356 怪盗基德的惊异空中步行★ 357 恋人是春天的幻觉
358 本厅刑事恋爱物语5(前篇)（高木警官和佐藤警官约会） 359 本厅刑事恋爱物语5(后篇) 360 不可思议的春天甲壳虫
361 帝丹高中的学校怪谈(前篇)（柯南回顾第一集内容、贝尔摩德假扮新出作为卧底铲除灰原哀，真正的新出智明医生重回学校当校医，并且告诉柯南FBI探员朱蒂将他和小光及婆婆带回美国暂避。新出医生居然知道贝尔摩德假扮时期学校发生的事情，柯南很奇怪，以及贝尔摩德假扮的新出曾经在帝丹小学出现过，如果黑衣组织贝尔摩德想找雪莉，应该在高中或大学找，如果知道变小了，那么在帝丹小学时就应该发现灰原哀这个转学生）
362 帝丹高中的学校怪谈(后篇) （新出医生感叹贝尔摩德假扮时期很善良，但朱蒂说是带着微笑的杀人魔。新出智明说柯南第一次在他前对铃木园子使用麻醉针手表，就让他看出异样了） 363 都市的乌鸦
364 共时性事件(前篇) 365 共时性事件(后篇)
366 可遇见的码头惨剧(前篇) 367 可遇见的码头惨剧(后篇) 368 魔女栖息的糖果之家 369 好运男子的历险 370 四处辗转的游戏软件
371 沉没的航线(前篇) （妃英理出现） 372 沉没的航线(后篇) （毛利小五郎侦破） 373 巨毒蜘蛛的陷阱
374 星星和香烟的暗号(前篇)
375 星星和香烟的暗号(后篇) （柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县） 376 限时15时
377 桃太郎解密之旅(前篇) 378 桃太郎解密之旅(后篇)
379 深山温泉、雪中之夜和年轻女子事件(前篇) 380 深山温泉、雪中之夜和年轻女子事件(后篇) 381 谁的推理秀(前篇) 382 谁的推理秀(后篇)
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔★ 2005年
384 目标毛利小五郎
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)（贝尔摩德打电话给boss的区号） 386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲) 387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)（柯南知道了七个孩子是记忆幕后BOSS邮件地址的，也找出了邮件地址）
388 醉在萨摩的小五郎(前篇) 389 醉在萨摩的小五郎(后篇)
390 本厅刑事恋爱物语6(前篇)（舍友加藤利用千叶警官制造不在场证明） 391 本厅刑事恋爱物语6(后篇) 392 谜样的身长相差20厘米 393 似乎是绑架的事件
394 怪屋大冒险(封印篇) （boss的手机号被柯南破解，灰原哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇) （怪盗基德救下步美、元太） 397 辛辣苦口却又甘甜的汤 398 奇妙一家的委托(前篇) 399 奇妙一家的委托(后篇)
400 持有疑惑的小兰 (小兰怀疑柯南就是工藤新一)
401 宝石抢匪现行犯(前篇)(高木警官想买钻石胸针给佐藤警官。柯南跟小兰说喜欢的女生是灰原。)
402 宝石抢匪现行犯(后篇)
403 不可思议的天使之馆(前篇) 404 不可思议的天使之馆(后篇) 405 呼叫救护车的男子
406 柯南和平次的推理魔术(装置篇) 407 柯南和平次的推理魔术(公馆篇) 408 柯南和平次的推理魔术(解决篇) 409 同时进行的舞台和绑架(前篇) 410 同时进行的舞台和绑架(后篇)
411 神社鸟居之惊悚暗号(前篇) (柯南展现男人的一面) 412 神社鸟居之惊悚暗号(后篇) 413 完全一半犯罪之谜
414 追逐蓝色小鸟的少年侦探团 415 佛灭前出现的恶灵(事件篇) 416 佛灭前出现的恶灵(推理篇) 417 佛灭前出现的恶灵(解决篇)
418 米花町阁楼之家 （工藤优作和有希子回日本探望柯南，阿笠博士正好出现） 419 八头蛇的剑(前篇) 420 八头蛇的剑(后篇) 421 银杏色的初恋(前篇)
422 银杏色的初恋(后篇) (关于阿笠博士的初恋,很感人) 423 侦探团和青虫四兄弟 424 来自小丑的图片邮件 2006年
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间★(电视台晚间新闻播报员水无怜奈（基尔）登场。高木警官在玻璃上写高木美和子（想娶美和子的直接表现）。恶作剧的犯
