何廉和方显廷在国外读书期间，都曾利用他们有限的收入，购买了不少的经济学图书，回国后他们把这些图书(各约四千册，共计约八千册)捐献给了南开社会经济研究委员会，这就初步奠定了南开经济研究所图书馆的规模，后来他们在耶鲁大学的老师岱教授也把他私人图书馆的几百卷经济学和经济史书籍捐赠给了该馆。
何廉和方显廷都非常重视图书资料的建设工作，研究所经费中一个很大的比重用于购买图书和期刊，他们都曾在百忙中亲自带领图书管理员，到全国主要城市采购图书资料。南开经济研究所图书馆以其关于经济学和中国经济状况方面图书、期刊和资料的收藏闻名于国内外，及时购入的图书和期刊，使研究所的研究人员得以迅速了解其所研究领域中国内外的最新信息，据一些人回忆，当时国内各高等学校经济学方面的很多学子，在进行学位论文写作时，都来南开经济研究所图书馆查阅资料，从而为中国经济学人才的培养也作出了贡献。
英国伦敦经济学院教授、著名经济史学家汤尼（R·Tawney）在1929-1930年来华期间，就是利用该馆所藏的图书资料和研究所的研究报告，撰写了《中国的土地和劳动》(Land and Labor in China)这本不朽的经济学名著，对当时中国的贫穷和地区发展不平衡进行了深入地探讨，还指出英国经济发展和工业化过程中给中国的经验教训。
1929年，原任经济系主任肖叔玉转赴清华任教；一年后，商学院院长张平群也转而就职国民政府的实业部，张伯苓于是商请何廉于社会经济研究委员会的工作以外，兼任商学院院长和文学院的经济系主任。
面对当时北京大学、清华大学高薪聘请教授的巨大竞争压力，何廉提出了三项改革的建议：（1）把商学院、文学院的经济系和大学的社会经济研究委员会合并，采用南开经济学院这个新名称，从而将这三个部分的人力及其教学和研究工作，完全统一在经济学院以内，大部分教师都同时负担教学和研究工作的任务；（2）根据每年课程教学的需要，按照精减课程、突出重点的要求，重新改编大学的经济学与商学方面的教材；（3）经济学院组织一个独立的董事会，负责政治指导和寻求新的支持和赞助。张伯苓接受了这些建议。
1931年5月，南开大学经济学院及院董事会在南开大学秀山堂正式成立，由何廉担任院长，设立农业经济、工业管理、运输学、经济史学和统计学五个系，另有原商学院的经济商业学、会计学和银行学三个系。南开大学经济学院邀请了一些工商界和教育界的名流共计十五位担任董事，颜惠庆任董事会会长，吴鼎昌任副会长，范旭东、周寄梅和张伯苓为常委。
针对当时大学教师教学负担沉重，无暇从事研究工作和实地调查的情况，何廉要求经济学院聘任的人员兼作教学和研究工作，一方面使教学和科研二者的质量都得到提高；另一方面也提高了他们的薪金收入。
在教学中，南开大学经济学院十分注意理论与实际的相结合。除了进行社会调查以外，还参照理工科的教学实验室而创设了一系列的教学实习室如商品陈列室、会计实习室、统计实习室、和银行实习部等，陈列主要交易商品、商用文件单据、账簿、会计报表、记账凭证、统计资料、统计图表和各种计算用具等，还邀请银行外汇部经理来此亲自指导和讲解。
除校内经常性的教学和科研工作以外，经济研究所也曾短期接受天津金城银行的委托，代为培训过员工。
到1934年春，南京教育部称“经济学院”名称不符合“大学组织法”的规定，不予备案，指令加以改组。根据当时南开有关院系及研究机构的具体情况，于是废除“经济学院”的名称，恢复商学院各学系，并将原属于文学院的经济系改在商学院设置，以便统一进行大学本科学生的教学任务，同时将原由社会经济
研究委员会和经济学院时期蝉联延续下来的研究工作部分，另设“商科研究所经济学部”，简称“经济研究所”。何廉仍任商学院院长、经济学系主任和经济研究所所长，方显廷协助他全面负责教学和研究工作，经济学元的各项教学和科研模式仍然继续坚持。
