每个位置的xyz位置坐标。可以以分数(1/2)或小数(0.5)形式输入。 (6) 点击Add按钮，或者按回车键开始编辑一个新的位置；
(7) 窗口中会出现包括默认的标注、位置坐标和占位率的条目。我们对这些设置进行编辑；
(8) 加亮位置位置标注。输入一个新的标注(最多六位字符，不能包括空格)——我们选择Al(1)。按Tal键移至下一个编辑栏；
(9) 假定这个晶体有序，我们只需要输入单一的占位率值。此例中我们输入“Al 1.0”；
(10) 在x, y, z栏中输入0.5，编辑窗口如下：
(11) 按Return键完成编辑该位置；
(12) 现在，按照结构数据表给出的信息，分别输入Mg和O位置的数据。使用Add按钮添加新位置，或使用Remove删除一个位置； (13) 当完成晶体数据输入后，对话框如下：
显示晶体
现在，所有的结构数据都以输入，接下来我们要显示一个单胞内的所有原子： (1) 点击以上Edit Crystal窗口的OK按钮； (2) Edit Crystal窗口消失，状态窗口出现。
在状态窗口中，使用输入数据建立的晶体就会出现。这时，一个立方形外形，包括一组原子的结构就会出现。
改变原子的颜色和半径
如果用户输入的元素符号被Crystalmaker识别，就会自动赋予它一个颜色和半径。
如果用户想要在晶体中包括其他元素类型，并且改变Crystalmaker的默认设置，使用Site Browser可以对原子的颜色和半径进行定义，如下：
(1) 选择Window > Show Sidebar命令，出现Site Browser窗口。如果还是不能显示，选择Window > Sidebar > Site Browser命令；
(2) 我们开始编辑原子颜色。Colour栏多个可以改变单个位置颜色的按钮； (3) 点击一个颜色按钮，选择一个新的颜色；
(4) 我们开始编辑原子半径。需要注意的是原子半径的单位为埃； (5) 点击Mg的半径值；
(6) 输入一个新的值，例如1.0，然后按Return。结构中Mg原子就会重设。
定义化学键
Crystalmaker可以自动搜索和生成化学键、多面体。一种方法是在Edit Bonding中，通过输入元素符号和最大键长来定义化学键。
(1) 选择Edit > Bonding命令，出现Edit Bonding对话框：
(2) 点击Add按钮，创建新的默认值的化学键。现在，我们来编辑这些数值。
(3) 我们选择Al-O键，在From菜单中选择Al，在To菜单中选择O。 我们可以输入Al-O键的最小和最大健长，但是我们会要求程序在已知原子数据的基础上，选择合理的数值。
注意，最大键长应该显示在Bmax栏。Crystalmaker会按照1.15×(rA+rB)计算最大键长，rA和rB分别是From和To原子的半径。 (4) 点击Info，检查化学键范围是否足够大。
(5) 重复2-4，设置Mg-O化学键。当完成设置后，出现以下对话框：
(6) 点击OK按钮，重设有了化学键的结构，出现以下图形：
添加注释
用户可以使用Notes面板存储有关结构的信息。在Notes面板中，可以改变文本的颜色，字体以及其他格式。
(1) 如果Notes面板不可见，使用Window > Sidebar > Notes命令来显示它(或者点击Window Toolbar上的Notes按钮)； (2) 点击注释面板，出现光标； (3) 输入文本；
(4) 使用Edit > Selection All命令选择所有文本； (5) 改变字体；
(6) 选择部分文本，改变它们的大小，样式和颜色；
寻求帮助
Crystalmaker包含一个易理解的在线帮助系统。通过以下途径得到： (1) 使用Help菜单中的Crystalmaker Help命令； (2) 在一些菜单中，点击?按钮； (3) 按F1
保存晶体文件
(1) 在File菜单中，选择Save命令；
(2) 选择合适的存储路径，输入文件名“Spinel Tutorial Crystal”。
选择File > Exit命令退出程序。
第二节 显示晶体
在第一节中，通过输入晶格常数，空间群对称性，原子位置坐标，我们建立尖晶石晶体，并对原子的颜色和化学键进行了设定。最后，我们把这个晶体存储为Crystalmaker的二元文件。
这个尖晶石晶体文件将在本节中要来研究不同的晶体模型以及如何对它们进行晶体操作。
打开Crystalmaker文件
选择File > Open命令，在电脑硬盘上定位“Spinel Tutorial Crystal”文件，双击打开这个文件。
重设图形大小
通常过四种方法：
(1) 点击最大化按钮(Windows); (2) 点击并拖动窗口；
(3) 使用工具面板中的在标准尺寸和全屏尺寸间转换。全屏尺寸提供最大的图片区域，在这晶体和动画展示中比较有用。在这种模式中，不必要的面板均被隐藏。
(4) 选择Window > Set Plot Size命令，输入一个图形面板的大小值。 重设图形窗口后，结构会重新画出。
改变结构中原子参与数
观察第一节中的Ball-and-stick模型可以看出，金属原子没有完全键合；应该键合的氧原子坐落在了单胞外。我们可以通过重设一个更大的原子参与范围，来画出这些原来没有画出的氧原子。
(1) 选择Transform > Set Range命令，出现Plot Range窗口：
(2) 第一个文本框为xmin，输入原子的最小位置坐标，本例中输入-0.1； (3) 按Tab键移至xmax，输入原子的最大坐标位置。本例中输入1.1； (4) 在y, z坐标轴中，应用原子位置坐标范围从-0.1到1.1； (5) 点击Apply按钮重画模型。
改变背景颜色
图形窗口中默认的背景颜色为黑色，这可以改变为其他颜色、渐变色或者背景图片。
(1) 选择Model > Model Options命令，显示Model Options窗口； (2) 点击Background显示其面板：