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在我国的高新技术企业认定工作是从上世纪90年代初开始的。当时，为了建立我国的高新技术产业，促进高新技术企业快速发展，国务院于1991年发布《国家高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法(国发【1991】12号)》，授权原国家科委组织开展国家高新技术产业开发区内高新技术企业认定工作，并配套制定了财政、税收、金融、贸易等 一系列优惠政策。1996年将高新技术企业认定范围扩展到国家高新区外(国科发文字【1996】018号)。1999年根据 新的形势要求，再次修订了国家高新区内高新技术企业认定标准(国科发文字【2000】324号)。
国家高新技术企业认定机构
科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组(以下称“领导小组”)，其主要职责为：
(一)确定全国高新技术企业认定管理工作方向，审议高新技术企业认定管理工作报告;
(二)协调、解决认定及相关政策落实中的重大问题;
(三)裁决高新技术企业认定事项中的重大争议，监督、检查各地区认定工作;
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(四)对高新技术企业认定工作出现重大问题的地区，提出整改意见。
第七条 领导小组下设办公室。办公室设在科技部，其主要职责为：
(一)提交高新技术企业认定管理工作报告;
(二)组织实施对高新技术企业认定管理工作的检查;
(三)负责高新技术企业认定工作的专家资格的备案管理;
(四)建立并管理“高新技术企业认定管理工作网”;
(五)领导小组交办的其他工作。
第八条 各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构(以下称“认定机构”)，根据本办法开展下列工作：
(一)负责本行政区域内的高新技术企业认定工作;
(二)接受企业提出的高新技术企业资格复审;
(三)负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报;
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(四)选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。
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