干扰野生型噬菌体的生长，而将插入AhaⅢ位点的效果则不然。 C.辅助噬菌体的性质
野生型丝状噬菌体及其抗干扰突变株都被用作辅助噬菌体，一般说来是：
抗干扰的噬菌体突变株对小噬菌粒(插入外源DNA片段小于5kb)效果最好；
野生型噬菌体对大的噬菌粒(插入外源DNA片段大于10kb)效果最好。
D.克隆于噬菌粒的外源DNA的大小与性质
因外源DNA片段大小而异，单链DNA的产量可变动在5-10倍之间。一般说来，外源DNA片段越大，产量也就越低。 总之，噬菌粒作为双功能载体展示出巨大的潜力，然而可惜的是在某些系统中噬菌粒单链DNA产量变化莫测，而且往往产量太低，以致不敷使用，只能充当一两次双脱氧测序的模板。