好的经济学基础。研究生学习期间，按其学习成绩的等次，每年给予600元至1000元的奖学金，并且在学习和生活等方面给予照顾。
南开经济研究所对研究生的培养自开始就注重理论联系实际,研究生的训练与经济研究所的研究工作相辅而行：首先着重有关理论的学习和探索；其次从事与专题有关的社会调查或实践：例如，地方财政和行政研究生李建昌、吕学海等人曾去八个省市十多个地点调查了解地方情况和问题，合作经济研究生梁思达(梁启超之子)、黄肇兴等人曾去九个省市、二十多个地区访问学习合作社事业，回校后写成《中国合作事业考察报告》一书，土地问题研究生刘君煌、陶继侃等人也同样去各省市调查；最后在实地调查基础上，进行理论分析研究，完成毕业论文。
对于毕业论文，研究所要求学生必须要有创新性，“须以研究或实地调查所得为依据”，解放前九届研究生的毕业论文计四十篇，大致分为三类：(1)马歇尔
与凯恩斯尤其是《通论》以来的理论，如就业理论、利息理论、货币政策理论、功能财政理论等，介绍均衡概念、弹性概念等，计二十四篇；（2）根据马歇尔、凯恩斯的理论分析现实，调查分析论文，如土地陈报、地值税、省县财政关系、贸易统制、信用合作、货币金融等，计十篇；（3）针对现实问题，提出主张建议，如地方行政机构改革、中央地方职权分配等，计六篇。
由于战争的爆发，研究所地处交通闭塞的西南内地，与外界沟通困难，特别是鉴于那段时期从英国兴起，后来又从英国传播到西欧直至美国去的“凯恩斯革命”的经济学理论，作为经济研究机构，南开经济研究所急需对之有所了解。因此，方显廷接受了美国洛克菲勒基金会提供的到美国度休年假的机会，于1941年9月启程，至1943年间以社会科学会员的资格访问美国的高等学术机构。
方显廷首先在哈佛大学研究院以客籍研究员的身份做研究工作，又应美国经济作战委员会的对敌工作部（后更名为国外经济管理局）的领导人的詹姆士·舒美克先生邀请，转到对敌工作部所属的中国小组担任首席经济分析员。
他曾在一次研讨会上作了有关《中国的战时经济》讲话，介绍了当时处在战争中中国的战时经济的情况，并写出了《中国战后之工业化》一文，以单行的小册子形式出版。同时，他在哈佛还出席了诸多一流经济学家的讲座，内容涉及关于财政问题及政策、关于不完全竞争、关于经济史、以及关于国际经济等等。期间，方先生深受汉森（Alvin Hansen）的影响,遂决定将凯恩斯的理论通过缅甸之路在第一时间送到重庆，纳入了学生的理论课程,很快学生都能够写出浓厚凯恩斯思想的论文了。
南开经济研究所在这一期间的毕业生由于基础扎实，不少人考试成绩优异，得到出国赴美英留学深造的机会，其余或从商、或从政、或治学，大部分成为学界领袖，有的则为国内外政要。在今日中国许多大学和研究机构的学术领头人中，我们仍不难发现这些昔日南开学子的影子，如南开大学的杨敬年、滕维藻、陶继侃、钱荣堃等，北京大学的赵靖，北京师范大学的陶大镛，中国社会科学院的聂宝璋，首都经贸大学的刘光第，中国人民银行金融研究所的周林，辽宁大学的宋则行，东北财经大学的汪祥春，复旦大学的宋承先，上海社会科学院的雍文远，曾在联合国任职的杨叔进、桑恒康等等。
抗日战争胜利以后，南开大学筹划从昆明复员北返天津，1945年10月，张伯苓派遣黄钰生等人回津筹备复校事宜。次年4月，教育部电函西南联大，恢复三个学校的名称。
日本占领天津后把南开大学改为野战医院，昔日的校园如今满目凄凉，秀山堂已不复存在。迫于复校所需的经费压力，南开于1946年4月9日正式改为国立大学。
