》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 PyMOL用户指南
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一、 鼠标操作入门 3(这个数字是超链接，ctrl+左键) 1. 启动3 1) 通过鼠标3 2) 通过命令行3 2. PyMOL窗口3 1) Virewer窗口4 2) 外部GUI窗口5 3. 下载PDB文件5 4. 操控视图5 1) 基本鼠标控制6 2) 虚拟滚动球旋转6 3) 移动截面7
4) 改变旋转中心点8 5) 简单回顾8
二、 命令行操作入门8 1. 记录结果8 2. 载入数据9
3. 操控对象（Object）9 1) 原子选择10
2) 对象和选择的着色11 3) 对象和选择的on/off11 4. 改变视点12 5. 保存工作12
1) 脚本和日志文件12 2) 图像文件13 3) 会话文件13 6. 命令行快捷键13
1) 用TAB键完成命令13 2) 用TAB键完成文件名14 3) 自动推理14
7. 其他命令和帮助14 三、注：页面背景和页脚的图像分别是 命令句法和原子选择14 1GCL、111D的cartoon显示 1. 语法14 1) 选择表达15 2) 原子选择命名15 3) 单字选择符 4) 属性选择符17 5)
选择代数18
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》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 6) 宏指令20
2. 从PyMOL中读取Python 21
四、 卡通表示21 1. 背景21 1) 可达性21 2) 美化和精确22 2. 定制化24 1) 卡通类型24 2) 精美螺旋27 3. 二级结构归属28
五、 光线追踪29 1. 重要设置29 2. 保存图片30
六、 立体效果30 1. 支持的立体模式30 2. 制作立体图片30 3. 相关命令30
七、 动画30 1. 概念30 2. 重要命令31 1) Load 2) Mset 3) Mdo 4) Mmatrix 3. 简单举例32 4. 复杂举例32
5. 预览ray-traced动画图片32 1) Cache_frames 2) mclear
6. 保存动画33
八、 高级鼠标控制33
1. 选择原子和键 33 2. ―pk‖原子选择的应用举例34
3. ―lb‖和―rb‖选择 34
4. 构象编辑 34
九、 晶体应用34
1. 晶体对称性34 1) Load
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2) Symexp
2. 电子密度图35
1) Load
2) Isomesh和isodot
汇编图形对象（CGO）和Molscript ribbons 35 1. 简介 35 2. Molscript ribbons 35
1) Load
2) Using Molscript 3. 创建CGOs 36 4. CGO参考 37
十、
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NOTES:
本教程以PyMOL user’s guide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。 本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用
本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件
本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解 如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆PyMOLwiki（http://PyMOLwiki.org）或咨询他人等途径解决疑难
? 本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题 ? 译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！ ? 本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。 一、 鼠标操作入门 1. 启动 1) 通过鼠标
打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。
2) 通过命令行
在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。 一般地，在―运行‖或―命令提示符‖中输入：
c:\\program files\\delano scientific\\PyMOL\\PyMOLwin.exe
如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。 2. PyMOL窗口
PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：
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