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MEGA

构建系统进化树的步骤(以

MEGA7

为例?/p>

 

本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来?/p>

 

分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列?/p>

研究某个基因的进化,

是用它的

DNA

序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?序列的选取要遵

循以下原则:

1

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如果

DNA

序列的两两间的一致度

?0%

,选用

DNA

序列。因为,如果

DNA

序列都如此相似,它的蛋白质会相似到看?/p>

出区别,这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用

DNA

序列,而不选蛋白质序列?/p>

2

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如果

DNA

序列的两两间的一?/p>

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DNA

序列和蛋白质序列都可以选用?/p>

 

 

1. 

  

将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一?/p>

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格式?/p>

件,注意:所有序列的方向都要保持一?/p>

 

( 5

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-3

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)

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想要做系统发生树先要做多序列比对?/p>

然后把多序列比对的结?/p>

提交给建树软件进行建树,所以在?/p>

MEGA

建树时可以输入一个已

经比对好的多序列比对,也可以输入一条原始序列,?/p>

MEGA

先来

做多序列比对,再建树(一般我们都是原始序列)。所以我们以后?/p>

为例?/p>

 

 

2.

 

  

打开

MEGA

软件,选择主窗口的?/p>

File

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”→

找到并打开

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文件,这时会询问以何种方式打开,我们是原始?/p>

列,需要先进行多序列比对,所以选择?/p>

Align

”。如果是比对好的

多序列比对可以直接选择?/p>

Analyze

”?/p>

 

 

3.

 

  

在打开?/p>

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窗口中选择?/p>

Alignment

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-

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进行多序列比对(

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提供?/p>

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Muscle

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种多序列比对方法,这里选择熟悉?/p>

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),弹出窗口询问

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Nothing selected for alignment

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Select all

?”选择?/p>

OK

”?/p>

 

 

4. 

 

 

之后,弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和

EMBL

在线

多序列比对一样,可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分(罚分填

写的是正数,计算时按负数计算)等参数?/p>

MEGA

的所有默认参?/p>

都是经过反复考量设置的,

这保证了

MEGA

傻瓜机全自动档的品质?/p>

所以当你无从下手,

或者没有什么特别要求的时候,

直接点击

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OK

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接受这些默认参数,开始多序列比对?/p>

 

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构建系统进化树的步骤(以

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本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来?/p>

 

分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列?/p>

研究某个基因的进化,

是用它的

DNA

序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?序列的选取要遵

循以下原则:

1

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如果

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序列的两两间的一致度

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1. 

  

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( 5

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想要做系统发生树先要做多序列比对?/p>

然后把多序列比对的结?/p>

提交给建树软件进行建树,所以在?/p>

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建树时可以输入一个已

经比对好的多序列比对,也可以输入一条原始序列,?/p>

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先来

做多序列比对,再建树(一般我们都是原始序列)。所以我们以后?/p>

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2.

 

  

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多序列比对可以直接选择?/p>

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3.

 

  

在打开?/p>

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4. 

 

 

之后,弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和

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在线

多序列比对一样,可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分(罚分填

写的是正数,计算时按负数计算)等参数?/p>

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的所有默认参?/p>

都是经过反复考量设置的,

这保证了

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傻瓜机全自动档的品质?/p>

所以当你无从下手,

或者没有什么特别要求的时候,

直接点击

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接受这些默认参数,开始多序列比对?/p>

 

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3.

 

  

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MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例) - 百度文库
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1. 

  

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想要做系统发生树先要做多序列比对?/p>

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2.

 

  

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多序列比对可以直接选择?/p>

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3.

 

  

在打开?/p>

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4. 

 

 

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