手把手教你使用IPP

入门

Imageproplus(IPP)的主要用途是分析测量图象。本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间,写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得,并总结一下使用方法。

如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。两小时也太短。但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。

打开IPP后的界面是这样的,该从何处下手呢?

既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛

这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。处理目标是通过测量图片中黄色部分的\黄\度来反映相应蛋白表达的的“量”。对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三

种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。

对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。

点击measure---count/size,弹出分类测量窗口。 在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。用好这个工具是使用IPP的要点

于目标颜色鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。在这张示例图中,选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。用红框圈起来的四个工具按纽分别是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里则是吸管位置的选取颜色。

图片中被标上红色的区域被定义为一个class,其中每一个独立的小区块被定义为这个class中的一个object。以此图为例,图中深蓝色的部分是细胞核,因此所有的细胞核都被选中成一个class,其中每一个细胞核就是一个object。

选取完AOI后,点击close回到count/size窗口,下一步就可以对选中的object进行测量操作了。

点击count/size窗口中的measure菜单,点select measure,这是选择要进行何种测量操作,在弹出的测量选择窗口左侧列出了各种可用的测量选项,最常用的测量有: area面积

density(mean)平均光密度 diameter直径

IOD(integrated optical density)累积光密度 在相应的项目上点一下,该测量项目就被选到中间的窗口中了,同时关于该测量的详细说明会显示在最右边。如果想取消某个已选中的测量项目,则在左边窗口中该项目上再点击一下就可以了。

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