MEGA
构建系统进化树的步骤(以
MEGA7
为例?/p>
本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来?/p>
分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列?/p>
研究某个基因的进化,
是用它的
DNA
序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?序列的选取要遵
循以下原则:
1
?/p>
如果
DNA
序列的两两间的一致度
?0%
,选用
DNA
序列。因为,如果
DNA
序列都如此相似,它的蛋白质会相似到看?/p>
出区别,这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用
DNA
序列,而不选蛋白质序列?/p>
2
?/p>
如果
DNA
序列的两两间的一?/p>
?/p>
?0%
?/p>
DNA
序列和蛋白质序列都可以选用?/p>
1.
将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一?/p>
fasta
格式?/p>
件,注意:所有序列的方向都要保持一?/p>
( 5
?/p>
-3
?/p>
)
?/p>
想要做系统发生树先要做多序列比对?/p>
然后把多序列比对的结?/p>
提交给建树软件进行建树,所以在?/p>
MEGA
建树时可以输入一个已
经比对好的多序列比对,也可以输入一条原始序列,?/p>
MEGA
先来
做多序列比对,再建树(一般我们都是原始序列)。所以我们以后?/p>
为例?/p>
2.
打开
MEGA
软件,选择主窗口的?/p>
File
?/p>
?/p>
?/p>
Open A File
”→
找到并打开
fasta
文件,这时会询问以何种方式打开,我们是原始?/p>
列,需要先进行多序列比对,所以选择?/p>
Align
”。如果是比对好的
多序列比对可以直接选择?/p>
Analyze
”?/p>
3.
在打开?/p>
Alignment Explorer
窗口中选择?/p>
Alignment
?/p>
-
?/p>
Align by
ClustalW
?/p>
进行多序列比对(
MEGA
提供?/p>
ClustalW
?/p>
Muscle
?/p>
种多序列比对方法,这里选择熟悉?/p>
ClustalW
),弹出窗口询问
?/p>
Nothing selected for alignment
?/p>
Select all
?”选择?/p>
OK
”?/p>
4.
之后,弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和
EMBL
在线
多序列比对一样,可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分(罚分填
写的是正数,计算时按负数计算)等参数?/p>
MEGA
的所有默认参?/p>
都是经过反复考量设置的,
这保证了
MEGA
傻瓜机全自动档的品质?/p>
所以当你无从下手,
或者没有什么特别要求的时候,
直接点击
?/p>
OK
?/p>
?/p>
接受这些默认参数,开始多序列比对?/p>