QIAGEN large-Construct Kit提取过程: 准备工作:
(1)100mlATP溶液:2.75g无水的ATP-Na2溶解于40ml双蒸水,用10MNaOH(约1ml)调pH至7.5,用双蒸水定容至50ml,分成300μl每小份保存于-20℃。
(2)将RNaseA(220μl)溶液加入Buffer中,每瓶P1加一支RnaseA(用前离心),终浓度为100ug/ml。
(3)将225μlExonclease Solvent溶液加入ATP-Dependent Exonclease中,轻轻混匀。放置15min,不要激烈振荡,使其充分溶解。
(4)检查P2中是否有SDS沉淀,如果有则溶解沉淀的SDS。 (5)在4℃下预冷P3。 (6)65℃预热QF Buffer。 提取步骤:
(1)从新制备的平板上挑取单克隆接种于2~10ml含有氯霉素(终浓度为12.5ug/ml)的LB液体培养基中,37℃,300rpm摇床培养大约8h。(培养基的体积不超过培养瓶体积的1/4)
(2)取0.5~1ml菌液接种至500mlLB培养基中,即按1/500或1/1000的比例接种。37℃,300rpm摇床培养12~16h(使细胞密度达到3~4*109/ml)。(培养基的体积不超过培养瓶体积的1/4) (3)4℃,4000rpm(6000g)离心15min,以收集菌体。此菌体沉
淀可存放到-20℃冻存。
(4)用20ml P1 buffer充分悬浮菌体(用P1 buffer前检查是否添加了RNaseA,此步务必要充分悬浮以使菌体裂解充分)(如果没有60ml大小的管子,则可以将重悬后的细菌分到两个50ml的管子中,分别处理完第(5)(6)步在第(7)步后再混合到一起)。 (5)加20ml P2 buffer,轻柔颠倒4~6次,混匀,室温放置5min。此步加入P2buffer后要立即盖上盖子,以防止空气中的CO2与Pbuffer作用,同时放置时间不能超过4min,此时不能剧烈摇晃。 (6)加入20ml冰预冷的P3 buffer,立即颠倒混匀4~6次,冰上孵育10min。此步不能剧烈摇晃,冰预冷P3 buffer可加强提取效果。 (7)4℃,12000rpm离心30min,将上清转入新管。在离心之前应将样品再次轻柔混合。用三蒸水浸湿滤纸,过滤上清液
(9)加入约0.6倍体积室温的异丙醇(大约36ml)至上清液中,颠倒混匀后立即4℃,12000(9500-11000)rpm离心30min,小心弃上清。(如果没有95ml大小的管子,可以将上清液分到两个50ml的离心管中5000g离心60min,然后同时进行第10步,第11步时再将两管混合)
(10)加入5ml的70%乙醇洗涤的DNA沉淀,15000g离心15min。然后缓缓的倒出上清液。
(11)将离心管倒置于纸上,干燥2~3min,后用9.5mlBuffer EX重悬DNA沉淀,直到DNA完全溶解。(溶解时动作要轻柔,避免吸打)
(12)加入200 μl ATP-Dependent Exonuclease 和 300 μl ATP 溶液于溶解的DNA中,轻轻的完全混匀,然后37℃水浴或者37℃加热1h.如果溶液看起来比较浑浊,则可以15000g离心5min,然后迅速的移除上清液。
(13)加入10ml QBT buffer到Qiagen-tip柱子中,并使QBT buffer自然流出。
(14)向第12步中的DNA溶液中加入10 ml Buffer QS,将所有的DNA溶液加到Qiagen-tip柱子中,使其自然流出 。
(15)用QC buffer清洗柱子两次,每次加30ml,让其通过柱子自然流出。
(16)用65℃预热的15ml QF buffer洗脱DNA,下面用干净的离心管收集洗脱液。
(17)加入0.7倍体积室温的异丙醇(10.5ml)至DNA溶液中,颠倒混匀后立即,4℃,12000rpm离心30min,小心弃上清。 (18 )用5ml 70%乙醇洗涤DNA沉淀,4℃,12000rpm离心15min,弃上清。
(17)室温干燥5~10min,用合适体积的TE溶解沉淀的DNA。(溶解DNA可以在室温条件下过夜或者55℃1-2h,避免吸打)(DNA过度干燥会使其不好溶解,如果缓冲液的酸度较高也会引起DNA溶解困难最好是在碱性环境下溶解) (18)电泳检测所提取的质粒。