新建
上传
首页
助手
最?/div>
资料?/div>
工具

溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程

 

GROMACS

是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工?/p>

[1]

。这?/p>

软件包遵?/p>

GNU

协议,因此可以免费从其主页(

http://www.gromacs.org

)上?/p>

载?/p>

GROMACS

可以?/p>

linux

?/p>

unix

?/p>

Windows

上使用?/p>

 

第一?/p>

 

 

建立拓扑结构

 

本教程使用鸡蛋清溶菌酶(

PDB 

code

?/p>

1AK1

)作为目标蛋白质。首先需?/p>

?/p>

RCSB

?/p>

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

)网站下载其三维结构文件。然

后通过诸如

SYBYL

?/p>

Discovery 

Studio

?/p>

VMD

?/p>

Chimera

?/p>

PyMOL

等图形显?/p>

软件分析其三维结构?/p>

根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子?/p>

例如?/p>

在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时,

结合在活性位点附近的水分子就必须?/p>

留。但如果利用

MD

模拟研究蛋白质的构象转换时,蛋白质中的结晶水就可?/p>

删除。删?/p>

PDB

文件中分子可以利用简单的文本编辑软件?/p>

vi(Linux)

?/p>

emacs 

(Linux/Mac)

?/p>

Notepad (Windows) 

删除这些分子所对应的条目?/p>

例如?/p>

如果要删

除文件中高的结晶水就可以?/p>

PDB

文件中的所?/p>

“HOH?/p>

残基删除。切记不要用

文字处理软件

Word

处理该文件?/p>

 

在运?/p>

pdb2gmx

程序之前,一定要检?/p>

pdb

文件中的

MISSING

条目。这?/p>

条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基?/p>

这一步是必须做的?/p>

因为不完

全氨基酸残基或分子都会导?/p>

pdb2gmx

命令的失败。这些遗失的原子或残基必

须利用其他的软件补充完整?/p>

但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行?/p>

成影响,但有可能会对结果有影响。此外,还要注意

pdb2gmx

程序并不是万?/p>

的,

它并不能为所有的分子建立拓扑结构?/p>

仅能对一些力场中定义好的分子才有

效,例如大部分蛋白质,核酸,还有一些辅因子?/p>

NAD

?/p>

NADH 

?/p>

ATP

?/p>

ADP

等。此外,一些糖类(海藻糖等)的力场也都定义好,可以从力场文件中获得?/p>

因此?/p>

如果目标蛋白质含有小分子配基的,

在运行该软件之前就需要先用简单的

文本编辑软件将配基删除?/p>

最后除去结晶水和小分子配基?/p>

同时确保所有必需?/p>

子存在,此时?/p>

PDB

文件中只含蛋白质原子,现在可以运?/p>

pdb2gmx

命令了?/p>

 

 

常用

pdb2gmx

命令的详细参数:

 

pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1conf.gro 

?/p>

p conf.top 

?/p>

ignh 

Ͼλ
新建
上传
首页
助手
最?/div>
资料?/div>
工具

溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程

 

GROMACS

是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工?/p>

[1]

。这?/p>

软件包遵?/p>

GNU

协议,因此可以免费从其主页(

http://www.gromacs.org

)上?/p>

载?/p>

GROMACS

可以?/p>

linux

?/p>

unix

?/p>

Windows

上使用?/p>

 

第一?/p>

 

 

建立拓扑结构

 

本教程使用鸡蛋清溶菌酶(

PDB 

code

?/p>

1AK1

)作为目标蛋白质。首先需?/p>

?/p>

RCSB

?/p>

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

)网站下载其三维结构文件。然

后通过诸如

SYBYL

?/p>

Discovery 

Studio

?/p>

VMD

?/p>

Chimera

?/p>

PyMOL

等图形显?/p>

软件分析其三维结构?/p>

根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子?/p>

例如?/p>

在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时,

结合在活性位点附近的水分子就必须?/p>

留。但如果利用

MD

模拟研究蛋白质的构象转换时,蛋白质中的结晶水就可?/p>

删除。删?/p>

PDB

文件中分子可以利用简单的文本编辑软件?/p>

vi(Linux)

