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在Arlequin安装目录下，会有一个名为“datafiles”的文件夹，里边有各种输入数据的例子，分析数据时参照那些例子的格式即可。
Arlequin的界面及操作
Arlequin软件的操作界面比较友好，操作简便。单击ArlequinFolder中的“arlequin.exe”文件，会弹出如下操作界面。
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File Menu
Open project ：打开所要分析的数据 Close project ：关掉正在分析的数据 Quit ：退出 Help Menu 帮助文件
点击“Open Project”按钮，会弹出如下对话框：
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选择要分析的数据的路径和名字，点击“Ok”即可载入数据，点击“Cancel”则取消此步操作，点击“Clear List”按钮清除空白框中的数据，点击“Add to list”可浏览电脑文件夹，载入要分析的数据。
点击“Configuration”按钮，操作界面变为如下图所示：
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Use associated settings: 如果选中此选项，则Alequin对每套数据都将自动载入相同的设置。 Append results：如果选项则每次的运行结果都自动添加到前次运行结果之后。
Include distance matrix results：如果选中此选项，则利用单倍型估计分子分歧度的距离矩阵将在结果文件中显示出来。
Keep AMOVA null distribution:选中此选项，结果文件中空分布的运行结果与输入文件相同，但扩展名为*.va、*.vb等。
Location of browser to view results：确定结果文件的存放位置。
Location of Editor to view project：确定用何种文件编辑器去查看或编辑 Alequin projcet 和 log 文件。
点击“Project Wizard”按钮，会弹出如下对话框。
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Data File:确定目标文件的名字和位置，其扩展名必须为 *.arp。 Data type：确定所分析数据的类型（DNA、RFLP、Microsat、Standard、Frequency）或Genotype data、Gametic phase、Recessive data。
Controls：Number of samples （样本数目）、Locus separator（用什么字符来分隔不同的位点）、Missing data（用什么字符代表缺失的位点数据）。
Optional data：list of haplotype (单倍型列表)、distance matrix (距离矩阵)、group structure (分组的结构)。
点击“Import Data”按钮，弹出如下对话框。
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通过此对话框，可以将Alequin 2.0的数据转化为Alequin 1.1、Genepop 1.0、Biosys 1.0、Phylip 3.5、Mega、Win Amova 1.55等软件包的数据格式。
载入数据之后，程序的操作界面发生相应的变化。
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点击“Project”按钮，操作界面如下图所示：