立方水体中泛素的分子动力学模拟及热容计算
姓名:程永新
通过对立方水体中泛素的分子动力学模拟,初步认识学习了分子动力学模
拟软?/p>
NAMD
?/p>
MD
的使用及结果分析。下面报告里主要介绍学习模拟的过程及
其遇到的问题?/p>
一?/p>
VMD
?/p>
NAMD
1.
软件简?/p>
NAMD
是动力学拟合的主体软件,但它不同于我们所熟悉的大多数
Windows
软件:它不具有图形界面。由于进行动力学模拟的准备和结果的可视化分析?/p>
必不可少的软件是
VMD
,下面的讲解中也将大量用?/p>
VMD
?/p>
2.
软件安装
VMD
安装简单,可以再随意的目录下?/p>
NAMD
不需要直接安装,而是需要下
?/p>
NAMD tutorial
压缩包,并将
NAMD
软件包解压缩?/p>
NAMD tutorial
?/p>
.
这里
说的
NAMD tutorial
不是一个软件使用指导文本,而是有很多子文件夹的压缩
包?/p>

