Arlequin操作说明

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在Arlequin安装目录下,会有一个名为“datafiles”的文件夹,里边有各种输入数据的例子,分析数据时参照那些例子的格式即可。

Arlequin的界面及操作

Arlequin软件的操作界面比较友好,操作简便。单击ArlequinFolder中的“arlequin.exe”文件,会弹出如下操作界面。

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File Menu

Open project :打开所要分析的数据 Close project :关掉正在分析的数据 Quit :退出 Help Menu 帮助文件

点击“Open Project”按钮,会弹出如下对话框:

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选择要分析的数据的路径和名字,点击“Ok”即可载入数据,点击“Cancel”则取消此步操作,点击“Clear List”按钮清除空白框中的数据,点击“Add to list”可浏览电脑文件夹,载入要分析的数据。

点击“Configuration”按钮,操作界面变为如下图所示:

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Use associated settings: 如果选中此选项,则Alequin对每套数据都将自动载入相同的设置。 Append results:如果选项则每次的运行结果都自动添加到前次运行结果之后。

Include distance matrix results:如果选中此选项,则利用单倍型估计分子分歧度的距离矩阵将在结果文件中显示出来。

Keep AMOVA null distribution:选中此选项,结果文件中空分布的运行结果与输入文件相同,但扩展名为*.va、*.vb等。

Location of browser to view results:确定结果文件的存放位置。

Location of Editor to view project:确定用何种文件编辑器去查看或编辑 Alequin projcet 和 log 文件。

点击“Project Wizard”按钮,会弹出如下对话框。

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Data File:确定目标文件的名字和位置,其扩展名必须为 *.arp。 Data type:确定所分析数据的类型(DNA、RFLP、Microsat、Standard、Frequency)或Genotype data、Gametic phase、Recessive data。

Controls:Number of samples (样本数目)、Locus separator(用什么字符来分隔不同的位点)、Missing data(用什么字符代表缺失的位点数据)。

Optional data:list of haplotype (单倍型列表)、distance matrix (距离矩阵)、group structure (分组的结构)。

点击“Import Data”按钮,弹出如下对话框。

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通过此对话框,可以将Alequin 2.0的数据转化为Alequin 1.1、Genepop 1.0、Biosys 1.0、Phylip 3.5、Mega、Win Amova 1.55等软件包的数据格式。

载入数据之后,程序的操作界面发生相应的变化。

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点击“Project”按钮,操作界面如下图所示:

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