简?/p>
&
安装
Pymol
是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由
Warren
Lyford DeLano
编写,并且由
DeLano Scientific LLC
负责商业发行?/p>
Pymol
被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据?/p>
件作者宣称,
在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中?/p>
有四分之一?/p>
使用
Pymol
来制作的?/p>
Pymol
名字的来源:“Py”表示该软件基于
python
这个计算机语言,“Mol”则
是英文分子(
molucule
)的缩写,表示该软件用来显示分子结构?/p>
由于实验需要,
本人正在学习该软件,
在这里把学习过程记录下来?/p>
希望对有需
要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧?/p>
?/p>
2006
?/p>
8
?/p>
1
日起?/p>
DeLano
Scientific
对事先编译好?/p>
PyMOL
执行程序
(包
?/p>
beta
版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码
目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话?/p>
1.
如果你是
Windows
用户,首先下?/p>
Pymol
的源代码?/p>
然后安装
CygWin
,并且确保正确安装以下模块:
?/p>
C++ (gcc or g++ package name)
?/p>
Python
?/p>
OpenGL
?/p>
PNG
然后在源代码目录里面依次运行?/p>
2.
如果你是
Linux
用户,首先确保以下东东已安装?/p>
?/p>
Python
?/p>
Pmw
?/p>
OpenGL driver
(我用的?/p>
NVdia
?/p>
?/p>
libpng
?/p>
Subversion client
(下载源代码需要)
然后下载
Pymol
的源代码
$ mkdir pymol-src
$
svn
co
https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol
pymol-src
然后进入源代码目?/p>
# cd pymol-src
开始依次编?/p>