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关于资本公积转增股本的个人所得税问题，下面来举个例子来详细解析。
某税务部门2009年在对某高新技术企业实施稽查时发现，该公司于2007年进行股份制改造、接受上市辅导，并于2007年×月×日按辅导机构要求，将其法定盈余公积、任意盈余公积、法定公益金和由财政拨款转入资本公积的货币资金按原持股比例分配给几名自然人股东增资扩股，拟在上交所创业板上市。股权登记变更完成后，在2008年×月×日自查补缴了法定盈余公积、任意盈余公积、法定公益金转增个人股本所涉及的个人所得税，但财政拨款转入的资本公积转增个人股份未代扣代缴个人所得税。
该企业认为，其资本公积转增个人股份符合国家税务总局《关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》要求。那么，企业的解释是否有道理呢?
根据《关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》规定，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。股份制企业用盈余公积金派发红股属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应作为个人所得征税。
因此，该企业对法定盈余公积、任意盈余公积、法定公益金转增个人股本所涉及的个人所得税的处理依照文件规定是正确的。但是，国家税务总局随后在1998年下发《关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》(国税函
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[1998]289号)，对《关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发[1997]198号)中所表述的“资本公积金”作了解释，强调文件所说“资本公积”是专指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金，由此转增股本由个人取得的数额，才不作为应税所得征收个人所得税。
通过调查就会发现，该项转增个人股份的资本公积金最初来源于财政拨款，虽然会计处理记入了“资本公积”科目，但并不属于文件所述的股份制企业股票溢价发行收入，不符合国税发对《关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》要求，应按国家税务总局《关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复》(国税函[1998]333号)的规定，按股息、红利征收个人所得税。
因此企业进行股份制改造，难免会因自然人股东的改变和自然人股东所持股份的增加而带来个人所得税问题，且往往数额较大，这是税务机关重点监控的纳税问题点，应引起企业的注意：
一是税务部门目前已与政府其他部门，特别是科技主管部门和证券管理机构加强了联系，一旦获悉某企业要进行股份制改造，即将其列入名单进行监控，监控的内容有：何时进行改制，改制时股份是如何变化的，股东是如何构成的，有无将未分配利润、盈余公积、资本公积等转增自然人股份，有无与改制相关的个人所得税代扣代缴义务已经发生而未履行的情况。
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二是对未接受过税务检查，股份制改造已经完成，自然人股东股份有增加，但改制当年申报缴纳“利息、股息、红利”个人所得税与正常年份无变化或虽有变化但与增加的股份不配比的的企业，税务部门会将其列入专项检查名册中，组织力量进行专项检查，以查实可能存在的涉税问题。
所以，企业应加强对个人所得税，特别是股份制改造过程中涉及个税有关文件规定的理解，并做出正确的财务、税务处理，以避免未正确理解执行文件规定而导致重大涉税风险的产生。
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