光照控制
可以通过在预览矩形上点击拖动鼠标来改变光照的方向。当拖动鼠标时，预览在不断更新，这在测试不同反射的会比较有用；也可以测试在不同方向的光照下，化学键和多面体的外观。
光照设置
Crystalmaker的高质量渲染中假定有两种光源：环境光源和点光源。我们已经介绍了在预览时可以改变点光源的方向。在Lighting面板中，又可以对环境光源进行设置——同时也包括点光源。
选择新的光方向
(1) 选择Rendering > Rendering Options，出现渲染选项框； (2) 选择Lighting面板；
(3) 在立体图上点击一个点；
或者在bearing和elevation上输入数值； (4) 点击Apply完成设置。
图像平滑
彩色或灰阶模式中，结构可能是使用平滑的线和边缘来构建的。这可能会比标准的屏幕测绘更花时间，所以Rendering > Fast Rotation Model命令允许在没有图像平滑的情况下旋转结构；当完成操作后，图像就会重新画出并平滑。另外，选择Rendering > Full Rendering Mode可以使图像平滑一直开启。
深度构建(Depth Profiling)
Crystalmaker可以模拟大气雾的影响，这样原子间的距离就像融入到背景中。Depth Fading效果在拥有较多原子的复杂结构中会比较有用。使用大量的depth fading，超过一定深度的原子会变得不可见。
选择Rendering > Turn Depth Fading On/Off命令开启或关闭这个功能。可以对depth fading开始点进行控制。
Crystalmaker的一个独特特点是控制前景原子的透明度。通过使这些原子变得透明，远距离的原子会变的可见，而更远距离的原子会融入背景。这样，就可以窥探复杂结构的内部。
Depth Profiling的应用 1、观察密集结构的内部
使用深度面板上的Depth Slider按钮，可以穿透前景原子，从而观察复杂结构的内部。
2、快速扫描模拟的结构
通常此模型适用于具有众多原子的结构，并且感兴趣的数据一般与模型中心有关。
Depth Profiling还提供了一个观察大结构的快速方法。 3、观察以高度为函数的表面
对于给定的晶体表面位向，原子的排列方式随表面高度的不同而变化。如果选择的观察方向垂直于想要的平面，使用Depth Zoom slider可以在不同高度快速的观察原子排列。
编辑深度设置
用户可以在渲染选项中的深度面板上开启或关闭depth fading。可以在下来菜单中预设Depth profile，然后预览材料中原子的不透明度如何随深度变化儿变化。 用户可以通过点击拖动控制红色按钮来自定义depth profile。
点击拖动滑动按钮来显示材料中不同深度的原子。如果同时选择了Use depth fading和Live update选项，当拖动滑动按钮时，结构模型会实时显示。
远景(Perspective)
远景校正可以用来加强模型的三维效果。选择Rendering > Turn Perspective On/Off来开启或关闭远景。
用户可以在渲染选项中的Perspective面板上编辑观察的距离(观察者和结构中离观察者最近的原子)。
小的观察距离虽然可以加强远景的效果，但是会使结构显得扭曲。为了得到最好的效果，可以根据结构的大小来选择观察距离：大结构选择大的观察距离，小结构选择小的观察距离。
立体效果(Stereo)
Crystalmaker拥有创造3D效果图片的能力。
Stereo Pairs
Stereo Pairs图形显示了两个代表左右眼视角的模型。这两个视角相对在进行轻微的旋转，理想情况下，两个图形之间的距离应该等于两眼之间的距离。 用户可以通过渲染选项中的Stereo面板来改变两个图形之间的变化角度。调整两个图形分离的最好办法是重设图形窗口，或者如果要打印，选择File > Print Preview来定义最后的打印尺寸(两倍于两个图形间距离)。
Red/Blue Stereo
Red/Blue Stereo由从两个有一定角度的视角观察的模型组成，在渲染选项的Stereo面板可以进行设置。使用立体眼镜可以观察到令人印象深刻的三维图像。
第六章 结构模型
本章介绍了使用不同模型构建已知结构的方法。在Crystalmaker模型菜单中，有六种模型可以选择。使用模型菜单和模型选项，可以对每种模型进行广泛的定义和修饰。
模型类型(Model types)
在模型菜单(Model menu)中，列出了五类Crystalmaker的主要模型类型，这些模型可以应用于任何结构。如果用户对键进行了定义，得到的模型会有更好的效果。 Space-filling
