上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。
在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置：
投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）: Pymol> set label_shadow_mode, 3 文字颜色：
Pymol> set label_color, color-name, selection
标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能： Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]] 字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的： Pymol> set label_font_id, 5
字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是?： Pymol> set label_size, -0.5 Pymol> set label_size, 4 设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：
Pymol> set label_position, (x,y,z) 最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。 首先在$HOME/.pymolrc中加入：
# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \\ 'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \\
'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \\ 'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'} # end modification
用法，用single[resn]代替resn：
Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn] 下面是改进过的图片：
是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：
Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520 Pymol> as cartoon, pro
Pymol> 鼠标操作：显示near的sidechain Pymol> set_color grey1, [224,224,224] Pymol> set cartoon_color, grey1
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3 Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> label n. CB and near, (\Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置 Pymol> set cartoon_transparency, 0.3 Pymol> set label_font_id, 13 Pymol> set label_size, 26 Pymol> bg_color white
Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离
Pymol> set dash_length, 0.015 Pymol>