生物化学第3版课后习题详细解答

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生物化学(第三版)课后习题详细解答

第三章 氨基酸

习题

1.写出下列氨基酸的单字母和三字母的缩写符号:精氨酸、天冬氨酸、谷氨酰氨、谷氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸。[见表3-1]

表3-1 氨基酸的简写符号

名称 丙氨酸(alanine) 精氨酸(arginine) 天冬酰氨(asparagines) 天冬氨酸(aspartic acid) Asn和/或Asp 半胱氨酸(cysteine) 谷氨酰氨(glutamine) 谷氨酸(glutamic acid) Gln和/或Glu 甘氨酸(glycine) 组氨酸(histidine) 异亮氨酸(isoleucine) 三字母符号 Ala Arg Asn Asp Asx Cys Gln Glu Gls Gly His Ile 单字母符号 A R N D B C Q E Z G H I 名称 亮氨酸(leucine) 赖氨酸(lysine) 甲硫氨酸(蛋氨酸)(methionine) 苯丙氨酸(phenylalanine) 脯氨酸(praline) 丝氨酸(serine) 苏氨酸(threonine) 色氨酸(tryptophan) 酪氨酸(tyrosine) 缬氨酸(valine) 三字母符号 Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val W Y V P S T 单字母符号 L K M F 2、计算赖氨酸的εα-NH3+20%被解离时的溶液PH。[9.9] 解:pH = pKa + lg20% pKa = 10.53 (见表3-3,P133) pH = 10.53 + lg20% = 9.83

3、计算谷氨酸的γ-COOH三分之二被解离时的溶液pH。[4.6] 解:pH = pKa + lg2/3% pKa = 4.25 pH = 4.25 + 0.176 = 4.426 4、计算下列物质0.3mol/L溶液的pH:(a)亮氨酸盐酸盐;(b)亮氨酸钠盐;(c)等电亮氨酸。[(a)约1.46,(b)约11.5, (c)约6.05]

5、根据表3-3中氨基酸的pKa值,计算下列氨基酸的pI值:丙氨酸、半胱氨酸、谷氨酸和精氨酸。[pI:6.02;5.02;3.22;10.76]

解:pI = 1/2(pKa1+ pKa2)

pI(Ala) = 1/2(2.34+9.69)= 6.02 pI(Cys) = 1/2(1.71+10.78)= 5.02 pI(Glu) = 1/2(2.19+4.25)= 3.22 pI(Ala) = 1/2(9.04+12.48)= 10.76

6、向1L1mol/L的处于等电点的甘氨酸溶液加入0.3molHCl,问所得溶液的pH是多少?如果加入0.3mol NaOH以代替HCl时,pH将是多少?[pH:2.71;9.23]

7、将丙氨酸溶液(400ml)调节到pH8.0,然后向该溶液中加入过量的甲醛,当所得溶液用碱反滴定至Ph8.0时,消耗0.2mol/L NaOH溶液250ml。问起始溶液中丙氨酸的含量为多少克?[4.45g] 8、计算0.25mol/L的组氨酸溶液在pH6.4时各种离子形式的浓度(mol/L)。[His2+为1.78×10-4,His+为0.071,His0为2.8×10-4] 9、说明用含一个结晶水的固体组氨酸盐酸盐(相对分子质量=209.6;咪唑基pKa=6.0)和1mol/L KOH

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配制1LpH6.5的0.2mol/L组氨酸盐缓冲液的方法[取组氨酸盐酸盐41.92g(0.2mol),加入352ml 1mol/L KOH,用水稀释至1L]

10、为什么氨基酸的茚三酮反映液能用测压法定量氨基酸?

解:茚三酮在弱酸性溶液中与α-氨基酸共热,引起氨基酸氧化脱氨脱羧反映,(其反应化学式见P139),其中,定量释放的CO2可用测压法测量,从而计算出参加反应的氨基酸量。

11、L-亮氨酸溶液(3.0g/50ml 6mol/L HCl)在20cm旋光管中测得的旋光度为+1.81o。计算L-亮氨酸在6mol/L HCl中的比旋([a])。[[a]=+15.1o]

12、标出异亮氨酸的4个光学异构体的(R,S)构型名称。[参考图3-15]

