医院洁净手术室施工质量控制可以分为3个阶段即：准备阶段、施工阶段和验收阶段。
一、准备阶段质量控制要点 1、认真做好图纸会审和技术交底
充分领会设计意图，做好图纸会审和技术交底工作是保障洁净室施工质量的重要技术环节，发现解决在施工中难以操作的技术难题，为保证洁净室施工质量打下坚实的基础。施工中会出现各种矛盾，需要施工方与设计、建设方合作，在保证洁净室施工质量的前提下进行合理变更。如在对某洁净室改扩建工程检查中发现，原设计的风管尺寸在主体大楼楼层高度受限制的吊顶层内根本无法施工，后经施工方与设计人员和建设方协调，在不影响工程质量的前提下，将风管尺寸从方形变为扁形，既满足了风量要求，又保证了施工吊顶高度的要求。
2、严格控制材料设备质量
洁净室材料设备主要有各类装饰材料和空调设备材料。对装饰材料应严格按
国家有关工程技术标准、施工质量验收规范和设计文件的要求进行检验和验证。洁净室应使用不产尘、不积尘、耐腐蚀、防潮防霉和容易清洁并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面装饰材料。空调保温材料也必须符合国家有关规定达到耐腐蚀、不产尘、不附着灰尘和防火等要求。
二、工程质量控制要点
1、选择经过专业培训的施工队伍
洁净室施工涉及装饰、暖通、电气和医用气体等专业，施工人员须对洁净室施工规范、施工工艺、施工质量有全面认识，否则，施工质量很难得到保障。
2、洁净室内密封控制重点
洁净室内密封控制重点内容是围护结构密封施工质量，如板材与板材之间应均匀涂密封胶，达到严密不漏风。洁净室内嵌壁器械柜与墙体之间、壁板上安装的插座、开关、烟感探测器、照明箱体及医用灯带、观片灯等都需要用密封胶进行密封，且器械柜中的各种管道和箱体之间也都必须采用可靠和有效的密封措施。
3、送回风管道质量控制
送回风系统管道的密封，是为防止不洁净的空气进入风管，阻止了风管内受污染的空气渗透出去，从而可满足洁净室内的洁净度和延长高效过滤器使用时间。施工中应重点控制管道加工、管道施工和设备安装质量。管道加工时应着重做好风管设备的清洁和管道加工过程中的密封措施。管道加工时应采用优质镀锌钢板制作，满足平整、光滑、坚固及耐侵蚀的要求。消声器内充填的消声材料应不产尘、不掉渣(纤维)、不吸潮、无污染，不得用松散材料，纤维材料应为毡式材料，外覆可以防止纤维穿透的包材。不应用泡沫塑料和离心玻璃棉。风管制作前用中性洗涤剂去油污，制作过程中防止划伤，制作结束用白绸布揩擦内表面应无任何油污、灰迹为清洗合格。风管管段加工清洗合格后用塑料薄膜保护好风管两端再运至现场安装，所有风管配件及设备在安装前须擦拭干净，否则不可安装。管道连接及设备安装过程中应注意做好密封措施，避免二次污染。由于软管、软接头有滞尘的问题，所以净化管道和机动设备连接时可用软接头，但在管路上不宜使用。
其次，控制二次微生物污染比二次污染更有意义，也更容易被忽视。二次微生物污染含在二次尘污染中，主要含在空调处理装置中。空调处理装置在运行时积累的细菌尘粒，在停运期间，高温高湿的环境和尘粒提供的营养为微生物的繁殖提供了最有利的条件。新繁殖的微生物及其释放出的有害有味气体和大量有害代谢物、尸体和碎片——这之中有很大一部分是高效过滤器不能阻挡的，于是就构成了微生物二次污染。软接头也是微生物二次污染一个重要来源，这是因为软接头通常不保温，结露就在这里发生。对医用洁净室来说，即使是少量软接头也必须采取双层或保温软接头的措施。最后，组合式空调机组所有接缝处都应作
密封处理，表冷器凝结水排水管上设水封，以保证空调器密闭不漏风。
三、验收阶段质量控制要点
净化空调系统的调试工作是工程验收阶段不可少的一项重要工作。通过调试可以及时发现施工中存在的一些缺陷并及时进行整改和修补，调试对设计图纸也是一个重要验证过程。洁净室和空调送回风管道应在安装高效过滤器前达到清洁要求，净化空调系统必须连续空吹12小时以上，空吹后再对送回风管和空调机组内部进行清扫和擦洗干净。
工程竣工后，建设单位应组织医疗部门、使用洁净室的相应科室、设计和施工单位依照工程设计文件和《医院洁净手术部建筑技术规范》(GB50233-2002)、《通风与空调工程施工验收规范》(GB50243-2002)和《洁净室施工及验收规范》(JGJ71-90)等有关施工质量验收规范对洁净室进行严格的质量验收，并应委托有资质的第三方检测单位对洁净室内洁净度对照设计文件和有关标准规范进行检测。