人，负责设计及指导研究工作；研究员若干人，多由专职教授、副教授及讲师兼任，又设助理研究员若干人，受研究员之指导，作专题研究。教学部分由专职教授、副教授及讲师分别承担授课任务。行政部分，则设秘书室，设秘书一人，承所长之命，督率各股，处理文书、会计、庶务、图书及不属于研究和教学的一切事务。此外还设了五个委员会，以谋
各方面工作进行之便利。计为：中文季刊编辑委员会、英文季刊编辑委员会、图书委员会、研究生奖学金审查委员会和研究生论文审查委员会。”(《南开经济研究所一览》民国三十六年六月)
经济研究所在重庆恢复后，研究工作得以继续开展。
在中国农业问题的研究方面，鉴于抗日战争的状况，何廉和方显廷主张，和协进会的工作一样，把重点从研究转向集中力量从事训练人员和推广工作，同时也对四川新都地方政治和贵州省财政进行过实地调查，均著成论文和报告并在《乡村建设》上发表，同时还对四川省粮食运销、四川省手工棉纺织业、西南之交通、西南各省之合作金融、西南各省之经济开发等也作过考察和研究，完成的农业方面的专题研究有《中国工农业金融》、《战时粮食政策与粮食管制》、《川北米麦之生产成本》等。
经济研究所在农村行政方面，主张扩大县的权力，建议设立中央行政学院以培训县长同时缩小省级权力，建立强有力的中央政府；改革地方行政机构，改善保甲制度等。
财政方面，主张充实地方财政，裁减不必要的政府机构，完善税务，田赋、契税等最好全归县所有，直接用于各县，牙税和营业税则由省县对分，原有各种附加税均取消，而相应地加增正税之率。把县级开支主要用于教务和警务；平均农民负担，以农民的实在土地收入或田亩数为承担能力的标准。
方显廷还提出“整理地籍办法纲要”，以举办“陈报”为当务之急，在抗日战争期间建议和参与了贵州举办的土地陈报，整顿田赋、营业税和契税。
对于未来中国经济发展的取向，早在战前何廉就曾以“计划经济”为题在中央大学进行演讲，谈到计划经济是各国经济发展的趋势，可以协调生产和消费，同时还提到计划经济应当以世界为立场，强调要决定我们自己的路线，搜集统计资料作为计划的基础，需要一个强有力的政府和统一的计划机关（大公报经济周刊1933.12.27）。
方显廷在《统制经济与中国》一文中还提出了一些具体的方案，如健全农民组织，建立有力的政权，培养技术人才；主张先实行局部统制经济，之后再逐渐扩展到整个国民经济的计划化。提出首先应该加以统制的经济部门为交通运输部门、粮食衣料生产、贸易和外汇部门。
研究所的学生宋则行在《经济建设的远景与近路》中进一步提出了更具体的方案：“计划经济制度的树立，他是一种远景；而目前我们可能走的道路，是有目标，有计划，有步骤地去扩张国营事业，增强其左右全国生产的决定作用…第二控制私营事业的发展方向…第三控制或操纵全国的消费市场…第四对外贸易由局部国营到全部国营…第五继续加强对外汇的管理…第六控制全国金融…”
针对国内经济发展缓慢的原因，方显廷提出英美国家“人民生活已甚富裕，所得增加…大部分为储蓄和投资，用于消费者少，则生产消费品之工业，扩充有限…结果投资之出路闭塞，于是工商萧条，失业发生；而中国之经济问题，则为储蓄太少，资本不够，生产薄弱…”（《战后世界经济建设》，载《中日战后经济问题研究》）。
李卓敏则主张实行自由贸易，奖励外资并给外资以法律保障。（《世界经济与人口》）
对于抗战期间的通货膨胀，经济研究所的学者们从生产、就业、消费、分配各方面予以分析，作了大量的研究工作，1941年李卓敏作有三篇《战时中国经济报告》，吴大业著有多篇文章，主要采取凯恩斯的充分就业等理论，应用于中国通货膨胀问题的研究分析，包括《抗战以来的物价与生产》、《就业与生产》、《有效需求过多还是不足》、《动态充分就业论与战时生产》《如何改善物价继涨中的生产》、《稳定物价的目的和手段》等，提出稳定物价的建议：一方面采取直接限价，一方面限制消费，取缔囤积，增加生产和战时管制消费。
继而杨叔进在《充分就业理论与我国战时经济政策》（1942）一文中，提出紧缩财政支出，增加租税，摊募公债与部分强迫储蓄，出卖生金银与公债合销，调节利率，限制设立商店，以及衣食必需品的控制与分配等建议。
以上研究所采用资料大部分由调查而来，如批发物价、零售物价、生产数量、工资与薪给、外汇汇价及黄金价格等，除《物价继胀的经济学》一书刊行于世以外，相关的研究还有《中国战时外汇问题》和《重庆金融市场》以及中国之战时财政、战时交通研究等。
在经济统计工作方面，经济研究所内迁后开始着手编制了战时重庆市批发物价指数、重庆市公教人员、商人及地主与工人之生活费指数。
中国经济史方面主要以《中国纺织厂区位变迁史》和《中国人口移殖史》两个专题为中心，也进行了资料搜集和分析研究。
此外，研究所还编写出版了《战时中国经济研究》、《中国战后经济问题研究》、《中国工业资本问题》、《文化学概论》等大学教学参考用书。
这一时期，南开经济研究所在研究生教育方面取得了巨大的进展。自1935年在国内首创从各大学招收优秀毕业生攻读硕士学位以来，抗日战争爆发后，一度中断了研究生的培养工作，到1939年时首先在昆明恢复招收第三届四名学生，后在重庆每年均按时招生，到1949年解放之前共培养了九届研究生，分别来自北京大学、清华大学、燕京大学、辅仁大学、岭南大学、东吴大学、复旦大学、大夏大学、厦门大学、金陵大学、中央大学、中央政治学校以及南开大学、西南联合大学等近二十所学校。
报考南开经济研究所的资格不仅要求为国内外各大学本科毕业生，并且要具备原校所习全部课程的成绩表和该院长或系主任的介绍证件，考生要通过汉语、英文及至少三门专业学科的考试，及格后择优录取，研究方向计有土地问题、合作经济、地方行政、地方财政、经济史等专题，研究生一般学习两年。
在抗日战争以前，研究生学习的科目和内容主要分为地方行政、土地问题、乡村合作、经济史四个方面，与本所研究工作相辅而行，“俾使学生能以实践参证学理”，重点是配合国内外政治经济形势，着重在农村调查、土地问题、地方财政、乡村合作等科目。
课程主要有行政学、地方财政、地方政府、地方自治、农村经济、土地问题、合作原理等。第一年规定必须在导师指导下从事基本学科的学习；第二年得分赴国内各地作实际考察（经济史则可代以专题研究），然后写成论文。
抗日战争发生后，为适应环境和形势的变化，经济研究所总结过去的经验和不足，对研究生培养的方向和教学内容都进行了调整，较之战前更加注重于经济学理论和基本技能的训练，主要分为经济理论、国际经济、货币银行、工业经济、农业经济、经济史、统计七组。
研究生的学习科目，第一年以基本学科专门著作的学习为主，主要课程有近代经济理论、经济思想史、经济史、高级统计学、社会科学方法及文献等；第二年第一学期则集中力量从事专门学科的研究，第二学期撰述论文。两年学习期满，经过笔试及格后，经本所聘请校内外学者，组织论文审查委员会，负责评阅论文，并举行口试，及格后授予硕士学位。
按照英美高等学校标准要求，研究生必须阅读大量国外经济学著作，形成良