EMSA
实验技术及方法简?
实验简?/p>
凝胶迁移或电泳迁移率实验
?/p>
EMSA-electrophoretic mobility shift assay
?/p>
是一种研?/p>
DNA
结合蛋白和其相关?/p>
DNA
结合序列相互作用的技术,可用于定性和定量分析。这一技术最
初用于研?/p>
DNA
结合蛋白?/p>
目前已用于研?/p>
RNA
结合蛋白和特定的
RNA
序列的相互作用?/p>
通常将纯化的蛋白和细胞粗提液?/p>
32P
同位素标记的
DNA
?/p>
RNA
探针一同保温,在非?/p>
性的聚丙烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针?/p>
DNA-
复合物或
RNA-
复合物比非结
合的探针移动得慢?/p>
同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同,
可是双链或者是单链?/p>
?/p>
检?/p>
如转录调控因子一类的
DNA
结合蛋白,可用纯化蛋白,部分纯化蛋白,或核细胞抽
提液。在检?/p>
RNA
结合蛋白时,依据目的
RNA
结合蛋白的位置,可用纯化或部分纯化的
蛋白,也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的
DNA
?/p>
RNA
片段
和寡核苷酸片段(特异?/p>
?/p>
和其它非相关的片段(非特异)
,来确定
DNA
?/p>
RNA
结合蛋白
的特异性?/p>
在竞争的特异和非特异片段的存在下?/p>
依据复合物的特点和强度来确定特异结合?/p>
凝胶迁移或电泳迁移率检?/p>
?/p>
Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA
?/p>
是一种检测蛋
白质?/p>
DNA
序列相互结合的技术,
最初用于研?/p>
DNA
结合蛋白和其相关?/p>
DNA
结合序列
相互作用?/p>
可用于定性和定量分析?/p>
这一技?/p>
目前已用于研?/p>
RNA
结合蛋白和特定的
RNA
序列的相互作用?/p>
由于很多研究?/p>
TF
不具有结合的特异性,所以即使发?/p>
TF
和被研究的寡核苷酸探?/p>
结合,也不表示在体内?/p>
TF
不能和其它寡核苷酸结合,运用一些生物信息学
软件,可?/p>
模拟表示
TF
与基因启动子区寡核苷酸结合的具体情况?/p>
发现
TF
可以和启动子?/p>
PUTATIVE
结合?/p>
同时,由?/p>
EMSA
在体外不能模
拟细胞内众多生物分子的相互作用,比如,某一
TF
在细胞内由于受到其它
TF
的协同或者修饰后才能与寡核苷酸结合的话,
那么在体外是不能
重现这一结果的?/p>
2003
年上一篇关?/p>
ChIP
方法的介绍文献攻?/p>
EMSA
没有考虑细胞内完整自然的染色
质结构和调节的影响而受到很大的限制?/p>
下面是在一?/p>
PROTOCAL
1.
探针的标记:
(1)
如下设置探针标记的反应体系:
待标记探?/p>
(1.75pmol/
微升
) 2
微升
T4 Polynucleotide Kinase Buffer (10X) 1
微升
Nuclease-Free Water 5
微升
[γ
-32P]A
TP(3,000Ci/mmol at 10mCi/ml) 1
微升
T4 Polynucleotide Kinase (5-10u/
微升
) 1
微升