1946年冬，南开大学在天津复校，设有十六个系，分属四个学院：文学院、理学院、工学院和政治经济学院。复校后南开的布局为：八里台校本部（南院），六里台文学院（北院）、甘肃路迪化道（东院）；次年初，经济研究所也自重庆迁回天津，由学校分配当时的六里台南开大学北院和平湖畔的楼房两幢作为所址。
抗战期间研究所在国外购买的新书，加上美国国会图书馆、耶鲁大学图书馆、及耶鲁大学岱（Clive Day）教授捐赠的图书，共计二千余册，由于滇缅公路中断而暂存于美国国会图书馆，此时也陆续运至天津。
然而，由于张伯苓和很多老同事的年龄渐高，而南开在国民政府的教育部又孤立于当时的“北大派”，加之华北地区战乱频仍，改为国立后的南开大学又失去了洛克菲勒基金的资助，原先的很多主要教师因而分散到国内外各地，南开经济研究所的人才逐渐凋零。美国华盛顿大学曾想和我校合作研究战后中国面临的经济问题及其复兴的方法，终因财力和人力的限制也未能实现。
为了保持研究所的人员实力，何廉在上海创办了一个独立的“中国经济研究所”，由方显廷担任所长，成员也都是南开经济研究所的老同事，同时还补充了一些新回国的原来经济研究所毕业的留学生，到1947年9月，共有研究人员十九人，同时发行了自己的期刊《经济评论》。
国立南开大学的政治经济学院下设有政治、经济、货币银行、工商管理、统计、会计等系和经济研究所，由陈序经先生担任院长并同时兼任经济研究所研究主任；此后1948年由于陈序经先生转赴岭南大学任校长，所长一职由鲍觉民先生继任，一些回到南开的研究人员也继续主编《大公报》每周一次的“经济周刊”等工作以及研究生的培养工作，仍本着以往传统，身兼各系和研究所二者教学和科研的双重任务。
1947年四五月间，何廉回到天津，发现经济研究所编制的各种物价指数在战争中由日本人继续编制了下来，因此他找到以前编制指数时的助手，负责恢复了天津市物价指数的编制。
1947年10月经济研究所开始恢复随天津《大公报》每周发行的《经济周刊》，在10月17日的天津《大公报》上，曾随报刊行一个整版的“南开经济研究所二十周年纪念特刊”，并在当日该报编辑部所写的社论《勖全国学术机关——祝南开经济研究所二十周年纪念》一文中，勉以联系中国社会经济问题的实际进一步展开科学研究工作。
但这一栏目仅仅维持到了1948年12月，就因《大公报》缩编而停刊；其他几种专刊，也因为时局动荡、经费紧缺和人力不足等原因而未能继续出版。
1948年，张伯苓由于就任国民政府考试院院长，南开大学校长一职由何廉代理。
但是由于战局持续，国内秩序混乱，通货膨胀导致教师生活状况每况愈下，薪金不足以维持生活。在完成学校图书馆的整修和为师生筹集到粮食和煤炭物资之后，何廉于该年底乘船转赴美国（后任教于哥伦比亚大学），上海经济研究所的其他成员后来也大多被一些国际研究机构所罗致。
由于经常的经费开支极为短绌，除教学工作不得不勉强维持进行外，经济研究所的大部分调查研究及出版等工作，实际上都处于中断状态。
“部分旧日同仁，以工作关系，已是不能返所工作，而在校者，又以教学为主，工作繁重。复员期间，全部基金消耗殆尽，改国立后，中外捐助日少，因经济力量及人少事繁之限制，研究工作，迄未能全面展开。”
“抗战期间，沦陷区经日本多年之剥削搜刮，经济本质显有变化，工业建设亦在敌人经济侵略下有所发展，复员后本所急欲把握时机……研究战后中国面临值经济问题及其复兴之方法，均以物力人力之限制，未能实现，仅将天津战前工业概况稍事整理，并就启新、等二三规模较大之私营企业，略加调查，旋即中止，弥觉惋惜” (《南开大学经济研究所一览》1949年5月)