由新型引导式弹药（ERGMs），让战舰可以在40海里外炮击海岸。
完成伯克Flight II的规划之后，美国海军作战部长办公室（OpNAV）在1988年4月5日启动伯克级的后续改良研究，为此海上系统司令部（NAVSEA）之下负责水面作战的第三部（op-3）特别组成一个领导小组与一个工作小组，分别研究不同的舰体构型组合与战斗系统修改，升级的方案从小规模修改到大规模更动。经过通盘考量作战能力、成本与技术风险后，
海上系统司令部于1989年正式提出伯克Flight IIA方案。
从平克尼号驱逐舰(USS Pinckney DDG-91)开始，原本位于烟囱两侧船舷甲板的Mk 32型水面船舰鱼雷管便移至机库顶部垂直发射器的两侧 ，以拉近与鱼雷库之间的距离，解决了早期伯克Flight 2A不易进行鱼雷再装填的问题。此外，从平可尼号到班桥号（USS Bainbridge DDG-96）等六舰，配备新开发的AN/WLD-1遥控侦雷/猎雷载具(Remote Minehunting System，RMS)进行测试，为此也 在后烟囱右侧增设一个AN/WLD-1的收容库，与尾部机库结构融为一体，平时以库门密封。目前就只有这六艘伯克Flight 2A设有AN/WLD-1的收容库，从哈尔西号驱逐舰（USS Helsay DDG-97)开始又将之取消。美军新一代的DD (X)陆攻驱逐舰与
LCS多功能滨海战斗舰都将配备此种具备猎雷与反潜侦测能力的遥控载具。
在Flight IIA方案中，第一大变更重点就是增加直升机库设施。以往美国海军水面舰的反潜直升机均由反潜舰艇（史普鲁恩斯级驱逐舰、诺克斯级巡防舰）或护航舰艇（如佩里级巡防舰）搭载，因此在提康德罗加级神盾巡洋舰之前，美国海军担负防空的导弹巡洋舰或驱逐舰都只负责替友军反潜直升机进行加油挂弹等后勤支援，故只配备直升机起降甲板与若干油弹储存/整补设施，并未配置机库与辅降设施。然而考虑到1970年代建造的佩里级、斯普鲁恩斯级等主要搭载反潜直升机的舰艇将从1990年代后期开始退役，势将严重影响舰队搭载直升机的能力。因此，伯克Flight IIA就把直升机库设施纳入重点要求之一。由于加入机库势必牵涉舰体变更，美国海上系统司令部提出的概念是插入与滑动（plug and slide），尽量维持伯克级原有的舰体区块配置，基本上是在舰体后段“插入”一个含有机库的船段，在Flight
IIA的机库中可以停放2台SH-60 LAMPS III反潜直升机。
伯克Flight 2A配置两组MK-41舰载垂直发射系统模组，舰首仍维持四组八联装，而后部八
组八联装垂直发射器则位于机库结构的02甲板（原本伯克Flight 1/2的后部垂直发射器位于舰尾01甲板）。这样的容量与伯克Flight 1/2同级，然而伯克Flight 2A撤除了原本首尾各一的再装填模组，因此实际可用的发射管数又比伯克Flight 1/2多出六管，达到96管。 由于这种再装填起重机的最大起重能力为2吨，只能进行标准SM-2RIM-66导弹防空导弹与阿斯洛克反潜导弹的再装填，对于更重的战斧巡航导弹则无能为力。依照冷战时代的大洋反潜、防空作战设想，消耗最快的导弹理当是标准防空导弹与反潜火箭，然而直到苏联解体，却从没有任何对手直接从空中或水下挑战美国舰队，反倒是从1991年波斯湾战争以来，在历次后冷战的地区性战争中，战斧巡航导弹成为美国神盾巡洋舰/驱逐舰消耗最大的弹种。面对最需要再补给的战斧导弹，海上再装填补给装置却无能为力，照样得返回后方的港口，由码头边更大型的起重机进行战斧导弹的再装填。此外，实际操作经验显示洋面上航行中 的导弹再装填作业有相当困难性；因此，伯克Flight2A遂把这两组实用性不高的再装填用起重机撤除，再多装六个发射管。而伯克Flight 2A这种前32、后64管的构型，便称为MK-41 Mod
7。
