在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法
曾经也是费了好的精力, 研究出了在NAMD中用Amber力场的方法. 呵呵，想起来也过去有些时候了，应winner_dk 兄弟的要求， 我把这一过程在这里原原本本的呈献给大家，希望做过的朋友给挑挑毛病，正在做的朋友参考一下，准备做朋友借鉴一下，不会做的朋友
学习一下，我也就不算白费功夫了！本贴不要钱，不设权限！好，废话少说，教程开始：我的实验条件：前端机 （自己的烂PC...巨烂，512的内存）XP系统， Cluster（46-cpu）Linux系统，提交作业用小企鹅，NAMD2.6, Amber 8 实验对象：咱们在这里用HIV-1整合酶来说明操作过程
1. 用Amber的tleap/xleap去生成top和 crd文件， 这两个文件的地位相当于我们在NAMD中熟悉的psf和pdb，所以呢，在计算之前一定要确保它们的正确性！否则后面的一切都是瞎扯！关于leap的使用请大家去自行研究AMber的手册。在这里只有一点提醒大家注意，Amber力场和Charmm对于原子的命名原则不同，所以最好不要用Charmm处理过的pdb去生成top/crd，否则是自讨苦吃，老手还好，新手可能搞好几天也过不去，决不是危言耸听。
2. 结构优化，本来有两步的， 我只贴出第一步带约束的，第二步大家自己改吧。 咱们看配置文件吧， 以下的都是我的配置文件，久经考验，肯定能用，大家直接拿去贴到文件中就能用了，有一点说一下，我这文件中很多注释文不对题，我懒得改了，大家以鉴赏的眼光去看吧。
############################################################# ## 结构优化 ##
############################################################# # this simulation do a 3 steps minimization #step1 fix all non-water,minimize water
############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
############################################################# amber on
parmfile ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.top
ambercoor ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.crd 看这里，这里要改成Amber的参数啊
outputName ../outputs/IN_2B4J_loop_adjusted_MG_min_1
set temperature 300 firsttimestep 0
############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ##
############################################################# # Input
#paraTypeCharmm on
#parameters ../pars/par_all27_prot_na.inp
# NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you 把Charmm的部分注释掉，或者干脆不写 # have also specified a .vel restart file! temperature $temperature
# Periodic Boundary conditions precise values \57.8550033569 69.1809976101\# NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also
# specified an .xsc restart file! {121.847000122 95.2819976806 88.0310020447} if {1} {
cellBasisVector1 82.68 0. 0. cellBasisVector2 0. 74.47 0. cellBasisVector3 0. 0. 69.33
cellOrigin 42.4445991516 38.8152618408 36.2214126587 }
wrapWater on wrapAll on
# Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0
###############Attention##################### #cutoff 12. cutoff 10.
############################################## ########### Attention! ####################
#switching on 还有这里，注意要把switching off了， Amber的要求 switching off
########################################### switchdist 10. pairlistdist 13.5
# Integrator Parameters
timestep 2.0 ;# 2fs/step
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
rigidTolerance 0.00001 ;# for Amber, 0.00000001 for Charmm 还有这里
nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20
#PME (for full-system periodic electrostatics) if {1} {
PME yes PMEGridSizeX 80 PMEGridSizeY 80 PMEGridSizeZ 72 }
########################################################### Constant T/P contrl, useless here ############################### # Constant Temperature Control #
langevin on ;# do langevin dynamics # #langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps # langevinDamping 1
langevinTemp $temperature #
langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens #
#
# # Constant Pressure Control (variable volume) #
#
useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps # useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane # useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane # if {1} { #
langevinPiston on #
langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm #
#langevinPistonPeriod 100.