实用生物信息技术课程第7次作业
蛋白质三维结构预测和结果分析
姓名________ 学号______________ 组号_____日期________年___月___日
1. 结构预测基本概念
1) 参阅王吉龙2007文章，简述蛋白质三维空间结构同源模建的基本原理和步骤。 2) 参阅文献(Kelley et al., 2015)，说明利用Phyre2进行蛋白质结构预测的原理、方法和
结果分析。
2. 癌胚抗原CEAM5_HUMAN结构预测和分析实例
1) 搜索网络信息资源，简述癌胚抗原（Carcinoembryonic antigen, CEA）的研究和应
用背景。查看UniProt/Swiss-Prot数据库中人癌胚抗原CEAM5_HUMAN序列注释信息和相关链接，说明该蛋白质分子的序列特征、功能、组织特异表达。 2) 从PDB数据库中下载癌胚抗原CEAM5_HUMAN分子N端结构域二聚体晶体结构
2QSQ，选取A链并保存为2QSQ_A；从PDB数据库中下载免疫球蛋白抗体分子高可变结构域1REI，选取A链并保存为1REI_A；比较1REI_A和2QSQ_A折叠方式和二级结构，比较它们疏水内核的相同和差异。
3) 根据文献（Bates et al, 1992）图1序列比对，找出2QSQ中与1REI_A中2个半胱
氨酸和1个色氨酸对应的3个残基，以此为基础进行结构叠合，计算均方根误差。 4) 查看2QSQ_A分子表面与抗体结合区域三个回环，说明如何利用结构模拟信息为
下一步实验提供参考信息。
3. 癌胚抗原CEA21_HUMAN结构预测和分析实例
1) 检索UniProt/Swiss-Prot数据库，找出不同亚型CEA序列条目，根据注释信息，参阅
CEA专门网站（http://www.carcinoembryonic-antigen.de/），比较不同亚型CEA结构域分布特征。
2) 浏览UniProt数据库中收录的CEA21_HUMAN注释信息，找出其中恒定结构域。 3) 利用Phyre2蛋白质结构预测网站，预测CEA21_HUMAN恒定结构域三维结构。 4) 利用Investigator工具，对预测结果进行深入分析，比较不同位点的保守性和突变敏
感性，并与蛋白质预测网站PredictProtein所得结果进行比较。
4. 课题相关蛋白质结构预测
1) 以本人研究课题相关蛋白质或该蛋白质在其它物种中的同源蛋白为例，利用
Swiss-PDBViewer进行分析。
2) 选取本人研究课题相关蛋白质或其中的某个结构域，以Phyre2网站进行结构预测，
并利用Investigator工具，对预测结果进行深入分析，比较不同位点的保守性和突变敏感性。
参考文献
1. 王吉龙，《癌胚抗原CEA三维空间结构同源模建》，2007，(hyttp://abc.cbi.pku.edu.cn/reference/wang-jilong-cea.pdf).
2. Bates PA, Luo J, Sternberg MJ. A predicted three-dimensional structure for the
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carcinoembryonic antigen (CEA). FEBS Lett. 1992 Apr 20;301(2):207-14.
3. Kelley LA, Mezulis S, Yates CM, et al. The Phyre2 web portal for protein modeling,
prediction and analysis. Nat Protoc. 2015 Jun;10(6):845-58. 4.
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