写在开头：
1.尽量列举了大部分（几乎）的命令
2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的 3.非斜命令是运行一个常用 模拟所必备的
4.命令顺序为一个基本的脚本文件命令顺序，骨架如此
5.我主要是做金属的，所以其他方向的希望有一个借鉴作用，大同小异
6.对于初学者切不可认为in文件就是这个固定顺序，其实正常模拟过程中做平衡、以及随后的运行在某些阶段都会重复使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循环，等等等
7.本文的目的旨在让初学者对in文件有一个总体的把握，希望对新手入门有帮助 8.括号里为这个命令的默认值，我列举的是在使用过程中比较关心的默认值 9.纯属个人学习心得，希望大家多多指点讨论
10.复制的时候希望能留下足迹，如果觉得哪里有问题，随时回来讨论！方便其他人学习！ 11.对in文件通俗点的理解就像洗衣服，洗衣机就是lammps的主程序，这个in文件就是在设定怎么洗衣服
----------------------------------Initialization基本模拟系统设置------------------------- units (lj) ** 单位系统
boundary (ppp) ** 边界条件 atom_style (atomic) ** 粒子类型
atom_modify * 粒子类型调整，，，凡是后面带一个modify的，都是对头命令的补充修改 newton (on) processors
dimension (3) * 维数
------------------------------Atom definition---这一组命令主要用来构建模拟模型的---------------
lattice ** 晶格参数
region ** 选择一个区域
create_box ** 创建一个盒子 create_atoms ** 创建原子 group, ** 给原子分组
delete_atoms,** 删除某些原子
delete_bonds,
displace_atoms,* 移动某些原子
replicate* 将已经构建的模型在三维重复复制放大
read_data***这个命令就是用来读取其他软件建的模型的 read_restart* 以之前运行的结果作为这次计算的初始构型
---------------------------------------Potencial---定义粒子相互作用势------------------------------ pair_style** 势函数类型
pair_coeff,** 势函数文件名（一般这个文件放在与此in文件的同一个目录下）
pair_modify**
此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注
pair_write bond_style bond_coeff, angle_style angle_coeff, dihedral_style dihedral_coeff, improper_style improper_coeff, kspace_style, kspace_modify dielectric, special_bonds
----------------------------------------Seting--------------------------------------------- neighbor, ** 截断半径相关的设置
neigh_modify, **
timestep,** 模拟的步长
compute, *** ！定义计算，一般我们需要的输出数据就需要这个命令来定义 uncompute * 取消某个compute设置
variable**这个命令可以多次使用，定义一个变量
reset_timestep, ** 步长计数器清零，有多个run命令的需注意这个 run_style, 配套run的，不一定需要 compute_modify *配套compute的
---------------------------------------- Minimize------------------------------------------- 结构优化，注意和热力学平衡区分开来
minimize,** min_style, ** min_modify **
---------------------------------------------Fix------------------------------------------- fix*** 这个命令相当重要多的不说，看手册 unfix 取消某个fix设置
fix_modify,
------------------------------------------Output------------------------------------------ dump, ** 输出数据，输出的为单个原子的信息，可视化就用它 undump,* 取消某个dump设置
thermo, ** 输出全局数据，比如温度，压强，长度，总能量等 thermo_style,* 配套thermo的 thermo_modify,*
（后面的都是输出一些数据类型，我一般没怎么用，具体需要的可以单独自己了解） dump image, dump_modify, dump movie,
restart, *输出restart文件，对应前面read-restart，data文件只有原子坐标，restart含有部分计算信息
write_data, *将当前模型输出为一个data文件，对应之前的read-data，
write_dump, write_restart*
------------------------------------------Run a simulation---------------------------------------- run, ***这个命令出现之后，模拟才开始进行计算，前面的都是在设置计算过程
change_box, * neb prd, rerun, temper
-------------------------------------------Others--------------------------------------------
这些命令主要可以实现循环以及逻辑判断，通过他们，可以向更复杂的模拟过程前进 clear,* log, * echo, if, *
include, jump, * label, * next, * print, * shell,