新陈代谢：是生物维持生命的动力源泉，是细胞内发生的各种化学反应的总称。
分解代谢：又称异化作用，是指复杂有机大分子通过分解代谢酶系的催化产生简单分子、能量（一般以ATP形式存在）和还原力（一般以[H]表示）的作用。
合成代谢：又称同化作用，是指合成酶系的催化下，由简单小分子、ATP和[H]形式的还原力一起共同合成复杂的生物大分子的过程。
微生物代谢的特点是：1、代谢旺盛；2、谢极为多样化；3、代谢的严格调节和灵活性。 生物氧化：发生在生物细胞内的氧化还原反应。
微生物产能代谢可归纳为两类途径和三种形式：发酵、呼吸；底物水平磷酸化、氧化磷酸化和光合磷酸化。
发酵：广义的发酵:利用微生物生产有用代谢产物的一种方式。狭义的发酵:指有机物氧化释放的电子未经电子传递链传递，直接交给本身未完全氧化的某种中间产物，同时释放能量并产生各种不同的代谢产物。
糖酵解：生物体内葡萄糖被降解成丙酮酸的过程。 EMP途径：又称糖酵解途径，以1分子葡萄糖为起始底物，经历10步反应，产生2分子ATP，同时生成2分子NADH2和2分子丙酮酸。或己糖二磷酸途径。
EMP途径生理功能：供应ATP能量和NADH2还原力；连接其他几个重要代谢途径的桥梁；为生物合成提供多种中间代谢产物；逆向反应可进行多糖合成。
HMP途径又称磷酸戊糖途径或支路，是循环途径。葡萄糖未经EMP途径和TCA途径而彻底氧化，由6分子葡萄糖以6-磷酸葡萄糖的形式参与，循环一次用去1分子葡萄糖，产生大量NADPH2形式的还原力和多种中间代谢产物。
HMP途径的生理功能：微生物合成提供多种碳骨架，5-磷酸核糖可以合成嘌呤、嘧啶核苷酸，进一步合成核酸，5-磷酸核糖也是合成辅酶[NADP,FAD和CoA]的原料，4-磷酸赤藓糖是合成芳香族氨基酸的前提；HMP途径中的5-磷酸核酮糖可以转化为1,5-二磷酸核酮糖，在羟化酶催化下固定CO2，这对光能自养和化能自养菌有重要意义；为生物合成提供还原力（NADPH2）
ED途径：又称2-酮-3-脱氧-6-磷酸葡糖酸途径，6-磷酸葡萄糖脱氢产生6-磷酸葡萄糖酸，在脱水酶和醛缩酶的作用下，生成1分子3-磷酸甘油醛和1分子丙酮酸。3-磷酸甘油醛随后进入EMP途径转变成丙酮酸。1分子葡萄糖经ED 途径最后产生2分子丙酮酸，以及净得各1分子的ATP、NADPH2和NADH2。
ED途径特点：1、2-酮-3-脱氧-6-磷酸葡萄糖酸（KDPG）裂解为丙酮酸和3-磷酸甘油醛是有别于其他途径的特征性反应
2、2-酮-3-脱氧-6-磷酸葡萄糖酸醛缩酶是ED途径特有的酶
3、ED途径中最终产物，即2分子丙酮酸来历不同：1分子是由KDPG直接裂解产生，另1分子是由磷酸甘油醛经EMP途径获得。
4、1mol葡萄糖经ED途径只产生1molATP，从产能效率而言，ED 途径不如EMP途径。 细菌酒精发酵：ED途径产生丙酮酸对于运动发酵单细胞菌这类微好氧菌来说，可脱羧成乙醛，乙醛又可以被NADH2还原成乙醇，这种经ED途径发酵生产乙醇的方法。
WD途径：WD途径中的特征性酶是磷酸解酮酶，所以又称磷酸解酮酶途径。根据解酮酶的不同，把具有磷酸戊糖解酮酶的叫PK途径，把具有磷酸己糖解酮酶的叫HK途径。
PK途径：肠膜明串珠菌，PK途径利用葡萄糖进行异型乳酸发酵，途径中关键反应5-磷酸木酮糖裂解为乙酰磷酸和3-磷酸甘油醛，催化反应的酶是磷酸戊糖解酮酶，乙酰磷酸进一步生成乙酸，3-磷酸甘油醛转化为乳酸。1分子葡萄糖生成乳酸、乙醇、CO2、ATP和NADH+H+各1分子。
HK途径：两歧双歧杆菌是利用磷酸己糖解酮酶途径分解葡萄糖产生乙酸和乳酸的。这条途
