1
Materials Studio
案例
2
?/p>
水分子在
1atm
?/p>
298K
下的径向分布和扩散系数计?/p>
目的
:用
Materials Studio
?/p>
MS
)软件模拟计?/p>
1atm
?/p>
25
℃下?/p>
500
个水分子无定形体系的
径向分布函数和扩散系数?/p>
模块
?/p>
Amorphous cell, Discover
简?/p>
:径向分布函?/p>
g(r)
:以流体系统中一个分子为目标分子,与其中心距离由
r
dr
?/p>
?
的分子数目为
dN
,则
2

(
)
4
dN
g
r
r
dr
?/p>
?/p>
?
可理解为区域密度与平均密度的比?/p>
分子扩散系数:在一个不流动的环境中,若某组分在空间各位置点上的浓度不同,则
此组分的分子便可能从浓度高的地方传递到浓度低的地方?/p>
这是靠分子扩散的方式?/p>
递的。单位面积和传递速率与浓度梯?/p>
(即两点的浓度差除以这两点间的距离)
成正
比。这比例常数称为分子扩散系数?/p>
1.
建立初始结构
(1)
建造一个的水分?/p>
运行
MS
,新建一?/p>
Project
命名?/p>
water
molecular
。打开一个新?/p>
xsd
文档命名?/p>
H2O.xsd
。在工具栏选择
Sketch
Atom
工具绘制一个水分子,如下图所示。然后点?/p>
Clean
工具修正得到合理的几何构象?/p>
(2)
建造多分子水的无定型体?/p>
选择菜单?/p>
Modules
上的
Amorphous
Cell
,在下拉列表中选择
Construction
,打开
Amorphous Cell Construction
对话框?/p>
点击
Add
按钮将水分子添加到体系中?/p>
单击
Constituent
molecules
栏中
Number
下的数字,设?/p>
500
。相应的,温?/p>
298K
?/p>
Number of configurations
?/p>
1
?/p>
Cell
type
?/p>
Periodic
cell(
设置体系含有周期性边界条?/p>
)
;水密度
0.997g/cc
。在
Setup
选项卡中,选用
Compass
力场?/p>
Job description
可设置任务名称?/p>