人是一个小男孩，他是为了提醒水无怜奈起床。但灰原哀怀疑既然水无怜奈是组织的人应该可以解开恶作剧案件。组织安排水无怜奈除掉DJ。柯南为了窃听器和发信器去捡水无怜奈的鞋子，水无怜奈对柯南测谎。狙击手香缇（基安蒂）、科伦登场，贝尔摩德、朱蒂出现。朱蒂由于发现水无怜奈频繁去新出医院所以监视水无怜奈，正好看见毛利小五郎调查恶作剧案件。柯南认识詹姆斯，想起詹姆斯布兰克事件。朱蒂联系赤井秀一告诉他柯南在水无怜奈鞋底安装窃听器发信器。水无怜奈由于避让足球男孩发生车祸被撞昏。琴酒发现水无怜奈鞋底窃听器，根据特殊报告确定毛利小五郎去过水无怜奈家处理恶作剧事件，准备射击毛利小五郎时被柯南足球打碎玻璃，通过毛利和柯南对话让琴酒知道毛利是听赛马而非窃听，琴酒准备通过口香糖查寻安装的人，但仍然准备射杀毛利小五郎，被赤井秀一射中手中的窃听器间接救下。黑衣组织的5人琴酒、沃克、贝尔摩德、香缇、克伦反击并发现FBI赤井秀一。小五郎受到黑衣组织怀疑。柯南和灰原哀聊天说感谢赤井秀一救下毛利小五郎，并且婉拒了FBI护卫以免被怀疑毛利真的和FBI有关系)
426 给兰的情书
427 超秘密的上学路(前篇)（灰原猜测祥子的新班主任平山文吾是黑衣组织） 428 超秘密的上学路(后篇)（真的新出智明出现） 429 无法归来的二人(前篇) (本堂瑛佑登场) 430 无法归来的二人(后篇)
431 本厅刑事恋物语7(前篇)（妃英理客串，浩太绑架事件）
432 本厅刑事恋物语7(后篇)（佐藤警官和高木警官确定恋爱关系） 433 柯南 奇怪的孩子 434 名犬Cool的功劳
435 聚焦侦探团的取材(前篇) 436 聚焦侦探团的取材(后篇) 437 上户彩和新一 4年前的约定
438 鱼邮件的追踪（妃英理和毛利小五郎感情很好） 439 然后谁都无须存在了 440 极限赛车表演 441 临终的啊…… 442 被钢筋狙击的男人 443 叹气拾潮(前篇) 444 叹气拾潮(后篇)
445 俄罗斯蓝猫的秘密（妃英理和毛利小五郎感情很好，毛利小五郎侦破） 446 被封印的欧式窗(前篇) (本堂瑛佑出现，回忆山庄绷带怪人杀人事件) 447 被封印的欧式窗(后篇)（柯南注意到本堂瑛佑观察自己） 448 目黑的秋刀鱼事件
449 本厅刑事恋爱物语7.5 虚假的婚礼★ （449 本厅刑事恋爱物语 虚假的婚礼★） 450 手法VS魔术(前篇) 451 手法VS魔术(后篇) 452 金比罗剧院的怪人★
453 因缘和友情的试映会 454 颠倒的场景(前篇) 455 颠倒的场景(后篇) 456 我喜爱的神秘旅行 457 园子的红手帕(前篇)
458 园子的红手帕(后篇)（京极真和小兰用空手道制服凶手） 459 怪人 循规蹈矩的男人 2007年
460 一年B班大作战 461 消失的一页
462 黑暗组织的影子年幼的目击者（朱蒂、詹姆斯、赤井秀一查到水无怜奈的履历，判断是伪造的。本堂瑛佑对小男孩测谎，引起柯南想起水无怜奈也会测谎。） 463 黑暗组织的影子奇妙的照明（本堂瑛佑旁敲侧击打听水无怜奈消息。） 464 黑暗组织的影子谜样的高额报酬（琴酒回忆水无怜奈击毙组织的神秘卧底，并且没有透露组织的事情，组织里的其他人在卧底的尸体旁边喊他有不同的称呼。贝尔摩德询问足球男孩车祸中受伤的人，被足球男孩怀疑杀害自己的妈妈。） 465 黑暗组织的影子珍珠的流星（水无怜奈击毙神秘卧底本堂） 466 坚不可摧的雪人(前篇) 467 坚不可摧的雪人(后篇) 468 池塘边的奇怪事件
469 怪盗KID与四幅名画(前篇)（怪盗基德假扮高木警官） 470 怪盗KID与四幅名画(后篇) 471 失控的租赁车
472 工藤新一少年的冒险(前篇)（10年前毛利小五郎是刑警和妃英理感情很好，工藤有希子向怪盗基德父亲魔术师黑羽盗一学习易容术，怪盗基德黑羽快斗以孩子模样出现（魔术快斗））
473 工藤新一少年的冒险(后篇)
474 妃英理律师之恋（妃英理和毛利小五郎其实感情很好，俄罗斯蓝猫出现） 475 厄运大奖
476 元太的必杀射 (前篇) 477 元太的必杀射 (后篇) 478 即时30分钟
479 和服部平次在一起的3天★ （柯南怀疑黑衣组织杀害水无怜奈然后假扮她，请来服部平次调查。日卖电视台邀请东西南北4名高中生侦探去无人岛一比高下，电视台导播由于联系不上东部侦探工藤新一所以邀请留学英国的白马探，白马探第三次登场。（白马探第二次登场实在2006年剧场版。）白马探后来作为海外嘉宾，请江户川柯南作为东部侦探。柯南和白马探以前共同破获一个案件，即217集事件。毛利兰发现工藤新一和柯南的手机都没有信号，怀疑新一也在无人岛。服部平次和白马探互相看不顺眼。服部平次通过柯南的提醒利用心理战术巧妙地当场抓住证据——南部侦探下意识地摸了摸钉子。服部平次指出白马探将小偷看成是凶手的思维定势。） 480 黄色不在场证明