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绪论
微生物分类学 microbial tasonomy 研究微生物分类理论和技术方法的学科称为微生物分类学。 分类 classification 分类是根据一定的原则（表型特征相似性或系统发育相关性）对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。
命名 nomenclature 命名是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。
鉴定 identification 指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位微生物所应归属分类群的过程。
分类单元 taxon, 复数taxa 是指具体的分类群，如原核生物界（Procaryotae）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）等都分别代表一个分类单元。 种 species 种是生物分类中基本的分类单元和分类等级。微生物的种可以看作是：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。
属 genus 是介于种（或亚种）与科之间的分类等级，也是生物分类中的基本分类单元。通常是把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之属。
.居群 population 是指一定空间中同种个体的总和。每一个物种早自然界中的存在，都有一定的空间结构，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元，这些群体单元就称居群。
亚种 subspecies, subsp., ssp. 当某一工人种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元称为亚种。亚种是正式分类单元中地位最低的分类等级。
变种 variety 变种是亚种的同义词。在《国际细菌命名法规》（1976年修订本）发表以前，变种是种的亚等级，因“变种”一词易引起词义上的混淆，1976年后，细菌种的亚等级一律采用亚种，而不再使用变种。
新种 species nova, sp. nov, nov sp. 新种是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。
型 type 常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。
菌株 strain 从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用
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实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
菌型 form 曾用做菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的后缀。如噬菌体变异型Phagovar、血清变异型Serovar、生物变异型Biovar、形态变异型Morphovar、致病变异型Pathovar。
菌群 group 指两种微生物及介于它们之间的一些过度类型的菌种，具有某些共同性状。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠杆菌及它们之间的过度类型。
俗名common name 俗名是一个国家或地区使用的普通名称。其优点是在一定的区域内通俗易懂便于记忆，但局限性是不便于国际间的交流。
学名 scientific name 国际上统一使用的名称称为学名，用以确保生物名词的统一性、科学性和实用性。
双名法 binominal nomenclature 双名法指种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。第一个词为属名，首字母要大写；第二个词为种名加词，常用形容词（要于属名性别一致），也可以用人名、地名、病名或其他名词（名词用主格或所属格形式），种名加词首字母不大写。
三名法 trinominal nomenclature 当某种微生物是一个亚种时，学名就应按三名法拼写，即由属名、种名加词和亚种名加词构成。例如：Alcaligenes denitrificans subsp. Xylosoxydans（反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种）。
属名 generic name 是一个表示微生物主要特征的名词或用作名词的形容词，单数，第一个字母应大写。其词源可来自拉丁词、希腊词或其它拉丁化的外来词，也有以组合的方式拼成。
种名加词, 种加词 specific epithet 它代表一个物种的次要特征。其词源由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成。字首一律小写。可由形容词或名词组成，如果是形容词，要求其行与属名一致，如Staphylococcus aureus（金黄色葡萄球菌）中，属名与种的加词均为阳性词。
系统发育树, 系统树 phylogenetic tree 在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分枝的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分枝的图形被称为系统发育树，简称系统树。 分子系统树 molecular phylogenetic tree 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统数称为分子系统树。
结 node 在系统发育数的图形中，分枝的末端和分枝的连接点称为结，代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类
无根树 unrooted tree 是系统发育树的一种形式，只是简单表示生物类群之间的系统发育关系，并
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不反映进化途径。
有根树 rooted tree 是系统发育树的一种形式，不仅表示生物类群之间的亲疏，而且反映出它们有共同的起源及进化方向。
最节省分析法, 简约法 parsimony analysis 它是计算机分析系统发育相关性构建系统树时，最常采用的一种方法。这种方法推断谱系的原则是：在所有可能的谱系关系中，涉及进化改变的序列特征数最少的谱系是最可信的。
域 Domain 是一个比界（Kingdom）更高的界级分类单元，过去曾称原界（Urkingdom）。 三域学说 Three Domains Theory 20世纪70年代末由于美国伊利诺斯大学C．R．Woose等人对大量微生物和其它生物进行16S和18S rRNA寡核苷酸测序,并比较其同源性水平后,提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说。
三域Three Domains 三域指的是细菌域（Bacteria，以前称“真细菌域”Eubacteria）、古生菌域（Archaea，以前称“古细菌域”Archaebacteria）和真核生物域（Eukarya）。
模式（或典型）菌株 type strain 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。种和亚种所指定的称为模式（或典型）菌株。
模式种 type species 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。亚属和属所指定的称为模式种。
模式属 type genus 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。属以上至目级分类单元所指定的称为模式属。
伯杰氏系统细菌学手册 Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology 从1984年至1989年分四卷出版了《伯杰氏系统细菌学手册》。第一卷包括革兰氏阴性细菌，第二卷包括革兰氏阳性细菌，第三卷包括一部分革兰氏阳性细菌、古生菌和蓝细菌，第四卷包放线菌。
伯杰氏鉴定细菌学手册 Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology 最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰（D. Bergey）（1860-1937）及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》。该书自1923年问世以来，以进行过8次修订，现已发行第九版。
DNA-DNA同源性 DNA-DNA homology 通常以同源%表示，代表整个基因组中DNA碱基序列相似性的平均值。各菌株DNA的同源性在70%以上属于种的水平，即属于同一个种。在20-70%之间则属于一个属内不同的种。
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