在侵犯商业秘密案件的处理上，刑事程序与民事程序孰先孰后，这是当前实践中刑民交叉问题的焦点。对此，有三种不同的意见：第一种意见认为一般应先刑后民;第二种意见认为先刑后民是处理该类案件的基本原则，但在保护“私权”不妨碍“公权”行使的情况下，应以“私权”优先;第三种意见认为应遵循先民后刑的原则。
从我国当前的司法实践看，一般依照先刑后民的原则处理，②即先中止民事案件的审理，待刑事案件审理终结再继续审理民事案件。这样做的合理性在于，现有的法律框架中，刑事程序中不存在诉讼中止的制度，且审限又较民事程序短，同时刑事证据要求严格，留待不存在强制措施的民事程序之后来进行刑事追究，刑事取证工作将会更加困难，而刑事诉讼中的侦查手段有利于全面收集证据，从而有助于查清案件事实。从法律法规的依据来看，当前主要指1998年4月29日实施的《最高人民法院关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定》，其中第11条规定：“人民法院作为经济纠纷受理的案件，经审理认为不属经济纠纷案件而有经济犯罪嫌疑的，应当裁定驳回起诉，将有关材料移送公安机关或检察机关。”第12条规定：“人民法院已立案审理的经济纠纷案件，公安机关或检察机关认为有经济犯罪嫌疑，并说明理由附有关材料函告受理该案的人民法院的，有关人民法院应当认真审查。经过审查，认为确有经济犯罪嫌疑的，应当将案件移送公安机关或检察机关，并书面通知当事人，退还案件受理费;如认为确属经济纠纷案件的，应当依法继续审理，并将结果函告有关公安机关或检察机关。”
不可否认，在公权与私权发生冲突的情况下，理应优先选择公权。更进一步地说，刑法适用的必要性在于法益受到侵害，对侵犯商业秘密行为的刑事介入必须从这个角度进行总体把握。单纯地着眼于权利人个体权利受到侵害，刑事惩治应当更侧重于对私权救济的补充，但是上升到对社会竞争秩序和国家利益的侵害，刑事惩治的意义已经不仅仅满足于挽回被害人损失。因此，简单地以私权受到侵害来论证民事优先并不能全面概括刑法设置侵犯商业秘密罪的立法考量，这也是实践中刑事优先大行其道的重要依据。但是反之，私权受到损害需要救济，这是惩治侵犯商业秘密犯罪行为时必须面临也无法回避的第一道问题，刑事手段的介入是否最有利于实现对民事权利的救济，实践证明是存有很多问题的，这也正是强调民事优先观点的重要理由所在。 参考资料：福州律师 china.findlaw.cn/fuzhou
1.刑事诉讼的负面性。从司法实践来看，真正进入刑事诉讼范畴的侵犯商业秘密案件，一般都影响较大、案情较为复杂，由于被侵犯的商业秘密具有极高的价值，受害公司耗费巨资和大量精力协助司法部门进行调查。而一般的受害公司并非首选刑事途径寻求法律保护，更多地采用民事或行政手段，因为：其一，以国家公诉推动的刑事程序中，基本排斥被害人自由选择和处分的权利，如不能决定证据出示的范围、不能撤诉等，而在民事和行政救济程序中受害者可以掌握更多的主动权;其二，刑事诉讼本身可能对公司产生反面宣传效果，以及导致商业秘密的进一步泄露;其三，我国刑事诉讼中没有类似美国的禁令制度，权利人只能要求行政管理部门查封和没收侵权复制品，或在民事诉讼(包括刑事附带民事诉讼)中根据财产保全、证据保全予以制止。这无疑影响了刑事诉讼救济程序的及时性与有效性，也耗费了权利人的时间与资源。以上客观原因导致当前我国司法实践中侵犯商业秘密犯罪案件成诉率低、撤诉率高的问题相当突出。
2.移送刑事处理操作上的困难。商业秘密犯罪案件在诉讼形式上属于相对自诉案件，通常情况下只能由被害人通过自诉途径维护自己的合法权益，只有严重危害社会秩序和国家利益以及可能被判处三年以上有期徒刑的，才能成为公诉案件。针对权利人仅提起民事诉讼的侵犯商业秘密案件，在民事审理中发现涉嫌刑事犯罪，对于何谓“严重危害社会秩序和国家利益”这一必须提起公诉的条件，由于并无具体解释进行掌握，而且出于对刑事审判所涉领域的谨慎涉及，实践中几乎没有民事法官主动移送刑事处理。