13、甘氨酸在溶剂A中的溶解度为在溶剂B中的4倍,苯丙氨酸在溶剂A中的溶解度为溶剂B中的两倍。利用在溶剂A和B之间的逆流分溶方法将甘氨酸和苯丙氨酸分开。在起始溶液中甘氨酸含量为100mg ,苯丙氨酸为81mg ,试回答下列问题:(1)利用由4个分溶管组成的逆流分溶系统时,甘氨酸和苯丙氨酸各在哪一号分溶管中含量最高?(2)在这样的管中每种氨基酸各为多少毫克?[(1)第4管和第3管;(2)51.2mg Gly+24mg Phe和38.4mgGly+36mg Phe] 解:根据逆流分溶原理,可得:

对于Gly:Kd = CA/CB = 4 = q(动相)/p(静相) p+q = 1 = (1/5 + 4/5) 4个分溶管分溶3次:(1/5 + 4/5)3=1/125+2/125+48/125+64/125 对于Phe:Kd = CA/CB = 2 = q(动相)/p(静相) p+q = 1 = (1/3 + 2/3) 4个分溶管分溶3次:(1/3 + 2/3)3=1/27+6/27+12/27+8/27

故利用4个分溶管组成的分溶系统中,甘氨酸和苯丙氨酸各在4管和第3管中含量最高,其中: 第4管:Gly:64/125×100=51.2 mg Phe:8/27×81=24 mg 第3管:Gly:48/125×100=38.4 mg Phe:12/27×81=36 mg

14、指出在正丁醇:醋酸:水的系统中进行纸层析时,下列混合物中氨基酸的相对迁移率(假定水相的pH为4.5):(1)Ile, Lys; (2)Phe, Ser (3)Ala, Val, Leu; (4)Pro, Val (5)Glu, Asp; (6)Tyr, Ala, Ser, His. [Ile> lys;Phe,> Ser;Leu> Val > Ala,;Val >Pro;Glu>Asp;Tyr> Ala>Ser≌His] 解:根据P151 图3-25可得结果。

15.将含有天冬氨酸(pI=2.98)、甘氨酸(pI=5.97)、亮氨酸(pI=6.53)和赖氨酸(pI=5.98)的柠檬酸缓冲液,加到预先同样缓冲液平衡过的强阳离交换树脂中,随后用爱缓冲液析脱此柱,并分别收集洗出液,这5种氨基酸将按什么次序洗脱下来?[Asp, Thr, Gly, Leu, Lys]

解:在pH3左右,氨基酸与阳离子交换树脂之间的静电吸引的大小次序是减刑氨基酸(A2+)>中性氨基酸(A+)>酸性氨基酸(A0)。因此氨基酸的洗出顺序大体上是酸性氨基酸、中性氨基酸,最后是碱性氨基酸,由于氨基酸和树脂之间还存在疏水相互作用,所以其洗脱顺序为:Asp, Thr, Gly, Leu, Lys。

第四章 蛋白质的共价结构

习题

1.如果一个相对分子质量为12000的蛋白质,含10种氨基酸,并假设每种氨基酸在该蛋白质分子中

100

的数目相等,问这种蛋白质有多少种可能的排列顺序?[10]

12000/120100

解:10=10

2、有一个A肽,经酸解分析得知为Lys、His、Asp、Glu2、Ala以及Val、Tyr忽然两个NH3分子组成。当A肽与FDNB试剂反应后得DNP-Asp;当用羧肽酶处理后得游离缬氨酸。如果我们在实验中将A肽用胰蛋白酶降解时,得到两种肽,其中一种(Lys、Asp、Glu、Ala、Tyr)在pH6.4时,净电荷为零,另一种(His、Glu以及Val)可给除DNP-His,在pH6.4时,带正电荷。此外,A肽用糜蛋白酶降解时,也得到两种肽,其中一种(Asp、Ala、Tyr)在pH6.4时全中性,另一种(Lys、His、Glu2以及Val)在pH6.4时带正电荷。问A肽的氨基酸序列如何?[Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val] 解:1、N-末端分析:FDNB法得:Asp-; 2、C-末端分析:羧肽酶法得:-Val;

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3、胰蛋白酶只断裂赖氨酸或精氨酸残基的羧基形成的肽键,得到的是以Arg和Lys为C-末端残基的肽断。酸水解使Asn→Asp+ NH4+,由已知条件(Lys、Asp、Glu、Ala、Tyr)可得:Asn-( )-( )-( )-Lys-( )-( )-Val;

4、FDNB法分析N-末端得DNP-His,酸水解使Gln→Glu+NH4+由已知条件(His、Glu、Val)可得:Asn-( )-( )-( )-Lys-His-Gln-Val;

