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工具

 

1 

Materials Studio 

案例

2

?/p>

 

水分子在

1atm

?/p>

298K

下的径向分布和扩散系数计?/p>

 

 

 

目的

:用

Materials Studio

?/p>

MS

)软件模拟计?/p>

1atm 

?/p>

25

℃下?/p>

500

个水分子无定形体系的

径向分布函数和扩散系数?/p>

 

模块

?/p>

Amorphous cell, Discover 

简?/p>

:径向分布函?/p>

g(r)

:以流体系统中一个分子为目标分子,与其中心距离由

r

dr

?/p>

?

的分子数目为

dN

,则

2

(

)

4

dN

g

r

r

dr

?/p>

?/p>

?

可理解为区域密度与平均密度的比?/p>

 

分子扩散系数:在一个不流动的环境中,若某组分在空间各位置点上的浓度不同,则

此组分的分子便可能从浓度高的地方传递到浓度低的地方?/p>

这是靠分子扩散的方式?/p>

递的。单位面积和传递速率与浓度梯?/p>

(即两点的浓度差除以这两点间的距离)

成正

比。这比例常数称为分子扩散系数?/p>

 

1.

建立初始结构

 

(1)

建造一个的水分?/p>

 

运行

MS

,新建一?/p>

Project

命名?/p>

water 

molecular

。打开一个新?/p>

xsd

文档命名?/p>

H2O.xsd

。在工具栏选择

Sketch 

Atom

工具绘制一个水分子,如下图所示。然后点?/p>

Clean

工具修正得到合理的几何构象?/p>

 

 

(2)

建造多分子水的无定型体?/p>

 

选择菜单?/p>

Modules

上的

Amorphous 

Cell

,在下拉列表中选择

Construction

,打开

Amorphous Cell Construction

对话框?/p>

点击

Add

按钮将水分子添加到体系中?/p>

单击

Constituent 

molecules

栏中

Number

下的数字,设?/p>

500

。相应的,温?/p>

298K

?/p>

Number of configurations

?/p>

1

?/p>

Cell 

type

?/p>

Periodic 

cell(

设置体系含有周期性边界条?/p>

)

;水密度

0.997g/cc

。在

Setup

选项卡中,选用

Compass

力场?/p>

Job description

可设置任务名称?/p>

 

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1 

Materials Studio 

案例

2

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水分子在

1atm

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298K

下的径向分布和扩散系数计?/p>

 

 

 

目的

:用

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MS

)软件模拟计?/p>

1atm 

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25

℃下?/p>

500

个水分子无定形体系的

径向分布函数和扩散系数?/p>

 

模块

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简?/p>

:径向分布函?/p>

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:以流体系统中一个分子为目标分子,与其中心距离由

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可理解为区域密度与平均密度的比?/p>

 

分子扩散系数:在一个不流动的环境中,若某组分在空间各位置点上的浓度不同,则

此组分的分子便可能从浓度高的地方传递到浓度低的地方?/p>

这是靠分子扩散的方式?/p>

递的。单位面积和传递速率与浓度梯?/p>

(即两点的浓度差除以这两点间的距离)

成正

比。这比例常数称为分子扩散系数?/p>

 

1.

建立初始结构

 

(1)

建造一个的水分?/p>

 

运行

MS

,新建一?/p>

Project

命名?/p>

water 

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。打开一个新?/p>

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文档命名?/p>

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。在工具栏选择

Sketch 

Atom

工具绘制一个水分子,如下图所示。然后点?/p>

Clean

工具修正得到合理的几何构象?/p>

 

 

(2)

建造多分子水的无定型体?/p>

 

选择菜单?/p>

Modules

上的

Amorphous 

Cell

,在下拉列表中选择

Construction

,打开

Amorphous Cell Construction

对话框?/p>

点击

Add

按钮将水分子添加到体系中?/p>

单击

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设置体系含有周期性边界条?/p>

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。在

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选项卡中,选用

Compass

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水分子在

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下的径向分布和扩散系数计?/p>

 

 

 

目的

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MS

)软件模拟计?/p>

1atm 

?/p>

25

℃下?/p>

500

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径向分布函数和扩散系数?/p>

 

模块

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简?/p>

:径向分布函?/p>

g(r)

:以流体系统中一个分子为目标分子,与其中心距离由

r

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2

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可理解为区域密度与平均密度的比?/p>

 

分子扩散系数:在一个不流动的环境中,若某组分在空间各位置点上的浓度不同,则

此组分的分子便可能从浓度高的地方传递到浓度低的地方?/p>

这是靠分子扩散的方式?/p>

递的。单位面积和传递速率与浓度梯?/p>

(即两点的浓度差除以这两点间的距离)

成正

比。这比例常数称为分子扩散系数?/p>

 

1.

建立初始结构

 

(1)

建造一个的水分?/p>

 

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(2)

建造多分子水的无定型体?/p>

 

选择菜单?/p>

Modules

上的

Amorphous 

Cell

,在下拉列表中选择

Construction

,打开

Amorphous Cell Construction

对话框?/p>

点击

Add

按钮将水分子添加到体系中?/p>

单击

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下的数字,设?/p>

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水分子在

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下的径向分布和扩散系数计?/p>

 

 

 

目的

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模块

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分子扩散系数:在一个不流动的环境中,若某组分在空间各位置点上的浓度不同,则

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这是靠分子扩散的方式?/p>

递的。单位面积和传递速率与浓度梯?/p>

(即两点的浓度差除以这两点间的距离)

成正

比。这比例常数称为分子扩散系数?/p>

 

1.

建立初始结构

 

(1)

建造一个的水分?/p>

 

运行

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(2)

建造多分子水的无定型体?/p>

 

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Modules

上的

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Cell

,在下拉列表中选择

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点击

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单击

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下的数字,设?/p>

500

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Number of configurations

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