南开经济学院规模不断扩大，其开支也不断增加，到1935-36年度时已经达到了三十万元，而学校的拨款每年仅十万元左右，越来越不敷需要，为此何廉不得不努力寻求新的资金来源。他首先是通过各种私人之间的友谊，争取天津地区银行界、企业界、政府机关、社会团体及个人的支持。经济学院董事会董事长颜惠庆博士和董事范旭东等是这方面工作最有力的赞助者和组织者，华北地区的金城、盐业、大陆、中南四大私营商业银行，天津和塘沽的久大和永利化工公司，以及开滦、启新、东亚、华新等公司，都对南开大学的经济研究与教学所需的费用，给予了不定期的支持。
1931年夏，经过费舍（Irving Fisher）教授的介绍，洛克菲勒基金会副主席和社会科学部副主任冈恩(S·M·Gunn)来到天津,在何廉的陪同下，仔细地考察了南开大学的经济学教学和研究工作。通过冈恩的推荐，南开大学社会经济研究委员会得到了洛克菲勒基金会的一笔为期五年的资助,在1932年到1937年的五年期间，每年补助研究费用一万五千美元；同时在此期间还同意资助经济问题研究人员每年一至两名去美国或英国进修的费用。到抗日战争爆发前，南开经济研究所的经费达到三十万元，总算有了比较稳定的资金来源，其中洛克菲勒基金会的资助大约占三分之一左右。抗日战争开始后，洛克菲勒基金会继续给南开经济研究所以资助，只不过数量略少了一些，这种支持一直持续到1947年末。所以在抗日战争前的几年期间，南大有关经济、商学各科系的教学和科研工作的情况，由于经费上比较充裕，教学研究人员逐年增多，图书、资料的搜集和教研设备（如打字机和手摇计算机等）的购置也渐趋完善。
何廉具有卓越的领导才能，勇于革新，诚挚待人，在他的周围，形成了一个强大的人员阵容和锐意进取的研究群体。
至抗日战争前，先后来南开任教授、研究导师和研究员的有来自耶鲁大学的方显廷和张纯明、哈佛大学的丁佶和王赣愚、伊利诺斯大学的李适生和陈序经、加利福尼亚大学的李卓敏和林同济、哥伦比亚大学的林维英和纽约大学的袁贤能等，可谓群贤毕至，各师荟萃。
何廉还注意在校青年教师的培养，先后选送多名毕业的学生赴国外进修，这些毕业生后来的归来也扩充了教学和研究的力量，如赴哈佛大学的吴大业、陈振汉、吴保安和胡光泰，康奈尔大学的叶谦吉，威斯康星的杨叔进和陶继侃，剑桥大学的宋侠，伦敦大学的李锐、鲍觉民和冯华德，牛津大学的杨敬年，伦敦经济学院的钱荣堃等。
经济研究所的学者虽然大都曾就读于欧美的高等学府，但他们并不满足于单纯讲授所学的理论，认为要有更大的作为，就必须把所学的原理和方法应用于中国实际经济现象的调查和分析。
在何廉为《经济研究周刊》所写的“发刊词”中说：“非仅明了经济学原理及国外之经济组织与制度，即为已尽能事。贵在能洞察本国之经济历史，考察本国之经济实况，融会贯通，互相比较，以为发展学术，改进事业之基础。能如是斯可谓之中国化的经济研究。”（《大公报经济研究周刊》第1期1930.3.3）
随着人员和机构规模的不断扩大，研究所的科研内容也从最初的只面向城市工业而扩大到乡村工业、农村经济和华北地区地方政府的行政与财政等方面。
方显廷主持下对我国工业化的调查和研究产生了大量丰硕的成果，其中工业化研究主要包括（1）对全国一般工业如棉纺织工业、缫丝工业、钢铁工业、水泥工业等的研究，（2）中国工业落后的原因分析，和（3）工业化道路及政策，如何廉、方显廷著《中国工业化之程度及其影响》，方显廷著《中国工业化之统计的分析》，方显廷、吴知、毕相辉著、有泽广巳译《支那工业论》等。
工业调查方面，在1930年以
前侧重天津市的几种工业调查，1931年以后在方显廷的带领下，推广于华北的乡村工业调查，主要是河北高阳、宝坻两县的织布工业，四川成都的手工棉纺织业调查、广东顺德工业调查和浙江乡村工业调查，如1933年秋方显廷在高阳调