网上有很多关于protege的教材，大概分为两种，一种是以protege3.1的实例教程（如
protege入门学习 基础篇、推理篇、进阶篇），另一种就是基于protege4.1的教程（protege4.0 官方使用说明）。这两种教程各有所长吧！如果你抱着不嫌
麻烦的态度，你可以两种都安装学习下！如果你就是想简单使用这个工具软件，那在版本的选择上则很重要了。下面具体讲下我使用了两个版本后的感悟吧！
1.protege 3.x版 优点：
1）这个版本的用户体验比较好，没4.x版的那么别扭 2）支持RacerPro推理机，能保存推理结果 3）能对中文进行推理 4）相关教程比较全面 缺点：
1）OWLViz不支持中文，添加中文，图像显示会重叠 2）没有ontograf功能块，总之不支持中文图像结果显示 3）使用OWLViz功能块，必须安装graphviz 1.9版的
2.protege 4.x版 优点：
1）自带推理机 Fact++
2）有ontograf功能块，支持中文图像显示 3）相关教程比较全面 缺点：
1）无法保存自带推理机的推理结果，至少我是没找到保存方法 2）OWLViz也不支持中文
3）软件界面用户体验不好，很多模块需要自己选择添加 4）使用OWLViz功能块，必须安装graphviz 2.28版的
上面说了这么多你可能不知道选择哪个好。那就列出几个关键的问题： 1.想使用OWLViz观察图像结果？
不管是3.x版还是4.x版都可以。但是要注意一点，就是版本兼容问题；个人推荐protege3.1配graphviz 1.2 或者protege4.1配graphviz2.28.
2.想使用推理机并更新原数据？
个人建议使用protege3.x，并使用RacerPro 1.9版安装版。虽然protege4.x版自带推理机也能推理，但是保存结果更新原数据没法实现，至少我是整了很久都没实现。这也是我不喜欢使用4.x的原因，用户体验比较差。
3.想支持中文，在绘图区显示图像结构？
这个就必须使用4.x版了，也只能在4.x版的ontograf功能块才能看到图像
结构，而在OWLViz会出现图像重叠；不过在这也弱弱的吐槽一下，ontograf显示的图像结构效果并不是很理想，个人觉得做的很差。
总结：
上面讲了这么多，相信你也有自己的选择了。但是我个人觉得啊！还是使用protege3.x版更好，当然前提是你对OWLViz显示中文并不是很需要的前提下；除去这个因素，protege3.x版还是蛮不错的，软件界面使用舒服，可以保存推理机推理结果；而且在class中定义中文也可以推理。
如果你实在想在OWLViz中看到图像结构，我这也有一个解决方案：
就是把你定义的class都用英文表示，而在comment中备注他们的中文意思。