径中，1分子6-磷酸果糖由磷酸己糖解酮酶催化裂解为4-磷酸赤藓糖和乙酰磷酸；另1分子6-磷酸果糖则与4-磷酸赤藓糖反应生成2分子磷酸戊糖。其中1分子5-磷酸核糖在磷酸戊糖解酮酶的催化下分解成3-磷酸甘油醛和乙酰磷酸。1分子葡萄糖经磷酸己糖解酮酶途径生成1分子乳酸、1.5分子乙酸和2.5分子ATP。
Stickland反应：以一种氨基酸作氢供体，另一种氨基酸作为氢受体进行生物氧化并获得能量的独特产能方式。Stickland反应是经底物水平磷酸化生成ATP，其产能效率相对较低，1分子氨基酸仅产1分子ATP。
发酵途径中的底物水平磷酸化：底物水平磷酸化是指ATP的形成直接由一个代谢中间产物上的高能磷酸基团转移到ADP分子上的作用。
酵母菌的发酵：I型发酵：即酵母菌的乙醇发酵，又称同型乙醇发酵，发酵产物只有乙醇一种。酵母菌将葡萄糖经EMP途径降解生成2分子终端产物丙酮酸，丙酮酸脱羧生成乙醛，乙醛作为氢受体使NADH2氧化生成NAD+,同时乙醛被还原生成乙醇。
II型发酵：当环境中存在亚硫酸氢钠时，亚硫酸氢钠可与乙醛反应，生成难容的磺化羟基乙醛，该化合物失去了作为受氢体使NADH2脱氢并氧化的性能，而不形成乙醇，转而使磷酸二羟基丙酮替代乙醛作为受氢体，生成α-磷酸甘油，α-磷酸甘油进一步水解脱磷酸生成甘油。
III型发酵：葡萄糖经EMP途径生成丙酮酸后，脱羧生成乙醛，如处于弱碱性环境条件下，乙醛因得不到足够的氢积累，2个乙醛分子间发生歧化反应，1分子乙醛作为氧化剂被还原成乙醇，另1个则作为还原剂被氧化为乙酸。而磷酸二羟丙酮作为NADH2的氢受体，使NAD+再生，产物为乙醇、乙酸和甘油。
歧化反应是氧化还原反应中只有一种元素变价,且一部分化合价升高,一部分化合价降低. 氯气和水反应就是典型的歧化反应.
归中反应可以说与歧化反应刚好到过来,是只有一种元素变价,且部分元素化合价降低,部分升高,最终化合价在反应物中该元素化合价之间
硫化氢和浓硫酸就是典型的归中反应：-2价和+6价的S归中生成0价的硫单质和+4价二氧化硫气体.
细菌乙醇发酵：运动发酵单细胞菌和厌氧发酵单细胞菌利用ED途径分解葡萄糖为丙酮酸，最后生成乙醇。一些生长在极端酸性条件下的严格厌氧菌，胃八叠球菌和肠杆菌是利用EMP途径进行乙醇发酵。
乳酸发酵：同型乳酸发酵是指1分子葡萄糖经EMP途径生成2分子丙酮酸，而后2分子丙酮酸被2分子NADH2全部还原成2分子乳酸。
异型乳酸发酵：葡萄糖经发酵后产生乳酸、乙醇（或乙酸）和CO2等多种产物的发酵。由于缺乏EMP途径中的醛缩酶和异构酶，因而只能依赖HMP（或WD）途径分解葡萄糖。葡萄糖分解成2-磷酸木酮糖，由磷酸戊糖解酮酶催化裂解成乙酰磷酸和3-磷酸甘油醛，乙酰磷酸经两次还原称为乙醇，3-磷酸甘油醛经丙酮酸转化为乳酸。异型乳酸发酵只净产生1分子ATP，比同型乳酸发酵细菌产能低。
混合酸发酵：某些肠杆菌能通过发酵将EMP途径产生的丙酮酸转变成琥珀酸、乳酸、甲酸、乙醇、乙酸、H2和CO2等多种代谢产物，由于该代谢产物中有多种有机酸。
2,3-丁二醇发酵：肠杆菌、沙雷氏菌属和欧文氏菌属中的一些细菌，能够发酵葡萄糖产生大量2,3-丁二醇和少量的乳酸、乙醇、H2和CO2等多种代谢产物。EMP途径产生的丙酮酸通过缩合与脱羧两步反应产生乙酰甲基甲醇，然后进一步还原成2,3-丁二醇，1分子葡萄糖产生2分子ATP。
丁酸发酵：丁酸梭状芽孢杆菌能够发酵葡萄糖产生丁酸，该过程称为丁酸发酵。EMP途径产生丙酮酸首先被脱去CO2生成乙酰-COA和H2，乙酰COA进一步生成乙酰磷酸，乙酰磷
酸可与ADP反应生成ATP。同时乙酰COA能够在缩合后逐步还原成丁酸。