?/p>

emacs 

(Linux/Mac)

?/p>

Notepad (Windows) 

删除这些分子所对应的条目?/p>

例如?/p>

如果要删

除文件中高的结晶水就可以?/p>

PDB

文件中的所?/p>

“HOH?/p>

残基删除。切记不要用

文字处理软件

Word

处理该文件?/p>

 

在运?/p>

pdb2gmx

程序之前,一定要检?/p>

pdb

文件中的

MISSING

条目。这?/p>

条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基?/p>

这一步是必须做的?/p>

因为不完

全氨基酸残基或分子都会导?/p>

pdb2gmx

命令的失败。这些遗失的原子或残基必

须利用其他的软件补充完整?/p>

但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行?/p>

成影响,但有可能会对结果有影响。此外,还要注意

pdb2gmx

程序并不是万?/p>

的,

它并不能为所有的分子建立拓扑结构?/p>

仅能对一些力场中定义好的分子才有

效,例如大部分蛋白质,核酸,还有一些辅因子?/p>

NAD

?/p>

NADH 

?/p>

ATP

?/p>

ADP

等。此外,一些糖类(海藻糖等)的力场也都定义好,可以从力场文件中获得?/p>

因此?/p>

如果目标蛋白质含有小分子配基的,

在运行该软件之前就需要先用简单的

文本编辑软件将配基删除?/p>

最后除去结晶水和小分子配基?/p>

同时确保所有必需?/p>

子存在,此时?/p>

PDB

文件中只含蛋白质原子,现在可以运?/p>

pdb2gmx

命令了?/p>

 

 

常用

pdb2gmx

命令的详细参数:

 

pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1conf.gro 

?/p>

p conf.top 

?/p>

ignh 

">
新建
上传
首页
助手
最?/div>
资料?/div>
工具

溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程

 

GROMACS

是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工?/p>

[1]

。这?/p>

软件包遵?/p>

GNU

协议,因此可以免费从其主页(

http://www.gromacs.org

)上?/p>

载?/p>

GROMACS

可以?/p>

linux

?/p>

unix

?/p>

Windows

上使用?/p>

 

第一?/p>

 

 

建立拓扑结构

 

本教程使用鸡蛋清溶菌酶(

PDB 

code

?/p>

1AK1

)作为目标蛋白质。首先需?/p>

?/p>

RCSB

?/p>

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

)网站下载其三维结构文件。然

后通过诸如

SYBYL

?/p>

Discovery 

Studio

?/p>

VMD

?/p>

Chimera

?/p>

PyMOL

等图形显?/p>

软件分析其三维结构?/p>

根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子?/p>

例如?/p>

在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时,

结合在活性位点附近的水分子就必须?/p>

留。但如果利用

MD

模拟研究蛋白质的构象转换时,蛋白质中的结晶水就可?/p>

删除。删?/p>

PDB

文件中分子可以利用简单的文本编辑软件?/p>

vi(Linux)

?/p>

emacs 

(Linux/Mac)

?/p>

Notepad (Windows) 

删除这些分子所对应的条目?/p>

例如?/p>

如果要删

除文件中高的结晶水就可以?/p>

PDB

文件中的所?/p>

“HOH?/p>

残基删除。切记不要用

文字处理软件

Word

处理该文件?/p>

 

在运?/p>

pdb2gmx

程序之前,一定要检?/p>

pdb

文件中的

MISSING

条目。这?/p>

条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基?/p>

这一步是必须做的?/p>

因为不完

全氨基酸残基或分子都会导?/p>

pdb2gmx

命令的失败。这些遗失的原子或残基必

须利用其他的软件补充完整?/p>

但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行?/p>

成影响,但有可能会对结果有影响。此外,还要注意

pdb2gmx

程序并不是万?/p>

的,

它并不能为所有的分子建立拓扑结构?/p>

仅能对一些力场中定义好的分子才有

效,例如大部分蛋白质,核酸,还有一些辅因子?/p>

NAD

?/p>

NADH 

?/p>

ATP

?/p>

ADP

等。此外,一些糖类(海藻糖等)的力场也都定义好,可以从力场文件中获得?/p>

因此?/p>

如果目标蛋白质含有小分子配基的,

在运行该软件之前就需要先用简单的

文本编辑软件将配基删除?/p>

最后除去结晶水和小分子配基?/p>

同时确保所有必需?/p>

子存在,此时?/p>

PDB

文件中只含蛋白质原子,现在可以运?/p>

pdb2gmx

命令了?/p>

 

