crystalmaker晶体软件教程

(7) 点击Stop按钮停止记录。

使用Views保存视频

用户可以使用Overview window中的View面板组合视频帧,拖动这些帧进行排列,移除任何不需要的帧。

一当指定了视频的时间轴,我们建议使用Movie Options进行视频设置。 当用户准备好记录视频,选择Save As Movie命令。

记录QTVR视频

虽然Crystalmaker可以自动生成QTVR视频,但我们建议在开始前重新考虑晶体排列和图片设置。

设置VR记录

Quicktime VR就好比安装在垂直轴上的物体。这个轴可以进行旋转,就像一个平行移动的相机。垂直一定相机可以观察物体:

QTVR的物体视频记录了一系列的行。每一行对应一个固定的垂直VPan角,分为若干列。每一列对应不同的水平HPan角:

使用Quicktime VR Options对话框,用户可以定义许多行和列,包括HPan和VPan角的递增。

开始一个Quicktime VR视频

晶体最开始的位向定义了零度HPan和VPan角,并是随后VR记录的参考点。

记录QTVR视频:

(1) 点击QTVR selector按钮 ;

(2) 如果有必要,对压缩设置进行调整;

(3) 点击Record按钮开始记录,出现以下对话框:

(4) 设定一个角度范围(HPan和VPan角)和观察的视角数(rows 和columns),然后点击OK; (5) 设定一个文件名和存储路径,点击Save按钮继续;

(6) Crystalmaker开始生成需要的视角图,记录会自动停止,如果有需要,可以点Stop按钮停止。

第十章 输入输出数据

本章介绍Crystalmaker支持的文件格式:包括内部格式(只能在Crystalmaker中使用)以及外部格式(可以在其他电脑程序中使用)。 输入输出选项

用户可以使用纯文本文件输入输出数据,这些处理各种文件格式的命令在File > Inport 和File > Export子菜单中。输入文件还可以用File > Open命令打开,或者把文件拖动到Crystalmaker程序中打开。

外部文件格式

本章第一部分介绍Crystalmaker支持的外部文件格式,如下表: 内部文件格式

Crystalmaker使用自己的二元文件格式来加速数据的输入和输出(实际上有两种格式:一种是晶体的,一种是分子的)。它还使用其他的文本文件:元素文件(列出了原子的位置坐标),化学键文件。内部文件合适如下表:

在Crystalmaker中,用户可以查看文件扩展名,以此来决定文件是否能够打开,以及它的数据组成。

Crystalmaker中的文件扩展名如下:

我们推荐非Crystalmaker文本格式使用以下文件扩展名: 文件格式的自动识别

使用File > Open命令可以打开非Crystalmaker文本文件,如果它们的格式为Crystalmaker所支持。这就意味着用户可以通过拖动文件到Crystalmaker中,从而轻松的打开复杂的数据库文件。

当打开文本文件时,Crystalmaker会扫描它的内容,确定它的格式。如果文件的格式为Crystalmaker所识别,文件就会加载,会打开一个结构。

在少数情况下,格式自动识别会失效。这时,用户仍然可以通过File > Import菜单来打开文件。

自动化学键生成

如果文件为非Crystalmaker文件,程序会自动生成化学键。用户可以通过在File Import的选项中,去除Generate Bonds来关闭这个功能。

ATOMS是一个生成晶体结构图片的程序,有USA的Shape Sofrware出品。

ATOMS拥有一个随版本改变的专有文本格式。以下为ATOMS的两种不同的文本格式: ATOMS,version 5.0 ATOMS,version 4.9

Crystalmaker会从这些文件中读取结构数据,包括单胞参数、一般等效位置和非对称基元中的位置坐标。接下来,Crystalmaker会提取原子和化学键的颜色、半径以及多面体信息。 第一次显示时,程序会显示一个单胞;用户可以使用Transform > Set Range命令扩展原子范围,还可以编辑原子的颜色等。

CCL格式是一种灵活的格式,用于控制晶体结构最小二乘拟合。以下这个例子出生于Rutherford-Appleton实验室,用于种子粉末数据的Rietveld拟合。

这些文件拥有例子所表明的格式。一个字符卡片表明了数据。Crystalmaker读取“A”(原子)、“S”(对称性)和“C”(单胞参数)卡片。其他卡片会被忽略。

Chem3D是一种用在不同电脑系统中的分子模型包裹。它的Cartesian文件格式是一种基本的正交坐标格式。

这个文件的第一行是读取原子的总数。随后的行包含了元字符号、原子数和正交坐标。 Crystalmaker可以输入和输出这种文件格式。当输入Chem3D文件时,如果Transform > Generate Bonds at File Import进行了设置,Crystalmaker会自动生成化学键。 Chem3D文件

CSSR Output files

这些文件是由Daresbury 实验室的晶体学数据系统所生成。它们拥有一个非常简单的格式,

其包括了单胞常数、空间群符号、数据库信息以及非对称基元中的原子位置坐标。 CSSR

Crystalmaker的文本文件

Crystalmaker灵活的文本格式便于我们创建自己的晶体或分子。

用户可以使用文字处理器创建Crystalmaker文本文件,或者使用Crystalmaker把结构存储为文本文件(File > Export > Crystalmaker Text).

