PAML软件的一些简单的具体的使用操作
1. 首先用Clustal X进行序列比对：要保证：保证核苷酸序列是三的倍数，没有终止密码子，核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas
2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。 打开要换换的文件，然后“file” “save and convert sequence format”，在保存类型中选择“Yang’s PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”， 这样就可以得到文件“*.PML”，然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。 3. 打开PAML软件的文件夹，找到文件名是“bin”的文件夹，打开之后，找到程序“codeml.exe”,把该程序复制到D盘的根目录下。（这一步并不是必要的，只是要把用到的几个程序放在同一个目录下） 4. 在你使用ClustalX进行序列比对的时候，会生成一棵进化树，适用treeview软件可以打开，你需要的是把文件的后缀名改称“*.trees”。即树的文件名是“cox1.trees”，这就完成了树的格式的转换。
5. 然后再PAML4的文件夹中找到一个后缀是“*.ctl”的文件，把文件名改成“cox1.ctl”，复制到和“codeml.exe”相同的地方。 6. 要对codeml.ctl文件中的各个选项的值进行修改，具体内容如下： seqfile = cox1.nuc 按你自己的文件名进行修改，就可以了， treefile = cox1.trees
outfile = mlc * main result file name ，
noisy = 9 * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen ， verbose = 0 * 0: concise; 1: detailed, 2: too much runmode = 0
seqtype = 1 * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs
CodonFreq = 2 * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table clock = 0
aaDist = 0 * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a
aaRatefile = wag.dat * only used for aa seqs with model=empirical(_F) *
dayhoff.dat,jones.dat,wag.dat,am.dat, or your own
model = 0，这是使用的最简单的模型， * models for codons: * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches * models for AAs or codon-translated AAs:
* 0:poisson, 1:proportional, 2:Empirical, 3:Empirical+F 28 * 6:FromCodon, 7:AAClasses, 8:REVaa_0,9:REVaa(nr=189)
NSsites = 0 3 1 2 7 8 ，依次选取了6个模型。也可以选其中的两个，但必须是0和3，1和2，7和8。相互配对
icode = 4 * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below如果是核基因的话就选0。
fix_kappa = 0 kappa = 5 fix_omega = 0 omega = 0.2 getSE = 0 RateAncestor = 0 Small_Diff = .5e-6
cleandata = 1 * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
method = 0 * 0: simultaneous; 1: one branch at a time 最后保证在同一个文件夹内同时具有：三个文件
“codeml.exe”,“cox1.nuc”“cox1.trees”，这时候你双击 codeml.exe，就可以运行程序。
如果不能正确运行的话，你可以通过运行cmd，在dos情况下，运行codeml.exe，这样会有错误提示，知道你错在哪里了。 常见命令解释：
1. Baseml.ctl的命令说明：
noisy用来控制输出结果的多少，如果模型适用的运算比较多的话，noisy的值可以选择的比较大，verbose可以控制结果文件中结果的多少。
runmode = 0 表明在树的结构文件中估算树的拓扑结构。这个选项是我们通常情况下选择的，基本上可以满足我们的需要。