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Project title: 所分析数据的名称。

Genotypic data：确定输入数据是双倍体基因型数据还是单倍型数据。 Gametic phase：确定输入数据中配子片段是否已知。

Recessive data：确定输入数据中是否为隐性Data type：输入数据的类型。 Missing data：缺失数据用什么字符来表示。

“Browse results”按钮可以用来查看计算分析的结果，利用“Edit project”按钮可以编辑数据文件。

“Message”栏显示关于分析数据的基本信息。

Arlequin软件还能同时处理多个文件，这点类似于，DOS系统下的批处理命令。这样的批处理文件以“*.arb”为扩展名。打开一个批处理文件，其操作界面与普通数据有所不同，如下如图所示：

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对上述操作界面，阐释如下：

Use assocaited settings：对每套数据采用已经准备好的相关设置。

Use interface settings: 对每套数据采用事先预订好的同一套计算设置。

Results to summarize：这个选项允许从批处理列表中选择出每个文件所要进行的计算分析选项。这些结果会被写进不同的文件中，但这些文件都以“*.sum”为扩展名，而且这些文件与“Batch file”置于同一目录下。

点击“Calculation Settings”，可进行具体的计算分析设置，其操作界面如下图所示：

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“Calculation Settings”对话框被分为三个部分。在操作界面的左上方是一个树形的结构，使用户可以快速的选择进行何种运算。在操作界面的左下方是针对于每项计算任务的具体参数的设置，各种运算参数可以显示在这个区域。在操作界面的右上方会显示，被选中的计算任务的一些基本信息。

“Settings”栏基本信息的说明：

Load：载入事先确定好的运算设置（保存在以*.ars为扩展名的文件中）。 Save：把当前的运算设置保存到以*.ars为扩展名的文件中。 Reset：把所有的设置恢复到缺省值。

选择主操作界面左上方树形结构中的“General settings”的“Project files”选项，操作界面变为如下图所示：

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“Project file”：所进行分析的数据文件的路径及名字（多以*.arp为扩张名）。 “Result file”：包含Arlequin软件包运行结果的html文件，此文件的名字与数据文件的名字一致，只是扩张名为*.html。

“HTML file”：包含结果文件主要结构的html文件。

选择主操作界面左上方树形结构中的“General settings”的“Polymorphism control”选项，操作界面变为如下图所示：

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对上述操作界面的解释如下：

Allowed missing level per site ：此参数用来确定用来计算分析的任何位点的缺失数据的多少。例如，0.05的水平意味着，一个基因座如果有超过5%的缺失位点，则在计算过程中将不被认可。这个选项在处理不同个体且测序片断不太相同的DNA数据时，尤其有用。如果把此参数设为0，则意味着在所有个体中不能有缺失位点。相反，如果把此参数设为1，则意味着在所有个体中的缺失位点是允许的。

Transversion weitght：颠换的权重（处理DNA序列时）。 Transition weight：转换的权重（处理DNA序列时）。

Deletion weight：位点缺失的权重（处理DNA序列或RFLP数据时）。

Infer haplotypes from distance matrix or Use original haplotype definition： 确定用何种数据来确定相似的单倍型，第一个选项的依据是计算所得的遗传距离，第二个选项的依据是数据原始状态的不同。

选择主操作界面左上方树形结构中的“General settings”的“Settings for the EM algorithm”选项，操作主界面变为如下图所示：