丙酮-丁醇发酵 丙酮丁醇梭菌在EMP途径基础上进行丙酮-丁醇发酵。丙酮酸脱羧脱氢生成乙酰COA，2分子乙酰COA缩合成乙酰乙酰COA，其中一部分脱COA，脱羧生成丙酮；而另一部分先后经还原脱水，还原脱COA和第三次还原成丁醇，1分子葡萄糖产生2分子ATP。 呼吸或呼吸作用：微生物在降解第五十，释放出电子（氢）通过呼吸链（也称电子传递链）最终传递给外源电子受体O2或氧化型化合物，从而生成H2O或还原型产物并释放能量的过程。
有氧呼吸：以分子氧作为最终电子受体的称为有氧呼吸。 无氧呼吸：以氧以外的外源氧化型化合物作为最终电子受体。 巴斯德效应：由于葡萄糖在有氧呼吸中产生的能量要比发酵中产生的多，所以在有氧条件下，兼性厌氧微生物终止厌氧发酵转向有氧呼吸，这种抑制发酵的现象称为巴斯德效应。 呼吸作用与发酵作用的根本区别在于：呼吸作用中，电子载体不是将电子直接传递给底物降解的中间产物，而是交给呼吸链的电子传递系统，在沿呼吸链传递过程中逐步释放出能量并合成ATP，最终交给最终电子受体。微生物通过呼吸作用能分解的有机物种类繁多，包括糖类、脂肪酸、氨基酸和许多醇类等。
有氧呼吸：1分子葡萄糖在有氧条件下通过有氧呼吸彻底氧化为CO2和H20并产生38分子ATP。有氧呼吸由三部分组成：葡萄糖经EMP途径生成2分子丙酮酸，产生2分子ATP和2分子NADH2;丙酮酸氧化脱羧、脱氢并与COA结合生成2分子乙酰-COA和2分子ATP和2分子NADH2；乙酰-COA进入三羧酸循环。
三羧酸循环：由一系列酶促反应构成的循环反应系统，在该反应过程中，首先由乙酰辅酶A与草酰乙酸缩合生成含有3个羧基的柠檬酸，经过4次脱氢，2次脱羧，生成四分子还原当量(NADH+H+和FADH2)和2分子CO2，重新生成草酰乙酸的这一循环反应过程。
两用代谢途径：不仅是分解代谢产能，还是物质代谢枢纽，为很多重要物质的合成代谢提供碳架原料。TCA循环，EMP和HMP途径都是重要的两用代谢途径。
中间代谢物的回补途径：是指补充两用途径中因合成代谢而消耗的中间代谢物的反应。TCA回补途径是乙醛酸循环，又称TCA循环支路。 呼吸链：也称电子传递链是指位于原核生物细胞膜或真核生物线粒体膜上的、由一系列的按氧化还原势由低到高顺序排列的氢（电子）传递体，其功能是把氢（电子）从低氧化还原的化合物处逐级传递到氧化还原势高的分子氧或其他无机、有机氧化物，并使它们还原。 复合体I:为NADH-Q还原酶，又称NADH脱氢酶。FMN、CoQ、NAD均为NADH-Q还原酶的辅酶。此酶的作用是先与NADH结合并将NADH上的两个高势能电子转移到FMN辅酶上，使NADH氧化，并使FMN还原。
复合体II：琥珀酸-Q还原酶，位于线粒体内膜的酶蛋白。完整的酶还包括柠檬酸循环中使琥珀酸氧化为延胡索酸的琥珀酸脱氢酶。FADH2为该酶的辅基。在传递电子时，FADH2将电子传递给琥珀酸脱氢酶分子的铁-硫蛋白。电子经过铁-硫蛋白又传递给CoQ从而进入了电子传递链。
复合体III：为细胞色素还原酶，又称辅酶-Q细胞色素c还原酶、细胞色素bc1复合体或简称bc1。除了极少数的专性厌氧微生物外，细胞色素几乎存在于所有的生物体内。细胞色素还原酶通过接受和送走电子的方式传递高势能的电子。
复合体IV：为细胞色素氧化酶。细胞色素氧化酶又称为细胞色素c氧化酶。其功能是接受细胞色素c传递过来的电子并最终交给O2,经过一系列反应生成H2O。
复合体V:又称ATP合成酶或H+-ATP酶复合物。由8个不同亚基组成，它们又分别组成两个蛋白质复合体。F1从内膜伸入基质中，突出于膜表面，具有亲水性，酶的催化部位就位于其中。F0疏水，嵌入内膜磷脂中，内有质子通告，它利用呼吸链上复合体I、III、IV运行产