 

常用

pdb2gmx

命令的详细参数:

 

pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1conf.gro 

?/p>

p conf.top 

?/p>

ignh 

Ͼλ">
Ͼλ
Ŀ

MD基本教程-溶菌酶的水溶液的MD模拟 - 百度文库
新建
上传
首页
助手
最?/div>
资料?/div>
工具

溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程

 

GROMACS

是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工?/p>

[1]

。这?/p>

软件包遵?/p>

GNU

协议,因此可以免费从其主页(

http://www.gromacs.org

)上?/p>

载?/p>

GROMACS

可以?/p>

linux

?/p>

unix

?/p>

Windows

上使用?/p>

 

第一?/p>

 

 

建立拓扑结构

 

本教程使用鸡蛋清溶菌酶(

PDB 

code

?/p>

1AK1

)作为目标蛋白质。首先需?/p>

?/p>

RCSB

?/p>

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

)网站下载其三维结构文件。然

后通过诸如

SYBYL

?/p>

Discovery 

Studio

?/p>

VMD

?/p>

Chimera

?/p>

PyMOL

等图形显?/p>

软件分析其三维结构?/p>

根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子?/p>

例如?/p>

在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时,

结合在活性位点附近的水分子就必须?/p>

留。但如果利用

MD

模拟研究蛋白质的构象转换时,蛋白质中的结晶水就可?/p>

删除。删?/p>

PDB

文件中分子可以利用简单的文本编辑软件?/p>

vi(Linux)

?/p>

emacs 

(Linux/Mac)

?/p>

Notepad (Windows) 

删除这些分子所对应的条目?/p>

例如?/p>

如果要删

除文件中高的结晶水就可以?/p>

PDB

文件中的所?/p>

“HOH?/p>

残基删除。切记不要用

文字处理软件

Word

处理该文件?/p>

 

在运?/p>

pdb2gmx

程序之前,一定要检?/p>

pdb

文件中的

MISSING

条目。这?/p>

条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基?/p>

这一步是必须做的?/p>

因为不完

全氨基酸残基或分子都会导?/p>

pdb2gmx

命令的失败。这些遗失的原子或残基必

须利用其他的软件补充完整?/p>

但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行?/p>

成影响,但有可能会对结果有影响。此外,还要注意

pdb2gmx

程序并不是万?/p>

的,

它并不能为所有的分子建立拓扑结构?/p>

仅能对一些力场中定义好的分子才有

效,例如大部分蛋白质,核酸,还有一些辅因子?/p>

NAD

?/p>

NADH 

?/p>

ATP

?/p>

ADP

等。此外,一些糖类(海藻糖等)的力场也都定义好,可以从力场文件中获得?/p>

因此?/p>

如果目标蛋白质含有小分子配基的,

在运行该软件之前就需要先用简单的

文本编辑软件将配基删除?/p>

最后除去结晶水和小分子配基?/p>

同时确保所有必需?/p>

子存在,此时?/p>

PDB

文件中只含蛋白质原子,现在可以运?/p>

pdb2gmx

命令了?/p>

 

 

常用

pdb2gmx

命令的详细参数:

 

pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1conf.gro 

?/p>

p conf.top 

?/p>

ignh 



ļ׺.doc޸Ϊ.docĶ

  • ¿αѡ3-2ѧ
  • 2011ͨרҵ
  • 弯徭֯ƶȵIJ
  • ѪӦ
  • Ƭγ̱׼
  • Ӣѧѧϰ
  • ư׸չ
  • Ӱ豸ϰ⼯
  • ³ư޶5µ1ڿʱѵ

վ

԰ Ͼλ
ϵͷ779662525#qq.com(#滻Ϊ@)