Space-filling plots描述了在一个结构中原子是如何堆簇在一起的。这些原子呈球状，半径对应其实际的原子半径。如果用户定义了键，软件会在必要的时候使用球叠加校正。 Ball and Stick
Ball-and-stick plots描述了以线或者圆柱相连接的实心球，代表了化学键。每个原子的半径是它的Space-filling半径的百分数(默认40%),其最小半径为0.4埃。用户可以使用Model Options> Atoms pane>Relative Radius and Minimum Radius对ball-and-stick中的球体大小进行编辑。 Wire frame
对于复杂结构，wire-fame结构对比较有用，这通常是在屏幕上旋转结构的最快模型。未键合的原子好比一个个独立的像素。每对原子间的线分割表示键。 Polyhedral
复杂结构可以使用配位团作为几何单元(多面体),从而省略原子和原子键(例如，一个SiO4团代表了四面体，其中Si原子在中心，O原子在顶点)，达到简化的目的。Crystalmaker可以构建任意凸多面体。
用户可以同时使用polyhedral, ball-and-stick, wire-frame，stick在一个模型中。 注意：必须定义原子键才能生成多面体！ Stick
本模型包括经过渲染的原子键的圆柱形化学键，而未键合的原子显示为球形。这在显示化学键结构和分子几何时特别有用，但对于复杂结构画起来会比wireframe慢。
Thermal Ellipsoid
本模型适用于结构的位置中包含原子位移参数的情况。Thermal Ellipsoid
模型和ball-and-stick模型类似，但是在这个结构中一些原子呈椭圆形，表现出热振动、无序的各向异性，并显示出了在原子位置上的不确定性。 椭圆的大小依赖于位移参数和其他可能因素。
自定义模型
用户可以使用Model > Model Options命令来自定义不同渲染效果的模型或更简单点儿的“线性艺术”。
球、椭圆和多面体
在Atoms面板中，用户可以根据元素类型或位置自定义原子显示的样式。列表中显示了按照元素类型分类的原子球体、热椭圆体和多面体。点击灰色的三角按钮，用户可以关闭或打开这些原子。
为特定位置设置一个样式： (1) 在列表中选定行；
(2) 点击球、椭圆或多面体，然后在下拉菜单中选择一个新的样式； (3) 点击Apply完成设置。
位于相同原子类型的所有位置使用相同样式： (1) 选定相关元素行：
(2) 点击球、椭圆或多面体，然后在下拉菜单中选择一个新的样式。这个元素的所有位置都被更新；
(3) 点击Apply完成设置。
为结构中的所有位置使用相同样式： (1) 点击Default行；
(2) 点击球、椭圆或多面体，然后在下拉菜单中选择一个新的样式；
(3) 点击球、椭圆或多面体右侧的向下箭头，这个样式就被应用到这一列的所有位置；
(4) 点击Apply完成设置。
改变一个位置的原子样式： (1) 点击球柱内的位置标注；
(2) 在出现的菜单中选择一个新的样式。
在相同元素类型的所有位置上应用相同样式： (1) 点击相关元素行的球、椭圆或多面体； (2) 在出现的菜单中选择一个新的样式； 这个元素类型的所有位置都被更新。
所有位置使用默认值：
点击Apply Default Style按钮，所有位置显示Default行的球、椭圆或多面体样式。
线性宽度保留高分辨率： 选中Scale pen widths。
椭圆选项
使用Atoms面板的Ellipsoid行，可以按照元素或位置调整热椭圆体的样式。
绘制椭圆小球
小原子，例如氢，其热椭圆体比较小，以至于不能掩盖结构的重要部分(例如碳原子)。在这种情况下，可能不需要热椭圆体的功能。
点击椭圆标志左侧的复选框来关闭热椭圆体功能。那个位置或元素的原子会显示小椭圆。用户可以改变它们的样式，以此区别于其他椭圆位置。
可以使用Atoms面板右下侧的Thermal Ellipsoid Sphere来设置球体半径。
多面体选项
一当生成化学键，配位多面体就可以显示。作为化学键生成过程的一部分，Crystalmaker会搜索有化学键位置周围的多面体。高的配位位置会自动给予填充的三维多面体样式。低配位的位置会给予默认的空白样式。未键合的位置会显示孤立的原子球。
Crystalmaker提供以下多面体样式：
Blank
这钟样式以红十字表示，可以用于显示多面体顶点原子。 Ball-and-stick
显示一个中心原子，和它的配位原子有或者没有化学键。可以选择化学键显示为cylinders或者wireframe样式。 Stick
仅仅使用圆柱体或线画出从一个位置到它的配位原子的化学键
Frame Polyhedra
这种多面体样式，包括画出多面体的边缘以及从中心原子到多面体顶点的化学键。