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(1)

生物信息?/p>

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Bioinformatics

)是生命科学、计算机科学、现代信息科学、数学、物理学以及化学等多?/p>

学科交叉结合形成的一门新学科,是利用信息技术和数学方法对生命科学研究中的生物信息进行存储、检

索和分析的科学?/p>

 

(2)

生物信息学主要包括三个组成部?/p>

:建立可以存放和管理大量生物数据集的数据库;开发确定大数据?/p>

中各成员关系的算法和统计方法;使用这些工具来分析和解释不同类型的生物数据,包?/p>

DNA

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RNA

和蛋

白质序列、蛋白质结构、基因表达及生化途径等?/p>

 

(3)

生物信息学要解决的核心问?/p>

 

*

研究序列、结构、功能以及表现型的关?/p>

 

*

研究基因、基因组、蛋白质、代谢途径的特征及进化

 

*

基于知识和理论的预测、建模、设?/p>

 

(4)

核酸和蛋白质序列通常保存?/p>

FASTA

?/p>

NBRF/PIR 

(National 

Biomedical 

Research 

Foundation/Protein 

 

Information Resource)

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GDE

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Raw

等格式?/p>

 

(5)

核酸和蛋白质序列比对?/p>

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)结果常保存?/p>

MSF

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(6)FASTA

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格式的序列由两部分组成,

 

第一行由大于号?/p>

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”或分号?/p>

;

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(习惯为大于号)打头的任意文字说明,用于序列标记,给出描述、注?/p>

等信息,无长度限制;

 

第二行开始为序列本身,只允许使用核苷酸或氨基酸的编码符号?/p>

 

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(7)NBRF/PIR

格式

 

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格式的由三部分组成,

 

第一行以大于号?/p>

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”开头,后跟一个双字母标记,表示序列类型;然后再跟一个分号,分号后面通常是序

列在数据库中的编码(

ID

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第二行为序列的文字说明,可长可短、也可以是空?/p>

 

剩余行为序列本身,序列以星号?/p>

*

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(10)

数据库的类型

 

一级数据库

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Primary databases

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数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理

和注释;?/p>

 

Genbank

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EMBL

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二级数据库(

Secondary 

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(

对原始生物分子数据进行整理、分类的结果,是在一级数据库、实?/p>

数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标立而建?/p>

 

 

;如

 

GDB

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SCOP

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按照数据库中存储的生物数据类型可将数据库分为以下几种类型?/p>

 

*

核酸序列数据?/p>

 

例如?/p>

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生物大分子结构数据库例如?/p>

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基因组数据库例如?/p>

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SGD 

*

功能数据库例如:

KEGG

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DIP

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(11)

国际上权威的核酸序列数据库:

欧洲分子生物学实验室?/p>

EMBL

, 

 

美国生物技术信息中心的

GenBank

,

日本遗传研究所?/p>

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生物信息?/p>

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Bioinformatics

)是生命科学、计算机科学、现代信息科学、数学、物理学以及化学等多?/p>

学科交叉结合形成的一门新学科,是利用信息技术和数学方法对生命科学研究中的生物信息进行存储、检

索和分析的科学?/p>

 

(2)

生物信息学主要包括三个组成部?/p>

:建立可以存放和管理大量生物数据集的数据库;开发确定大数据?/p>

中各成员关系的算法和统计方法;使用这些工具来分析和解释不同类型的生物数据,包?/p>

DNA

?/p>

RNA

和蛋

白质序列、蛋白质结构、基因表达及生化途径等?/p>

 

(3)

生物信息学要解决的核心问?/p>

 

*

研究序列、结构、功能以及表现型的关?/p>

 

*

研究基因、基因组、蛋白质、代谢途径的特征及进化

 

*

基于知识和理论的预测、建模、设?/p>

 

(4)

核酸和蛋白质序列通常保存?/p>

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(National 

Biomedical 

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一级数据库

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数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标立而建?/p>

 

 

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国际上权威的核酸序列数据库:

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美国生物技术信息中心的

GenBank

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学科交叉结合形成的一门新学科,是利用信息技术和数学方法对生命科学研究中的生物信息进行存储、检

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(2)

生物信息学主要包括三个组成部?/p>

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生物信息学要解决的核心问?/p>

 

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*

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第二行为序列的文字说明,可长可短、也可以是空?/p>

 

剩余行为序列本身,序列以星号?/p>

*

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)是生命科学、计算机科学、现代信息科学、数学、物理学以及化学等多?/p>

学科交叉结合形成的一门新学科,是利用信息技术和数学方法对生命科学研究中的生物信息进行存储、检

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(2)

生物信息学主要包括三个组成部?/p>

:建立可以存放和管理大量生物数据集的数据库;开发确定大数据?/p>

中各成员关系的算法和统计方法;使用这些工具来分析和解释不同类型的生物数据,包?/p>

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生物信息学要解决的核心问?/p>

 

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核酸和蛋白质序列通常保存?/p>

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(10)

数据库的类型

 

一级数据库

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数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理

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二级数据库(

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国际上权威的核酸序列数据库:

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