对于晶体,Crystalmaker需要以下信息: (1) 单胞参数;

(2) 化学键、原子类型信息,Atom卡片后面是原子符号、位置标注和非对称基元中原子位置坐标的列表。

晶体文件例子 (1) 简单输入

矿物尖晶石的结构数据如下:

文件开始为标题行和参考文献。接下来是单胞参数、空间群符号和化学键信息。原子范围也进行了定义,最后是非对称基元中的元素列表。

(2) 手动定义对称性

接下来这个例子介绍如何使用SYMM卡片定义一般等效位置,或空间群符号。注意我们没有包含晶体类型在里面。 (3) 输入温度因素

使用UISO,UANI和BANI控制卡片,可以输入各向同性或各向异性的温度因素。

UISO卡片用来定义各向同性温度因素。这个卡片出现在独立行里,随后是一个或多个数据行。每个数据行有以下两个值: 位置标注和Biso值。

UANI卡片用来定义各向异性温度因素,Uij。这个卡片出现在独立行里,随后是一个或多个数据行。每行有七个数据值:位置标注,然后是六个热椭球张量,顺序如下: U11U22U33U12U13U23

BANI卡片也是用来定义各向异性温度因素,Bij。这个卡片出现在独立行里,随后是一个或多个数据行。每行有七个数据值:位置标注,然后是六个热椭球张量,顺序如下: B11B22B33B12B13B23 例子如下: 输入分子数据

还可以应用Crystalmaker的文本格式到没有平移对称性的分子或晶体结构。使用MOLE 卡片来告诉Crystalmaker文件中包含分子数据。要记住输入所有位置的正交位置坐标。 对于分子结构,Crystalmaker需要以下信息: (1) MOLE标识卡;

(2) 化学键,原子类型选项表;

(3) ATOM卡片后是原子列表,每行一个。每行需要包括元素符号、位置标记和正交位置坐标。

分子文件例子

本例中显示了甘氨酸结构的输入。文件行后卡片的顺序是NOTE,BMAX,TYPE。 本文件还包含了评语行,每行开始为“!”或者“//”。

在Crystalmaker的Element Editor window中,我们可以输入原子半径和颜色的信息表。不同的结构保存为不同的文件会比较有用。

Crystalmaker的元素文件是有简单格式的文本文件: (1) NOTE选项显示关于数据的信息;

(2) ELMT卡片后是元素符号、半径和颜色的列表。

每行不超过80个字符。

文本文件可以包含评语,以“!”或“//”开始。

定义默认的元素半径

Crystalmaker中有许多不同的元素半径表。默认设置为Shannon&Prewitt的原子半径,用户可以创建或加载另外一个元素表来取代它。

为了确保最新使用的半径在下次还能使用,用户可以点击Element Editor的Save按钮进行保存。

用户可以使用File > Export > Coordinates命令来生成一个包含所有原子位置坐标的文本文件。

Web Page Output

Crystalmaker生成一个显示所有结构细节的网页。File > Export > Web Page命令可以生成一个HTML的纯文本文件,其中包含了JPEG格式的图片文件。用户可以使用任何web浏览器观看这个HTML文件。这是在网上发布晶体结构的理想方法。

Crystalmaker Binary Files

使用File > Save or Save as命令,可以保存结构的详细信息。结构会保存为二元文件,可以轻松打开。

CrystalMaker Bonds File

CrystalMaker可以生成关于结构中原子环境的详细信息,包括化学键搜索输出和化学键角度信息。这些数据以Bonds File的文件输出,这个文本文件可以在任何文本编辑器或文字处理器中读取。

化学键文件的格式概括如下:

Input Data 列出了单胞参数、空间群对称性以及观察方向,计算了单胞体积和密度。还列出了一般等效位置。

Coordinates 列出原子的分数和正交位置坐标,单位为埃。

Bond Distances 给出了非对称基元中原子离默认原子之间的键的距离 Bond Angles 给出了不同邻近组合之间的化学键角度

Bond Summary 如果结构中画出了化学键,一个键合原子表会给出。每一行中列出了中心键合原子,同时还有它的原子数以及键合的原子数。这在确定配位数和多面体时比较有用。

生成化学键文件:

(1) 选择file > Export > Bond Data;

(2) 设定文件名和存储路径,点击Save按钮继续。

设定最大化学键距离:

(1) 选择Transform > List Bonds; (2) 输入化学键的最大距离; (3) 点击Search 按钮继续;

(4) 选择File > Export > Bond Data,然后定义一个文件名和存储路径。

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