分化条件，是很常见的从一个生物体取得多个样品并且进行提取。所有的NCI方法在网址上进行了总结。选择提取过程的方法是随样品的性质而改变，并且在某些情况下依赖于最终的测定方法的性质。在最简单的情况下，提取低级醇会发现一些感兴趣的化合物，虽然在大多数情况下，一个连续提取系统是利用与化合物被不断增加的溶剂萃取。 D.筛选方法
如前面提到的，新的有效稳定的高通量筛的出现已经并继续在制药工业中对天然产物的研究产生重大影响。大多数使用的筛选方法是专有的，发布的信息是罕见的，但这种方法已发表刊登出来。已详细描述的一个NCI60细胞系的细胞毒筛选为抗癌剂。虽然这不是一个真正的受体基筛选，但现已发展成一个系统，由此在细胞系内的大量分子靶可由信息学技术鉴定，并且改进仍在继续。这些信息可在网站上查到。基于差分的易感性基因修饰酵母菌株的测定法进行了说明，并导致基于遗传修饰酵母进行多个筛选，但有时，未经修饰的酵母细胞壁的渗透性降低，甚至被忽略。因此，从筛选的数据看，特别是那些与基因缺失相关的数据应该被研究，因为含有大量的在宿主上未经修饰的细胞壁。此外，还有在学术界没有被研究分析，但是可以由人工进行高通量的筛选。有一些例子，比如盐水虾和土豆盘实验，或者是有用的盘基抗菌实验。
高通量测量法中，大量的样品可在短时间内进行筛选，并且成本低，并且此类测定方法是从工业移到学术界，并与特定的表达系统被
称作是天然产品的发现。新的技术包括新的荧光测定法，NMR色谱，DNA微阵列，等应用程序已导致显在的高通量筛选的有效进行。 E．活性化合物的分离
从一个给定的生物质分离出生物活性成分是一个极具挑战性的任务，尤其当感兴趣的活性成分的含量很低的时候，在实际的提取过程中主要取决于样品提取物的性质，例如海洋样品，对植物样品衍生有不同的提取和纯化过程。
然而，所有的这些方法的本质特征是
使用一个适当的可再现的生物测定活性化合物分离的过程。它也是非常重要的，该化合物是已知化合物，以尽可能早的识别和消除在特定的测定过程中一些干扰，对于这样的程序进行了一些列的讨论，以及各种新的方法分离和结构鉴定进行了审查。 F.结构解析
生物活性成分的结构鉴定几乎完全依赖于现代仪器分析方法，尤其是NMR和MS的应用。这些强大的技术加上在某些情况下有选择的化学处理，通常是足以解决大部分次级代谢产物分子量高达2kD的结构。X射线晶体学也是一种有价值的工具，如果该材料的结晶可诱发产生，并且在某些情况下这是明确其绝对构型的唯一方法。如今，多肽或含肽天然产物分子量达10-12kD的氨基酸序列的测定是一个相对简单的任务。此外，质谱技术已发展到对不同寻常的氨基酸多肽进行测序的阶段。 G．更深入的生物评估
一旦获得纯的生物活性成分，不管是其结构新颖还是其表现出先
前未知的功能，它必须进行一系列生物测定来确定他的功效，效力，毒性和药动学特点。这些将判定化合物的一个基因，并且判定他们作为候选药物的新化合物的光谱，在这个阶段我们推定其作用机制。 H．大批量的采购
一旦初始生物测定评估完成，那么就需要大批量的材料进行必要的研究，如果要保证复合收益就需沿路径从“Hit”到“药品评价”再到“临床候选”。可以通过植物和海洋起始原料，通过大规模的发酵生产微生物。如果该活性化合物的结构适合于大规模的合成，化学合成和部分合成也是有可能的。紫杉醇的例子就是受其启发，初始进行大规模生产是通过从短叶红豆杉树皮中直接提取，现在通常通过半合成的方法，从更容易获得前体的10-脱乙酰浆果赤霉素Ⅲ中进行大规模生产。
获得充足的天然产物供应的另一种方法是利用植物组织培养。虽然有商业化生产次级代谢产物的例子（最著名的也许是紫草这个例子），此技术应用于商业化生产还没有得到普遍的接受，这主要是经济上的原因，然而可行的大规模生产紫杉醇的技术已经出现，现在已成功的应用于商业生产。
几个主要的抗肿瘤药物的发现是从植物中分离得到的，由相关的内生真菌产生，为探索规模化生产开辟了更多的渠道。同样，微生物共生体在生物活性剂的生产中提供了可能，从海洋大生物中提供了类似的机会，有趣的是，从背囊动物加勒比海鞘中分离出的抗癌剂现已大规模的通过半合成得到，cyanosafracin B通过细菌发酵而得到的荧光假单胞菌。正如在第Ⅲ.B.6中，对于大规模生产埃坡霉素D分离出
粘细菌的一种有效的方法，纤维素是通过聚酮化合物基因簇制造环氧类似物，在M球菌中，埃坡霉素B和异源表达的修饰基因簇的操作而开发的。
在相对少数的情况下，为综合成提供了一个可行的路径，以大规模生产重要的生物活性剂。来自海洋抗癌药的一个很好地例子，其进入Ⅰ期临床试验阶段，但由于毒性原因目前还没有到后期阶段。然而与此相反，对软海绵素B骨架的修饰以产生E7389通过全合成一个非常复杂的分子，以一个稍微不复杂的试剂修饰，现在已对乳腺癌进行着Ⅲ期临床试验。 I. 构效关系
从生物质中分离出的初始物，不管其来源如何，都有可能作为药物开发的引线。它可能是溶解性不够，或者强力不够，或是其活性还没有明确。一旦该结构确认，则就会涉及化学合成，常规及其组合方法，可以产生具有的潜在药物的或更期望的特性的衍生物被应用。许多类型的例子将在第Ⅳ部分进行讲解。
利用天然药物类化合物作为支架是更小更有意义的组合方法。虽然有商业生产次级代谢产物植物细胞培养物的例子，(紫草也许是其中最著名的例子)，该技术也被用作商业生产药品。然而，此方法应用于大规模生产紫杉醇，已显示这种技术成功用于药品生产的商业目的。
几个主要的抗癌药物最初是从植物中分离出来，由相关的内生真菌产生，开辟了更多的渠道，探索规模化生产植物衍生药品。同样，