的一切都会被彻底摧毁。
Neo：放屁！
*其他救世主的回应显现在监视器上：放屁！
设计师：否认是所有人类反应中最容易预知的一种。但不可否认的是，这将是我们第六次摧毁Zion，我们干得越来越干净利落。
*电影画面切换到崔妮蒂和密探的对打，然后又回到建造者的房间。*
设计师：救世主的作用就是现在要返回源极(the source，本源)，散播你所携带的编码，重新植入源程序。然后你要从 Matrix 中选出 16 个女性，7 个男性共 23 个人类个体来重建锡安。如果没有按照这个步骤来进行，将会导致灾难性的系统崩溃，这会杀死连接在 Matrix 上的所有人附带的锡安毁灭，这也意味着全人类的绝灭。
Neo：你不会让这样的事情发生的，你不会的。你们（//机器）需要人类才能生存。 设计师：我们已经作好了接受任何幸存程度的准备。但与此相关的问题是你是否已经准备好为这个世界所有人类的灭亡承担责任？
*设计师按下他拿在手里的笔上的一个按键，Matrix 里各个地方的人的图像显现在监视器里。
设计师：观察你的反应很有趣。你的五个前辈都是在一个相同推断的基础上设计以便你执行我们设计好的流程，这个可能的巧合意味着与你们种类的附属关系. 其他的那些救世主们是按常规的方式经历这一过程的，相对他们, 你的经历却是相当特殊的, 你经历着爱.
*Neo梦里崔妮蒂和密探大战的画面出现在监视器上。* Neo：崔妮蒂！
设计师：顺带说一句，她进入 Matrix 牺牲她自己是为了救你。 Neo：不！
设计师: 这最终让我们来到揭示真相的时刻. 基本缺陷出现时, 偏差表现为开始和结束. 这里有两道门. 你右边的门是通往源极拯救锡安的. 你左边的门是回到 Matrix, 去往她以及你们种类绝灭的. 就像你说的, 问题的关键是选择. 可是我们已经知道你准备如何选择了, 不是吗? 我已经能够看到由此产生的连锁反应, 你体内的前体生化物质发出的信号引起情感的开始, 压制了你的逻辑和理智. 你的情感已经蒙蔽了一个简单而明显的事实——她就快要死了，而你却无可奈何。
*Neo走向他左边的门*
设计师：哼。希望，最典型的人类错觉。它既是你们最强大的力量又是你们最大的弱点。 Neo：如果我是你，我希望我们不会再见面。 设计师：我们不会再见面的。
尼奥和设计师的这段对话可以说深奥之极，能听一遍就懂得人恐怕不多，我也是在反复琢磨之后才终于明白设计师到底告诉尼奥些什么，首先，我们得出一个振聋发聩的结论，锡安也是假的，也是设计师设计的一个 Matrix 而已，莫非斯他们并没有得到真正的自由，他们仍然活在 Matrix 中而并不自知。人类自他们出生的时候，Matrix 分配每个人一个角色. 99% 的人接受这个角色，让这个角色控制他们的大脑。所以与其说这些人是人，还不如说他们只有一个附着在生命体上的一段意识而已，这段意识被 Matrix 所左右。他们没有自主的意识，取而代之控制大脑的是由 Matrix 编写的具有人类意识特征的程序，由于这些人愿意接受分配给他们任何角色，所以他们可以被特工控制思想，被 Smith 复制。另外 1％ 的人他们自主的潜意识如此的强（Neo,莫菲斯,崔妮蒂，等），他们不愿接受 Matrix 分配给的角色，并且能隐约感到有些地方不对劲，开始思考自身存在的方式，这种对 Matrix 分配过来的角色不兼容性，如果不进行控制会导致系统的不稳定和崩溃。因此编写 Matrix 的设计师，编写了一套不同于 Matrix 的另一个系统模拟程序，为了诉说的方便我把他称之为
Matrix2，并给那些自主意识很强的人编写了另外的角色，这些人指的就是片中莫非斯,崔尼悌等叛军。设计师编写 Matrix2 （其实这个创意是先知--Matrix 之母想出来的）的目的有两个，一个是让这些不安分的人有一个区别于大多数安分的人的不同的生存空间，他们是不稳定因素，这样就可以把这些不稳定因素从 Matrix 中剔除，保证 Matrix 的稳定；另一个就是 Matrix2 也是一个研究程序，用来研究这些