近迫防御方面，原本删除近防武器系统、改用ESSM海麻雀防空导弹的，一方面是简化舰上的配置，同时也反应当时各国海军与国防产业对反舰导弹防御的看法；当时各国普遍开始质疑射程短、威力有限且一次只能对付一个目标的机炮式近防武器系统， 将不足以应付新一代超音速反舰导弹乃至多轴向饱和攻击；因此，射程较长（意味较远的拦截距离、更多的反应时间与较多的拦截次数）、威力相对较大、发射后能在空中机动追击目标且可同时发射多枚的新一代短程防空导弹，才是未来船舰反导弹自卫的趋势。因此，当时许多人建议以发展中的ESSM来取代近防武器系统，ESSM的灵活度与射程都较先前的AIM-7麻雀导弹大幅增加，更适合对付新一代刁钻灵活的反舰导弹；而且ESSM采用紧致的折叠弹翼，配合特别发展的四合一发射器，每个MK-41发射管都可容纳一组四合一ESSM发射器，故单一发射管的携带量是过去的四倍。此等近迫接战能量远高于过去每次至多连续射击五个目标、之后就需要花费至少四分钟重新装弹的近防武器系统 。此外，相较于1980年代后期美国开始开发的RAM短程防空导弹系统，ESSM射程长得多（RAM Block 0/1只有10公里级），面对超音速掠海而来/终端规避动作的来袭导弹时，也能比RAM提前开始拦截，增加成功机
率。
不过由于ESSM的开发时程赶不上伯克Flight 2A的服役，因此伯克Flight 2A仍保留前、
后各一的方阵系统安装平台，以增加一种选择。依照原本的计划，前四艘伯克Flight 2A（DDG-79~82）装备MK-15 Block 1B近防武器系统作为垫档，从接下来的哈沃德号（USS Howard DDG-83）起再以ESSM取代近防系统，因此从DDG-83开始，各舰下水与完工进行海试时，都没有装备近防系统。然而由于ESSM的研发测试时程超乎预期，直到2003年3月才进入美国舰队展开实际验证，因此DDG-83到DDG-102等服役时省略近防系统的各舰，在日后进坞整修时 便陆续加装近防系统； 不过，只有DDG-83、84安装了两套近防，DDG-85以后各舰仅在舰尾直升机库上方装置一座近防Block 1B。依照美国海军的计划，到2013预算年度，所有DDG-85以后的伯克级都会装备一座近防Block 1B。美国海军内部对于完全放弃近防、全靠ESSM的作法并不是没有疑虑，即便ESSM帐面数据再漂亮，导弹总有一段无法弥补的最小射程死角；如果怀有敌意的小型快艇或慢速飞行器（由于识别问题，这种目标不像高速的反舰导弹，只要出现在侦测范围就可以进行拦截） 接近到认定必须接战时，能够直接瞄准开火的Block 1B近防系统才是最有效的最后一道防线。虽然科尔号遇袭事件之后，美国舰艇多装备了12.7mm机枪与MK-38 25mm机炮等人力操作火炮来对付迫近的小型船舶，但Block 1B具备由战情室遥控、对抗船身摇晃的稳定机制、整合红外线热影像仪来全天候作业等优势，都非人工操作的简单枪炮可比。因此，美国海军内部对于后期型伯克只装备一门近防快炮来节省预算（此外，许多近防系统也被改造成陆基防卫系统来保护地面目标，导致海军舰艇可以装备的近防数量减少）的作法并不表苟同，认为这危害到
在高危险区域作业的驱逐舰的安全。
基本数据
满载排水量 8,315吨（Flight I构型）
8,400吨（Flight II构型） 9,200吨（Flight IIA构型） 9,800吨（Flight III构型） 全长 154米（Flight I/II构型） 156.5米（Flight IIA构型）
全宽 20.4米 吃水 6.1米 燃料 柴油
发动机 2轴10.8万马力 最高速度 超过32节，具体数字保密
续航距离 20节之下8400公里 乘员 23名军官，300名士兵
飞行设施 反潜直升机
舰载机 SH-60 LAMPS III反潜直升机 装备 Mk41垂直发射系统：90具（Flight I构型）
90具（Flight II构型） 96具（Flight IIA构型）
可装载弹药种类：BGM-109战斧巡航导弹 RGM-84 鱼叉反舰导弹（除Flight II构型外） RIM-161导弹RIM-162海麻雀防空导弹（DDG-79之前）
阿斯洛克反潜导弹RIM-66导弹一具5吋（127mm/54）Mk 45轻型舰炮（DDG-51到80）
一具5吋（127mm/62）Mk 45 Mod 4舰炮轻型舰炮（DDG-81后）
两具20mm近防炮（DDG-51到83）
两具Mk 32型水面船舰鱼雷管一次6枚Mk 46或Mk 50鱼雷
现役62艘还在建造中。