据分子形状可分为纤维状蛋白质、球状蛋白质和膜蛋白质。此外还可按蛋白质的生物学功能分类。
为了表示蛋白质结构的不同组织层次,经常使用一级结构、二级结构、三级结构和四级结构这样一些专门术语。一级结构就是共价主链的氨基酸序列,有时也称化学结构。二、三和四级结构又称空间结构(即三维结构)或高级结构。
蛋白质的生物功能决定于它的高级结构,高级结构是由一级结构即氨基酸序列决定的,二氨基酸序列是由遗传物质DNA的核苷酸序列规定的。
肽键(CO—NH)是连接多肽链主链中氨基酸残缺的共价键,二硫键是使多肽链之间交联或使多肽链成环的共价键。
多肽链或蛋白质当发生部分水解时,可形成长短不一的肽段。除部分水解可以产生小肽之外,生物界还存在许多游离的小肽,如谷胱甘肽等。小肽晶体的熔点都很高,这说明短肽的晶体是离子晶格、在水溶液中也是以偶极离子存在的。
测定蛋白质一级结构的策略是:(1)测定蛋白质分子中多肽链数目;(2)拆分蛋白质分子的多肽链;(3)断开多肽链内的二硫桥;(4)分析每一多肽链的氨基酸组成;(5)鉴定多肽链的N-末端和C-末端残基;(6)断裂多肽链成较小的肽段,并将它们分离开来;(7)测定各肽段的氨基酸序列;(8)利用重叠肽重建完整多肽链的一级结构;(9)确定半胱氨酸残基形成的S-S交联桥的位置。
序列分析中的重要方法和技术有:测定N-末端基的苯异硫氰酸酯(PITC)法,分析C-末端基的羧肽酶法,用于多肽链局部断裂的酶裂解和CNBr化学裂解,断裂二硫桥的巯基乙醇处理,测定肽段氨基酸序列的Edman化学降解和电喷射串联质谱技术,重建多肽链一级序列的重叠肽拼凑法以及用于二硫桥定位的对角线电泳等。
在不同生物体中行使相同或相似功能的蛋白质称同源蛋白质。同源蛋白质具有明显的序列相似性(称序列同源),两个物种的同源蛋白质,其序列间的氨基酸差异数目与这些物种间的系统发生差异是成比例的。并根据同源蛋白质的氨基酸序列资料建立起进化树。同源蛋白质具有共同的进化起源。
在生物体内有些蛋白质常以前体形试合成,只有按一定方式裂解除去部分肽链之后才出现生物活性,这一现象称蛋白质的激活。血液凝固是涉及氨基酸序列断裂的一系列酶原被激活的结果,酶促激活的级联放大,使血凝块迅速形成成为可能。凝血酶原和血清蛋白原是两个最重要的血凝因子。血纤蛋白蛋白原在凝血酶的作用下转变为血清蛋白凝块(血块的主要成分)。
我国在20世纪60年代首次在世界上人工合成了蛋白质——结晶牛胰岛素。近二、三十年发展起来的固相肽合成是控制合成技术上的一个巨大进步,它对分子生物学和基因工程也就具有重要影响和意义。至今利用Merrifield固相肽合成仪已成功地合成了许多肽和蛋白质。
习题
1.如果一个相对分子质量为12000的蛋白质,含10种氨基酸,并假设每种氨基酸在该蛋白质分子中的数
100
目相等,问这种蛋白质有多少种可能的排列顺序?[10]
12000/120100
解:10=10
2、有一个A肽,经酸解分析得知为Lys、His、Asp、Glu2、Ala以及Val、Tyr和两个NH3分子组成。当A肽与FDNB试剂反应后得DNP-Asp;当用羧肽酶处理后得游离缬氨酸。如果我们在实验中将A肽用胰蛋白酶
10