》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 1) 基本的鼠标控制
鼠标的滚动轮的可当做中键使用。
下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能:
键盘 Shift Ctrl Shift+Ctrl 2) 虚拟滚动球旋转 鼠标左键 旋转图像(虚拟滚动球rotate) 中键 在XY上移动图像(translate平移) 回到旋转起始 右键 在Z上移动图像(zoom变焦) 移动截面
虚拟滚动球
虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时,好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转;在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。
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》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 3) 移动截面
截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分将会被切除,从而显示出内部。在
复杂或大分子中截面非常有用。
截面示意图(hither这边的近处的,yon那边的远处的)
PYMOL的截面控制需要鼠标和键盘结合,如下图示:SHIFT+右键,当鼠标上下拖动时会调整前截面,左右拖动时调整后截面。
截面的控制
也可以对角线拖动改变截面的显示,如下图:
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对角移动截面改变可见的―wedge‖
4) 改变旋转中心点
观察分子图像时,常常需要改变旋转的中心点,快捷方式是―ctrl+shift+中键‖点击目标原子。
5) 简单回顾
至此,应该能够完成如下任务: ? 载入PDB。
? 旋转、平移、缩放图像。
? 调整前截面和后截面,以便更清楚地观察分子的切片图。 ? 改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。
二、 命令行操作入门
此部分介绍典型常用的命令,命令语法的详细内容见《PYMOL命令》 。 PYMOL语言是事件敏感的(case-sensitive),但是前一个事件不能应用到当前的命令中,所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。
1. 记录结果
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当在PYMOL上操作时,如果想记录下完成的操作步骤,可创建一个日志文件(log-file): 语法
log_open log-file-name 例如
PyMOL> log_open log1.pml
无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是―.pml‖,这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。
输入log_close命令可以停止记录,如果不输入此命令,日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。 如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤,可创建一个会话文件(session-file)。
2. 载入数据
从文件中载入PDB,命令如下 语法
load data-file-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb
命令输入后,PYMOL会打开读取―pept.pdb‖,创建并命名相应的对象,在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。
默认状态下,PYMOL会在文件读取后命名对象,当然也可以重命名对象: 语法
load data-file-name,object-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #对象命名为―pept‖ #文件扩展名不会出现在对象名中
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为―test‖
(―#‖是注释标志,在命令行中,#后输入任何信息都不会被PYMOL读取)
上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词,它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数,这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言,参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。
3. 操控对象(manipulating object)
对象的操控既可用鼠标,也可用命令。例如,改变默认的表示形式(representation)lines到sticks,首先删除lines然后显示sticks:
语法
hide representation hide representation 例如
PyMOL>hide lines #以lines显示的对象消失 PyMOL>show sticks #以sticks显示的对象出现
其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等(见―表示形式‖)。
当用命令show时,新的表示形式出现,但原来的表示形式不消失,非常恼人,可用下面的命令解决这
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个问题: 语法
as representation 例如
PyMOL>as sticks #不论原来显示多少种表示形式,命令后只显示sticks一种
在显示有配体存在的对象时,有时显示不出配体,可通过下面方法解决: 例如
fetch 1biw #载入对象1biw,它有一个配体 as cartoon #配体存在但却没被显示
然后通过鼠标操作,点击内部GUI的S菜单 > organic > spheres,就可以看到配体了。
1) 原子选择
原子选择(atom selections)可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择,也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩放(zoom)选择的―on the fly‖:
语法
zoom selection-expressions #选择原子进行缩放 例如
PyMOL>zoom resi 1-10 #resi是选择符 #选择氨基酸残基 #给出PDB序列号 #―1-10‖ 是标识符
Selection-expressions可以是单个词也可以是长复杂句。一个Object-name也可能是selection-expression。默认的selection-expression是all,即当前载入的所有原子。如果命名选择,你将能够操作它任意次。对象(object)和选择(selection)的名字可以是大小写字母(A/a到Z/z)、数字(0到9)和下划线(_),下面的字符是不可以的:
! @ # $ % ^ &* ( ) ' \首先,命名选择: 语法
select selection-name,selection-expression 例如
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为―boy007‖ 然后使用这个名称: 语法
zoom selection-name
hide representation,selection-name show representation,selection-name 例如
PyMOL>zoom boy007
PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007 当创建一个selection-name后,PYMOL会在控制面板显示出,以便利用面板里的控制功能(见―PYMOL命令‖)。
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