5、糜蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键。由题,得到的一条肽(Asp、Ala、Tyr)结合(3)、(4)可得该肽的氨基酸序列为:Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val

3、某多肽的氨基酸序列如下:Glu-Val-Lys-Asn-Cys-Phe-Arg-Trp-Asp-Leu-Gly-Ser-Leu-Glu- Ala-Thr-Cys-Arg-His-Met-Asp-Gln-Cys-Tyr-Pro-Gly-Glu_Glu-Lys。(1)如用胰蛋白酶处理,此多肽将产生几个肽?并解释原因(假设没有二硫键存在);(2)在pH7.5时,此多肽的净电荷是多少单位?说明理由(假设pKa值:α-COOH4.0;α- NH3+6.0;Glu和Asp侧链基4.0;Lys和Arg侧链基11.0;His侧链基7.5;Cys侧链基9.0;Tyr侧链基11.0);(3)如何判断此多肽是否含有二硫键?假如有二硫键存在,请设计实验确定5,17和23位上的Cys哪两个参与形成?[(1)4个肽;(2)-2.5单位;(3)如果多肽中无二硫键存在,经胰蛋白酶水解后应得4个肽段;如果存在一个二硫键应得3个肽段并且个肽段所带电荷不同,因此可用离子交换层析、电泳等方法将肽段分开,鉴定出含二硫键的肽段,测定其氨基酸顺序,便可确定二硫键的位置]

4、今有一个七肽,经分析它的氨基酸组成是:Lys、Pro、Arg、Phe、Ala、Tyr和Ser。此肽未经糜蛋白酶处理时,与FDNB反应不产生α-DNP-氨基酸。经糜蛋白酶作用后,此肽断裂城两个肽段,其氨基酸组成分别为Ala、Tyr、Ser和Pro、Phe、Lys、Arg。这两个肽段分别与FDNB反应,可分别产生DNP-Ser和DNP-Lys。此肽与胰蛋白酶反应能生成两个肽段,它们的氨基酸组成分别是Arg、Pro和Phe、Tyr、Lys、Ser、Ala。试问此七肽的一级结构怎样?[它是一个环肽,序列为:-Phe-Ser-Ala-Tyr-Lys-Pro-Arg-] 解:(1)此肽未经糜蛋白酶处理时,与FDNB反应不产生α-DNP-氨基酸,说明此肽不含游离末端NH2,即此肽为一环肽;

(2)糜蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键,由已知两肽段氨基酸组成(Ala、Tyr、Ser和Pro、Phe、Lys、Arg)可得:-( )-( )-Tyr-和-( )-( )-( )-Phe-;

(3)由(2)得的两肽段分别与FDNB反应,分别产生DNP-Ser和DNP-Lys可知该两肽段的N-末端分别为-Ser-和-Lys-,结合(2)可得:-Ser-Ala-Tyr-和-Lys-( )-( )-Phe-;

(4)胰蛋白酶专一断裂Arg或Lys残基的羧基参与形成的肽键,由题生成的两肽段氨基酸组成(Arg、Pro和Phe、Tyr、Lys、Ser、Ala)可得:-Pro-Arg-和-( )-( )-( )-( )-Lys; 综合(2)、(3)、(4)可得此肽一级结构为:-Lys-Pro-Arg-Phe-Ser-Ala-Tyr-

5、三肽Lys- Lys- Lys的pI值必定大于它的任何一个个别基团的pKa值,这种说法是否正确?为什么?[正确,因为此三肽处于等电点时,七解离集团所处的状态是C-末端COO-(pKa=3.0),N末端NH(,3个侧链3(1/3ε- NH3+)(pKa=10.53)(pKa=10.53),因此pI>最大的pKa值(10.53)] 2pKa≌8.0)6、一个多肽可还原为两个肽段,它们的序列如下:链1为Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg- Arg- Val-Cys;链2为Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys。当用嗜热菌蛋白酶消化原多肽(具有完整的二硫键)时可用下列各肽:(1)(Ala、Cys2、Val);(2)(Arg、Lys、Phe、Pro);(3)(Arg2、Cys2、Trp、Tyr);(4)(Cys2、Phe)。试指出在该天然多肽中二硫键的位置。(结构如下图) S-S

Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg-Arg-Val_Cys S S

Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys

解:嗜热菌蛋白酶作用专一性较差,根据题中已知条件: (1)消化原多肽得到(Ala、Cys2、Val),说明链1在2位Cys 后及11位Val前发生断裂,2位Cys与12位Cys之间有二硫键;

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