制片
进行显微鉴定，首先根据观察的对象和目的，选择具有代表性的生药，制作不同的显微制片，包括组织制片、表皮制片和粉末制片。组织制片的方法主要有徒手制片、滑走制片、冰冻制片及石蜡制片等。对植物类中药，如根、根茎、茎藤、皮、叶等类，一般制作横切片观察，必要时制纵切片；果实、种子类须制作横切片及纵切片观察；木类药材须制作横切片、径向纵切片及切向纵切片三个面观察。表皮制片系将表皮细胞组织制成显微观察片的一种方法，适用于观察叶片、花瓣、花萼和其它器官表皮的细胞形状、气孔、腺毛、非腺毛的类型和角质层的纹理以及各种细胞内含物等的显微特征。粉末制片用于观察药材的组织、细胞及细胞后含物特征，制片时根据观察目的物的不同可以选用斯氏液或水合氯醛制片。有时为了观察某些细胞组织如纤维、石细胞、导管等，可制解离组织片。 显微观察与结果记录
组织特征特别是横切面组织特征的观察与描述，一般是由外向内依次进行，如双子叶植物茎的初生构造由外向内依次为表皮、皮层和中柱三个部分。
在观察与描述中，首先注意其各部分的位置、形态、有无其它组织分布等特征。其次应注意各种细胞及其内含物的颜色、形状、大小。颜色是指在显微镜下所见到的颜色，描述方法同前已述及的性状鉴定。形状一般指在显微切片中所见到的平面形状。大小指在显微镜下用目镜测微尺测量的数据，一般取直径（椭圆形、长方形均量短径），如长度有鉴别意义，可加长度数据；导管、分泌细胞的直径常指外径；分泌腔、分泌道的直径常指内径；当目的物的大小差异很小时，可记载 1 个数字，如直径约 50 μm，当目的物的大小有一定差距时，可记载最小值与最大值，如直径为 15~ 40 μm（ 50μm ），括号内的数字表示少数目的物的大小数字；若目的物的大小差距很大时，可记载最小值、常见值和最大值，如长 20~ 40 ~80μm 。
粉末制片在显微镜下观察时，可见到多种组织碎片、细胞及内含物的特征。描述方法同上，在描述顺序上，一般可以按照“先多后少”或“先特殊后一般”的原则进行。
显微测量是指在显微镜下用目镜测微尺测量细胞和后含物的大小。先将目镜测微尺用载台测微尺标化，计算出每一小格的μm数，应用时将测得目的物的小格数，乘以每一小格的μm数，即得所欲测定物的大小。测量微细物体时宜在高倍镜下进行，因在高倍镜下目镜测微尺的每一格的μm数较少，测得的结果比较准确，而测量较大物体时可在低倍镜下进行。
显微鉴定结果的记录，除用文字来描述之外，均需附图说明。附图可以用显微绘图法绘制，也可以应用显微摄影技术摄制。显微摄影是利用显微照相设备将显微镜下观察的影像摄录下来的一项技术。显微照相设备种类很多，可分为无测光系统和有测光系统或自动、手动系统。数码显微摄影技术是一项新的显微摄影技术，其工作原理类似数码相机，只是 CCD （ charge couple device ，电荷耦合元件）直接安装在显微镜上。数码显微摄影与普通显微摄影是相似的，只是利用显微镜上方的 CCD 将显微镜下看到的图像，转变为数字信号输出，通过相关的计算机图像采集软件直接在显示器上显示，使显微镜中观察的图像即时生成。目前计算机图像采集软件较多，一般多具有静态图像、动态图像及连续图像采集功能，数码显微摄影图像清晰逼真，操作方便快捷，便于存储与编辑，且还具图像编辑、显微测量功能。