城都篇
熟悉又贴切的大木博士再度出现在我们的面前。
经过开场的介绍，以及人物的选择我们重新回到城都联盟！
下楼与妈妈对话完毕后就可以查看自己的背包、训练卡、以及保存和设置了
走出家门，呼吸着若叶镇新鲜的空气，一只可爱的玛丽露迎面跑向主角。呀，原来是副主角的宝贝哦~看着它幸福地跟着主人离开……
回归正题，来到博士研究所，与我们的空木博士调侃一番后，该选择我们旅行的神奇宝贝搭档了。离开时博士的助手赠送主角5个伤药。
回家向妈妈道别，并且获得口袋手表。然后我们就应该朝西边的29号道路出发吧！临行前空木博士将自己的电话号码告诉主角。29号道路可获得伤药。 通过29号道路到达吉野市，在一位老爷爷的引导下，大致了解了这座城市。随后从老爷爷那里获得跑鞋，按B键可以奔跑。在朝30号道路行进时，老爷爷过来将地图功能加入到主角的手表。
30号道路可获得伤药，路途的房屋里的男子对话可获得ぼんぐりケース柑果盒，此后即可在柑果树上采摘柑果了。由于左边道路有两个小孩子在对战，先向右边的小道前行，进入房屋遇见大木博士，随后他身边的男子给予主角ふしぎなタマゴ不可思议的蛋，并从博士那获得神奇宝贝图鉴后离开。出门接到空木博士电话，要求速速返回。
在返回的途中遭遇红发少年，并向主角发起了挑战！