有其他方法可以解决机械世界表达了不满（机械世界可以采用类似Smith的方式对Neo的意识进行侵蚀强迫Neo帮助他们，但这种方式带有相当大的不确定性，如果Neo强大到可以拒绝这种侵蚀，就像他在第二部电影里对付Smith那样的侵蚀的话，机械世界就有失去最后解决Smith的方法的危险）。但Architec也承认，进化了的人类可以和机械避免互相毁灭和平共处。

虽然结局是一定的，但是这场旷世大决斗还是拍的没有让任何人失望。动作导演是大名鼎鼎的袁和平，他安排的暴雨中的对决，而背景的音乐则是气势宏大的交响加合唱，其气势之恢宏，视觉效果之壮烈，正如沃桌斯基自己说的那样，要“终结所有的两人对打”，尼奥和Smith两个人打遍全宇宙，从地面打到空中，在失重的情况下对决，又打到地下，最终的结局正如我预料的那样，Smith复制了尼奥，但是这种复制就像是正负电子的对撞，结局是两者的融合，或者说湮灭。尼奥和Smith都死亡了，被Smith复制的所有人都恢复了原形，八爪鱼也停止了对锡安的进攻，一瞬间，Matrix被重构（Reboot），就像操作系统被重启，一切又回到了原样（第二集叫Reload我看第三集叫Reboot既对仗工整又说明主题），Matrix又回到了第一集中我们看到的模样，如果这时候放映第一集，我们就可以认为是Matrix IV，故事完成了一个循环。顶着灿烂的阳光，设计师这个长得像肯德基老头的人走向先知说你玩的这个游戏很危险知不知道；先知说知道，但是它能换来稳定；老头说这个稳定能维持多久；先知说能维持多久就让她维持多久，你打算怎么处理那些想出去的人？老头说我会给他们自由；先知说是真的吗？老头反问，你以为我像人类一样撒谎吗？微笑一下转身走了。影片完。

最后这一段对话很多人可能不能理解，到底在说什么，我的理解是这样，影片中的一切，都是先知设计的一个Matrix的升级程序，尼奥的诞生和Smith的出现虽然她不能预计到所有的后果，但是基本的进程是在她的设计中的，但是不可否认，这个升级程序有一定的危险性，有很多不可控的因数。先知最危险的举动就是让Smith复制自己，这就好像我们要杀

病毒，在没有被病毒感染的时候，我们很难知道病毒的特性从而清除他，往往要让病毒感染了文件以后，我们才能有效的研究出病毒代码，先知就是置之死地而后生，选择被Smith感染来了解他，但这无疑是很危险的。设计师他会给那些想出去的人自由，当然指的就是锡安的那些叛军，这个自由可以做两种的理解，一种理解是维持锡安的稳定，让他们在锡安中继续安居乐业，给他们自己认为是自由的自由，锡安的人到目前为止也没有一个人明白他们身处Matrix2；另一种理解是设计师可能真的会让他们脱离试管，回到自己真正的真实世界(//人类世界)，Matrix2就是以真实世界为原型设计的，这些锡安人也会很快的适应真实的世界的生活；先知问你说的是真的吗？老头反问你以我是人类吗？这句话再明白不过，只有人类才会欺诈，我不会骗你的，我会遵守我和尼奥之间的协议。到这里，我们也明白了，机器之主在Matrix中的代言人就是设计师，就像网络游戏的设计师也需要一个在游戏中的角色去体验一样。 影片看完了，所有的谜底都揭开了，这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考。