湖泊是重要的饮用水源地。其中洪泽湖、骆马湖是苏北地区综合供水水源地和南水北调东线的调蓄湖泊，高邮湖、邵伯湖、白马湖、宝应湖是其周边地区综合供水水源地和南水北调东线重要输水通道；滆湖是其周边地区综合供水水源地和规划的新孟河输水通道；太湖、固城湖、石臼湖等是其周边或下游地区综合供水水源地，固城湖还是高淳县唯一的饮用水源地。
供水功能保护目标：逐步恢复湖泊蓄水保护范围，改善湖泊水质，满足区域经济社会发展对湖泊水质水量的要求。
湖泊是天然湿地，具有保持生物多样性、维持地区生态平衡、为人类提供各种生物资源的能力，生态功能保护十分重要。
生态功能保护目标：保持湖泊的生物栖息地不受侵占，逐步恢复湖泊生物物种种类及数量，维护湖泊的健康生命。
各湖泊主要功能见附表3。 3.3 主要功能区划
湖泊功能区划是保护湖泊主要公益性功能及协调湖泊保护、治理与开发利用关系的主要措施。根据各湖泊的主要功能，分别划定湖泊的行水通道、水功能区、生态功能区以及禁采区，并分别提出保护对策措施。
（一）行水通道
对湖泊主要出入湖的行洪、供水河道划定行水通道，对其他中小河道提出保护要求。在现状情况调查基础上，按河道设计过水能力，划定主要出入湖河道的行水通道，并适当留有余地，一些湖泊的行水通道借助数模计算划定。具体划定时，不划深水湖区行水通道，只划浅水湖区；已经围垦、围养的区域尽量贯穿；生态功能区划中的开发控制利用区尽
量贯穿；行水通道注意与航道的结合。行水通道内禁止设障，清除一切障碍。
里下河腹部地区湖泊湖荡考虑围垦、围养形势严峻，骨干行水通道贯穿湖荡。
（二）行、蓄、滞洪区
各湖泊保护范围内设计洪水位以下的蓄洪区域均为蓄洪区。 根据防洪规划，洪泽湖保护范围内划定鲍集圩行洪区和洪泽湖周边滞洪区，行、滞洪区内泗洪县城、省属洪泽湖农场、三河农场等5个安全圩和老子山等11个保庄圩，不参与滞洪。
骆马湖南堤及宿迁控制线之间的区域划为滞洪区。
里下河腹部地区湖泊湖荡第一、二、三批滞涝(洪)圩按滞洪区管理。 高邮湖新民滩庄台保庄圩不参与蓄洪。 （三）水功能区划
按照省政府批准的《江苏省地表水（环境）功能区划》执行，对全湖规划蓄水保护范围进行水功能区划。水功能区一级区划分为保护区、保留区、缓冲区以及开发利用控制区四种，其中开发利用控制区又进一步区划为饮用水源、工业用水、农业用水、渔业用水、景观娱乐用水、过渡、排污控制区七种二级区划，二级区划功能可以重合。
白马湖、宝应湖，在《江苏省地表水（环境）功能区划》中全湖划定为保护区。鉴于南水北调东线工程规划方案已明确，对原水功能区划进行了局部调整，湖区输水通道范围内及与输水水力联系密切的局部区域划定为保护区，其余大部分区域划定为开发利用控制区，在保护区和开发利用控制区之间划定一定范围的缓冲区。
里下河腹部地区湖泊湖荡，鉴于其位臵分散、与河网相通，其水功
能区划按河网水功能区划执行。
根据现状及已明确规划的县级以上生活饮用水水源地，划定取水口保护范围，半径一般为500～1000米，对乡镇级取水口提出要求。
（四）生态功能区划
为加强生态保护，根据有关自然保护区规划、湿地保护规划等，对全湖蓄水区进行了生态功能区划。生态功能区分为核心区、缓冲区、开发控制利用区三大类。核心区包括渔业资源繁保区、生物多样性保护区、主要饮用水源取水口保护范围。渔业资源繁保区尽量与渔业部门规划一致，生物多样性保护区尽量与环保部门自然保护区规划衔接。开发控制利用区主要为可用于生态养殖和景观娱乐的区域，兼顾开发利用现状和有关部门规划安排。其他区域暂划定为缓冲区，作为资源保留、生态净化和生态恢复的区域。
鉴于省管湖泊人类开发利用程度较高，且具有综合效益，有关核心区严格按自然保护区等有关规定管理是不切合实际的，为此，规划要求对核心区与行水通道等重合的部位，行水时服从行水要求，清除障碍，非行水期，按生态保护的要求加强保护。
洪泽湖中的淮干、溧河洼、成子河行水通道，邵伯湖行水通道，骆马湖中的中运河、沂河行水通道，太湖中的东太湖行水通道，均有进一步治理要求，太湖、固城湖等湖泊还涉及芜申运河等航道整治，鉴于有关规划方案尚未明确，今后根据规划方案，允许调整、细化局部生态区划。
（五）重要基础设施保护和禁采区
航道按现状和省航道部门规划执行，按《江苏省航道管理条例》（征求意见稿）确定保护范围和要求，5级以上航道划定保护范围，6级及
其以下航道提出保护要求；航道保护范围内禁止设障。
对堤防、泵站、涵闸、桥梁、电力、管道、电缆等重要基础设施，按相关规范要求确定保护范围，不作区划。
对主要堤防且近期不涉及堤线调整的，按堤防安全要求，在湖内划定禁采区，涉及河道整治、堤线可能调整的区域不划定禁采区；禁采区宽度根据堤防级别、地质情况确定。 3.4 总体保护对策
(1). 保护湖泊形态、开发利用方式与规模，加强生态保护，维护湖泊健康生命。
(2). 加强污染防治，保护湖泊水质；清除行水障碍，实施重点湖区生态清淤，有计划推进退田（渔）还湖；压缩养殖面积，调整养殖方式。
(3). 制定有关湖泊治理、开发利用等专项规划，完善各类调度预案，落实各级政府与部门责任，加大投入，推进治理进程。
(4). 加强湖泊政策研究，制定完善各类规章制度，健全湖泊机构，规范湖泊管理行为。
(5). 加大湖泊宣传，提高全民的湖泊保护意识，鼓励公众参与，使湖泊保护成为全民公识。
各个湖泊还根据其具体情况，对行水通道、行蓄滞洪区、综合水源地、饮用水源地、生态功能区、重要基础设施、禁采区分别提出了具体保护对策；对渔业养殖、旅游、采砂等开发利用提出了控制指导意见。 3.5 管理意见
(1). 省管湖泊实行统一管理与分级管理相结合的管理体制。